Но чекистские отряды и группы формировались бессистемно, без учета специфики районов, где им предстояло действовать. В составе партизанских отрядов и опергрупп НКГБ не было ни одного бойца — уроженца или жителя той территории, на которой им предстояло вести борьбу с врагом. Отряды и опергруппы зачастую даже не имели топографических карт местности, где им предстояло действовать.
(От редакции. Невысоким был моральный дух командиров, которые проявляли растерянность и безалаберность при переходе на нелегальное положение. Вот что, к примеру, бойцы Петриковского отряда сообщали о своем командире Головкине:
«Зарекомендовал себя среди членов группы как трус и авторитетом не пользовался. Еще в Могилёве при формировании группы зам. наркома БССР по кадрам майор Коренчук в присутствии многих сотрудников назвал его трусом (…) Как рассказывали на собрании, что Головкин прятался за спиной других товарищей. По-моему, Головкин ни одного выстрела не произвел за все пребывание, а вооружен был куда больше других, даже имел автомат ППД-41»).
Основу вооружения составляли табельные пистолеты ТТ, а также небольшое количество винтовок и ручных гранат. Оперативный состав НКВД, оперативный и командный состав милиции должны были иметь на вооружении трехлинейную винтовку, пистолет (ТТ, «Наган» или «Маузер») и две ручные гранаты. Рядовой состав вооружался трехлинейной винтовкой и двумя ручными гранатами. Но реальность была далека от нормативов. Так, заместитель начальника Осиповичской опергруппы лейтенант госбезопасности Баранов в рапорте от 7 июля 1941 г. сообщал, что из 50 бойцов группы 30 не имеют винтовок, 7 человек вообще не вооружены. Согласно рапорту командира Кричевской опергруппы заместителю наркома госбезопасности БССР Духовичу от 12 июля 1941 г, личный состав группы был вооружен в большинстве пистолетами, к которым по две обоймы патронов. Гранат не было ни одной.
Крайне остро стояла проблема с денежным и продовольственным снабжением. В докладной записке заместителя начальника УНКГБ по Барановичской области капитана госбезопасности Зайцева, возглавлявшего в июне — сентябре 1941 г. Червенский партизанский отряд НКГБ, указывалось: «На почве недоедания в отряде начались заболевания. Надежд на улучшение нашего положения в ближайшее время не было, т. к. хлеба урожая 1940 г. у колхозников уже не было, а урожай 1941 г. еще не созрел».
Кроме того, партизанские отряды и опергруппы остро нуждались и в гражданской одежде, а в условиях предстоящего осенне-зимнего периода была нужна не просто гражданская, а зимняя одежда. Но, к примеру, в распоряжении Шкловской опергруппы имелось только три гражданских пальто на 98 человек. Отсутствие зимней одежды и продовольствия послужило основной причиной выхода из вражеского тыла через линию фронта многих чекистских групп.
Стремительное наступление войск противника, отсутствие надежной связи — все это мешало четкому руководству партизанскими отрядами и оперативными группами и координации их действий со стороны республиканского НКГБ. Зачастую случалось так, что, получив задание, чекистский отряд или группа сталкивались с иными реалиями. Имели место случаи, когда чекистские отряды и группы принимались отступающими частями РККА за вражеских диверсантов и подвергались аресту или разоружению.
(От редакции. Командир Дзержинской опергруппы Старинов рапортовал:
«Вся работа, проведенная нами, пошла насмарку. Отходившее части РККА меня и других отрядовцев задержали и под угрозой уничтожения как диверсантов, провели по селу и держали до тех пор, пока не выехал представитель из милиции и райкома партии, только после их вмешательства мы были освобождены»).
Через неделю после начала войны начальник УНКГБ по Витебской области Тур под угрозой оружия и без видимых на то причин арестовал группу сотрудников НКГБ-НКВД, прибывших в Витебск по заданию Наркоматов госбезопасности. В состав группы входили начальник УНКВД по Брестской области, его заместитель, начальник отделения НКГБ на станции Брест, сотрудник НКВД БССР. Кроме них, по приказу Тура были арестованы и помещены во внутреннюю тюрьму Управления бригадный комиссар, курсанты Ростовской школы НКГБ, милиционеры и руководящие сотрудники НКВД Литовской ССР (всего более 200 человек), присланные в город для выполнения особых заданий НКГБ и НКВД БССР.