Бояре-заговорщики, давно ведшие тайные интриги против Лжедмит-рия I, воспользовались восстанием — через день после него «выкрикнули» в цари князя Василия Ивановича Шуйского, старого царедворца, хитрого и беспринципного. Подтвердив в свое время версию о самоубийстве царевича Дмитрия, он год назад «признал» в самозванце «спасшегося» сына Грозного; теперь снова стал уверять, что тот погиб 15 лет назад.
Между тем еще при первом самозванце на юге, в районе терского городка, под Астраханью, началось движение во главе с Ильей Горчаковым из Мурома (отсюда его прозвище — Илейка Муромец), выдававшим себя за Петра — якобы сына царя Федора Ивановича. Во главе отряда казаков «царевич Петр Федорович» двинулся по Волге к Москве, чтобы, поступив на службу к «царю Дмитрию», получить от него жалованье. Но объединить силы двух самозванцев не удалось — восстание в Москве сорвало их планы (Лжедмитрий I ждал Петра-царевича, чтобы с его помощью укрепить свое пошатнувшееся положение). Терские казаки, узнавшие о московских событиях у Свияжска, повернули обратно. Добрались до Царицына и, переждав некоторое время, направились к Путивлю.
Здесь, на Северской Украине, как и раньше, во времена Хлопка и первого самозванца, снова начинают борьбу с угнетателями крестьяне, холопы и их союзники. Опять их поднимает в бой с классовым врагом лозунг «царя Димитрия» — несмотря на гибель носителя этого имени в Москве, угнетенные не хотят этому верить. Передают слухи: в мае восставшие убили в столице не «царя», а кого-то другого. Дмитрий-де спасся, нужно вернуть его на трон, и он будет делать «добрые» дела для бедных и сирых. Подобные слухи распространяют некоторые авантюристы, близкие в свое время к Лжедмитрию. Таков князь Григорий Шаховской, бежавший после майского восстания из Москвы в Путнвль. Здесь он играет, и не без успеха, роль главы правительства «царя Дмитрия». Уверяет, что сам царь находится в Польше,— там, действительно, пребывает некое лицо, выдающее себя за Дмитрия; это как будто Михаил Молчанов, из дворян, тоже один из прихвостней Лже-дмитрия I. Правда, перебраться в Россию он не отваживается, боится.
Но простой народ всем этим не смущен — главное для него в жажде перемен к лучшему, а они связаны для него с именем- «царя Дмитрия». И люди со всех сторон стекаются к Путнвлю.
Уже в июне городские низы, стрельцы и прочие жители южных и юго-западных городов выступают против воевод Шуйского. К ним присоединяются крестьяне, холопы, казаки. Во главе ширящегося восстания вскоре встает Иван Исаевич (болотников^) бывший холоп, потом попавший в турецкий плен. После многих приключений и передряг, побивав в Италии, Германии, Польше, возвращается в Россию. Человек, богато одаренный, смелый и энергичный, он становится «полководцем», или «гетманом», «царя Дмитрия», с которым встречается и разговаривает в Речи Посполитой (вероятно, это и был Молчанов). Включаясь в борьбу, обнаруживает недюжинные способности военачальника, организатора. Войска повстанцев под его началом громят в открытых сражениях армии Шуйского, берут десятки городов. То же делает армия восставших во главе с Истомой Пашковым, мелким веневским дворянином; в ее рядах находятся отряды рязанских и других дворян-попутчиков.
Обе повстанческие армии объединяются под стенами Москвы в конце октября. Главнокомандующим становится Болотников. Он ведет осаду столицы до начала декабря. Положение Шуйского порой критическое. Но мобилизация сил и средств, проведенная властями, измена дворян — переход на сторону Шуйского, отсутствие в лагере Болотникова «царя Дмитрия» (а москвичи требовали показать его), активная агитация правительства и церкви против восставших, превосходство карателей в организованности и вооружении привели к поражению болотниковцев под стенами Москвы — в селе Коломенском и его окрестностях.
Болотников с остатками повстанцев отходит к Калуге. Другим опорным пунктом восстания становится Тула, куда перебирается из Путивля с войском «царевич Петр». Болотников и воеводы «Петра», в том числе в боярин князь А. А. Телятевский, бывший в свое время владельцем холопа Болотникова, не раз громят царские армии, сами подчас терпят неудачи. Калужско-Тульский период этого этапа Крестьянской войны заканчивается осенью 1607 года переговорами «царевича» и Болотникова, объединившихся в Туле, с царем Шуйским и капитуляцией при условии сохранения жизни участникам движения. Но царь и здесь нарушил клятву — вскоре казнили обоих предводителей и многих их сподвижников.