В конце августа 1942 года Пономаренко по просьбе Хрущева направил меня, в Киев для подготовки там группы инструкторов, что я сделал за пять суток. Но ни одного партизана, подготовленного нами до войны, я в Киеве не нашел. Когда я представил составленный мною список подготовленных до войны партизан секретарю ЦК компартии Украины Бурмистренко М.Д., то и тот никого не нашел.
В ноябре 1941 года представил Пономаренко отчет о работе ОУЦ за четыре месяца и письмо на имя И.В. Сталина, в котором доказывалась на основе моего испанского опыта и первых донесений партизанских командиров, возвратившихся из тыла, потребность в организации широкой систематической диверсионной работы и предлагались необходимые для этого меры. Я показывал, что танковый батальон — грозная сила на поле сражения — в эшелоне совершенно беспомощен и может быть уничтожен даже двумя диверсантами. Плановыми массовыми диверсиями можно закрыть движение на железных дорогах и ночное движение на автомобильных. Это заставит противника снять с фронта десятки дивизий на охрану коммуникаций, которые затруднят осуществление диверсий, но не исключат их. Я предлагал создать на каждом фронте по одной диверсионной бригаде и широко готовить асов-диверсантов.
Пономаренко не возразил против содержания моего письма, но предложил послать его тов. Сталину от имени ЦК партии Белоруссии. Для надежности. Я согласился. Такое письмо было написано и отправлено. Однако, как я позже узнал, оно было сильно отредактировано: в нем не было приведенных мною выражений о том, что партизанские выступления не месть, а военные действия; о тем, что основная цель партизанской войны — отрезать войска противника от источника снабжения; о том, что, надо готовить асов-диверсантов. Больше того, предлагалось от длительной подготовки одиночек или групп "классиков-диверсантов" перейти к широко организованной, планированной массовой диверсионной работе. Но, как показал опыт партизанской войны в Испании, это можно было достичь только при наличии достаточного количества классиков-диверсантов.
В своих работах Пономаренко пишет, что это письмо написано им на основе опыта, полученного в результате трех месяцев партизанской борьбы. В действительности, мое письмо, которое использовал Поыемаренко, было написано на опыте партизанской войны в Испании.
В декабре 1941 года Сталин вызвал Пономаренко. Состоялась двухчасовая беседа по вопросам развития и руководства партизанским движением. Сталин указывал, что надо ориентировать партизан на то, чтобы они решали свои задачи, захватывая трофеи, собирая брошенные отступающими войсками на полях сражений оружие и боеприпасы. Правда отмечалось, что по мере возможности, снабжение партизан из центра будет расширяться, но этот путь пока не может стать основным, главным образом, из-за нехватки самолетов.
Сталин и Пономаренко высказались против специальных формирований для переброски их в тыл противника. Вместо этого Сталин предложил Пономаренко приступить к организации центрального штаба партизанского движения при Ставке Верховного Главнокомандующего и возглавить этот штаб.
С первого дня работы ЦШПД его усилия были направлены на организацию связи с партизанскими отрядами. Для этого была создана радиошкола. После разгрома немцев под Москвой Сталин дал указание прекратить работу по формированию штабов партизанского движения, а центральную радиошколу перевели на бюджет Совнаркома Белоруссии.
Весной 1942 года началось мощное наступление немцев на юге. В результате 30 мая было принято решение ГКО: в целях объединения руководства партизанским движением в тылу врага и для его дальнейшего развития создать центральный штаб партизанского движения (ЦШПД) при Ставке Верховного Главнокомандования, а также образовать Украинский, Брянский, Западный, Калининский, Ленинградский и Карело-Финский штабы партизанского движения. Впоследствии: были созданы другие штабы. П.К. Пономаренко был назначен начальником ЦШПД.
В конце августа меня срочно вызвал в Москву заместитель министра обороны генерал Щаденко Е.А. и, вопреки моим возражениям приказал мне явиться в распоряжение начальника ЦШПД, не сдав командование пятой отдельной инженерной бригады.