Неприятие большей частью населения страны тушинского режима, победы правительственных войск, вторжение королевской армии в Россию деморализовали отряды самозванца и усугубили во второй половине 1609 г. кризис его движения. Наемники вышли из повиновения. Распри и споры из-за добычи часто перерастали в вооруженные столкновения. От движения Лжедмитрия II начали отходить ветераны повстанческого движения и казаки, осознавшие, что их пот и кровь используют иноземцы в корыстных интересах.
Бегство царика 27 декабря (6 января) 1609 г. привело к распаду Тушинского лагеря и размежеванию сил, входивших в его движение. Верность Лжедмитрию II сохранили ветераны повстанческого движения: служилые люди и казаки южных и юго-западных уездов России. Тушинские Боярская дума и Двор раскололись. Одни бояре и члены Тушинского двора во главе с М.Г. Салтыковым и кн. В.М. Рубцом-Мосальским отправилась под Смоленск к королю и заключили договор об избрании королевича Владислава, другие — под предводительством кн. Д.Т. Трубецкого, М.И. Колодкина-Плещеева и кн. Засекиных ушли к самозванцу в Калугу, третьи — в число которых входили кн. В.И. Бахтеяров-Ростовский и «патриарх» Филарет, волей или неволей попали к В. Шуйскому в Москву. Под влиянием внутренних раздоров и ударов правительственных войск наемное войско самозванца распалось. Наиболее боеспособные полки с помощью бывших тушинских бояр смогли договориться с Сигизмундом III и вернуться на королевскую службу. Основная же масса иноземных солдат оказалась брошенной на произвол судьбы.
Правительственным войскам удалось добиться значительных успехов в борьбе с приверженцами самозванца и восстановить контроль над поддерживавшими В. Шуйского в течение 1606–1608 гг. центральными, северными и северо-восточными уездами страны. Однако движение Лжедмитрия II, несмотря на военные поражения, распад Тушинского лагеря и происшедшее размежевание собравшихся под знамена самозванца сил не было разгромлено окончательно. Самозванец и его приверженцы укрепились в Калуге и не утратили надежд взять реванш. Гражданская война с распадом Тушинского лагеря не была завершена. Более того, она оказалась осложнена интервенцией Речи Посполитой против России и растущим вмешательством в русские дела Швеции.
После распада Тушинского лагеря движение Лжедмитрия II, как показывает его изучение, пережило короткий период подъема и только после этого распалось. Вопреки сложившимся представлениям, его основными движущими силами по-прежнему являлись служилые люди и казаки южных, юго-восточных и северо-западных уездов страны, а не только казаки. Ведущую роль в руководстве движением играли «воровские» бояре, происходившие из знатных московских родов, хранивших традиции опричной среды. Благодаря бегству в Калугу, они смогли освободиться от вмешательства иноземцев и придать новый импульс движению самозванца. В Калуге был создан альтернативный московскому государственный режим в традиционных для России формах: царь, Боярская дума, Государев двор, воеводское управление на местах и пр., но и он в конечном счете оказался нежизнеспособным. Самозванец и его бояре, преследуя исключительно корыстные интересы, не смогли объединить под своими знаменами земщину даже тогда, когда русский народ после Клушинского поражения и падения Василия Шуйского, оказался на грани национальной катастрофы, а отряды самозванца являлись реальной силой, способной противостоять иноземному вторжению. Установившиеся в Калуге порядки, сильно напоминавшие опричные, подорвали доверие к самозванцу и его окружению даже у поддерживавших его жителей южных и юго-западных уездов страны. Запущенная боярами Лжедмитрия II машина террора в конечном счете погубила самого самозванца и привела к краху его движение.
События 1607–1610 гг. являлись кульминаций гражданской войны, которая с осени 1609 г. была осложнена иностранной интервенцией. Гражданская война переросла в национально-освободительную только после гибели Лжедмитрия II, когда земцы и повстанцы смогли, наконец, преодолеть свои разногласия и объединиться в движение земских ополчений в борьбе против внешних врагов.
