К 1504 году относится кирпичная трапезная палата, построенная по повелению и на средства великого князя – государя Московского и всея Руси Иоанна III. Сохраняется предание, что игумен Андроникова монастыря был его духовником. Таким образом, строительная деятельность Ивана III по украшению столицы Русского государства, коснулась и Андрониковой обители, что свидетельствует о её значении в ту эпоху.
В ХVII веке к зданию трапезной палаты были сделаны пристройки частично на старых основаниях. В конце XVII века бояре Лопухины (родня царицы Евдокии – первой жены царя Петра I) воздвигли величественный Архангельский собор над усыпальницей почивших представителей своего рода. Строительство собора было закончено лишь в 30-е годы XVIII века. В южной части территории монастыря находится двухэтажное здание бывших митрополичьих палат XVII века.
В XVIII и XIX столетиях некрополь монастыря значительно расширился за счёт захоронений героев различных войн, которые вела Россия. Известно, что в ходе Семилетней войны этот некрополь стал местом упокоения многих десятков солдат и офицеров русской армии, умерших от ран в госпиталях Москвы. В ходе событий Отечественной войны 1812 года некрополь Спасо-Андроникова монастыря упокоил сотни солдат, офицеров и москвичей, погибших в сражениях с захватчиками или погибших в огне московского пожара. К началу XX века практически вся монастырская территория стала кладбищем.
* * *
В первые десятилетия после 1917 года идеологические установки советской власти имели тенденцию к нарастающему неприятию всей дореволюционной культуры и искусства России. Уже в 1920-е годы благодаря господству «школы Покровского» преподавание отечественной истории стало носить отвлеченный и схематический характер. Отрицались прогрессивная роль приобщения Руси к христианству, роль монастырского строительства, результаты героических побед против захватчиков в эпоху Средневековья. Отрицались, например, значение побед князя Александра Невского в битвах на Неве и на Чудском озере, позитивность воссоединения Украины с Россией, подвиг Минина и князя Пожарского в деле освобождения России от интервентов и пр. Вульгарно-социологический подход конца 1920–1930-х гг. в трактовке исторического процесса, развития общества и культуры отразился и на судьбе виднейших средневековых архитектурных ансамблей, памятников средневековой культуры и искусства России. Последние зачастую объявлялись не имеющими какой-либо исторической ценности и подвергались сносу, разборке, утилизации или распродаже за границу. Процесс этот усложнялся нарастающими темпами индустриального строительства, социалистической перепланировкой и перестройкой Москвы и других старинных русских городов.
Спасо-Андроников монастырь в полной мере разделил трагическую участь многих архитектурных ансамблей и памятников России в указанный период. В начале 1918 года немногочисленная монастырская братия была выселена или разогнана, монастырь упразднен и национализирован. Храмы обители были переданы приходским общинам мирян. Церковная утварь, иконы частично – отданы во вновь образованные или соседние приходы, частично – переданы Государственному историческому музею.
Советская Россия погрузилась во мрак Гражданской войны, разрухи и голода. Борьба с инакомыслием, с врагами советской власти была поставлена на первый план. Вот тогда в 1918 году в северо-западной части монастырского ансамбля разместился и концентрационный лагерь. В годы Гражданской войны многие выдающиеся монастырские ансамбли XV–XVII веков были утилизированы или стали использоваться в качестве концлагерей и тюрем, как средства подавления и ликвидации политической оппозиции советской власти. Концентрационный лагерь в Спасо-Андрониковом монастыре был отгорожен от приходских храмов деревянным забором, колючей проволокой, а со стороны города и Курской железной дороги линией каменной стены XVII–XVIII вв. Существуют вполне конкретные свидетельства, что именно у этой стены и происходили расстрелы заключённых, подлежащих ликвидации. Свидетельствами такого рода являются многочисленные человеческие останки (кости и черепа) поднятые из раскопов, шурфов и котлованов, производимых, как внутри, так и снаружи близ северных стен монастыря. Отдельные черепа имеют отверстия, явно свидетельствующие о смертельных пулевых ранениях. К числу свидетельств принадлежат многочисленные винтовочные и револьверные пули начала XX века, (с явными следами проникновения в человеческое тело) найденные в этих раскопах.
