В 1866 году Скобелев подает прошение о зачислении в Николаевскую Академию Генерального штаба и в этом же году блестяще сдает вступительные экзамены.
Созданная Николаем I в 1832-м в качестве «центральной стратегической школы» и укомплектованная преподавательским составом, утвержденным лично им, академия готовила высший командный состав для русской армии исходя из формулы: плац, парад, палка. Крымская война 1853-1855 гг. со всей очевидностью доказала, что это упрощенное понятие исчерпало себя. Стало ясно как Божий день, что военная система России нуждается в глубоких и осмысленных преобразованиях. Горечь поражения поддерживала их необходимость, и в цепи Великих реформ они занимали одно из важнейших звеньев.
В Крыму сотворился парадокс. По военным дарованиям морские военачальники – адмиралы В. А. Корнилов, П. С. Нахимов, В. И. Истомин – оказались на голову выше, чем их собратья по оружию, руководившие армиями и дивизиями. Их имена, за редкими исключениями (С. А. Хрулев, М. Д. Горчаков), канули в Лету, реку забвения. Так неужели оскудела на воинские таланты Россия? Неужели поубавилось природной смекалки у оружейных и пушкарских дел мастеров? Неужели иссякло желание юных дворян служить Отечеству верой и правдой? Конечно, нет!
Государство вынуждено было поднатужиться, в чем-то поприжать землевладельцев, обложив их дополнительными налогами, но деньги в копилку на реформирование вооруженных сил поступали исправно. В обществе существовало единодушие, которое зиждилось на том, что без боеспособной армии Россия немыслима.
А между тем в подготовке офицерского корпуса имелось множество недочетов. В большинстве случаев «недоросли из дворян» с гимназической скамьи, как, например, Скобелев, поступали в полки юнкерами или вольноопределяющимися. Рост по службе юношей определялся «правом происхождения». Малоимущие и не отмеченные знатностью дворяне отдавали своих отпрысков в губернские кадетские корпуса. В них будущие офицеры получали лишь основы военных знаний, а затем должны были держать экзамены либо в Дворянский полк, либо в специальные военно-учебные заведения, какими являлись Михайловское артиллерийское и Николаевское инженерное училища. Не осилившим программу обучения в кадетских корпусах предстояло тянуть унылую лямку армейской службы. А она далеко не всем казалась «фунтом изюма», и поместное дворянство ежегодно пополнялось военными, уходившими в отставку. Академическое образование удавалось получить считанным десяткам офицеров.
Конечно, такое положение дел не могло не беспокоить Александра II, и реформа военно-учебных заведений находилась под пристальным вниманием императора. Еще в бытность профессором военной академии Д. А. Милютин в ряде своих записок-проектов ставил вопрос о необходимости существенных изменений программы и методики преподавания. Академический курс грешил педантизмом, школярством, отрывом от практики. Милютин настаивал на том, чтобы «офицеры Генерального штаба знали внутреннее устройство войск, владели механизмом войскового управления».
Чистое теоретизирование уходило в прошлое, а на смену ему пришла твердая программа подготовки высокообразованных офицеров. Она прежде всего делала упор на знание картографии, на построение расчетов не наобум, а исходя из законов математики. Все предметы, изучаемые в академии, были поделены на две группы. В основную входили: тактика, стратегия, военная история, военная администрация, военная статистика, геодезия. Вспомогательная группа предполагала изучение артиллерийского и инженерного дела, политической истории и иностранных языков. В Академии укрепилась практика военных игр на карте и макетах местности. Надо ли говорить, как это способствовало развитию воображения будущих военачальников! Число офицеров, ежегодно принимаемых в стены Академии, не превышало пятидесяти человек. Но претендовать на право сдавать вступительные экзамены мог лишь тот, кто имел за плечами четырехлетний багаж офицерской службы.
Скобелев учился в Академии Генштаба, когда ее возглавлял генерал-майор А. Н. Леонтьев. В официальных источниках время пребывания его на этом посту оценивается как эпоха ее расцвета. Уже то, что академические кафедры возглавляли видные военные теоретики России Г. А. Леер
