На «Синано» ангар делился на две части вертикально броневой переборкой, а сверху имелась полудюймовая противоосколочная подложка. В носовой части ангара предполагалось держать 18 истребителей «Реппу» — модернизированная модель «Зеро». Кормовая часть была достаточно вместительной, чтобы принять 18 ударных самолетов «Рюсэй». Авиагруппы завершали 6 разведчиков «Сайюн».
Итоги битвы при Мидуэе сказались на конструкции ангарной палубы. Закрытые ангары авианосцев превращали пожары в настоящее бедствие. Кроме того, в случае пожара в ангаре оказалось невозможно сбросить на борт боеприпасы. На «Синано» эту опасность постарались уменьшить насколько возможно, сделав первые две трети ангара открытыми с бортов, на случай плохой погоды и ночных операций их прикрывали подвижные стальные экраны. Задняя треть ангара была полностью закрытой, ее защищала 2-дюймовая броня.
Последствия Мидуэя были учтены и в других деталях конструкции гигантского авианосца. Удачные попадания 1000-фн бомб американских пикировщиков стали причиной ужасающих потерь 4 июня, поэтому полетная палуба и элеваторы «Синано» были спроектированы так, чтобы противостоять взрывам 1000-фн бомб. В отличии от «Тайхо», палуба которого была забронирована только между элеваторами и непосредственно над ангаром, 100-мм броня прикрывала почти всю полетную палубу «Синано». Она опиралась на близко расположенные коробчатые бимсы высотой 31 дюйм и лежала на стальной подложке толщиной три четверти дюйма. Сверху палубу покрывал тонкий слой латексно-песчано-цементной смеси для смягчения сотрясений.
Общий вес брони «Синано», от киля до надстройки, стал рекордным для военных кораблей. Он составил 17694 тонны, или треть водоизмещения «Синано» на ходовых испытаниях (68000 тонн).
Еще одной крупной проблемой, с которой столкнулись строители «Синано», стал вопрос о размещении и защите цистерн с авиабензином, который также возник после Мидуэя. Сначала считалось обязательным располагать эти цистерны как можно дальше от машинных отделений. Однако часть японских офицеров думала, что лучше укрыть эти цистерны за поясной броней. Верх взяла противоположная точка зрения, и цистерны разместили глубоко в трюме, далеко от броневой цитадели и прикрыли броней, имевшей толщину от 1 до 3 дюймов. На многих японских авианосцах после Мидуэя защита цистерн с авиабензином была улучшена — окружающие их отсеки заполняли водой. Так, на «Синано» для этой цели были принято около 2000 тонн воды.
В июне 1944 года после потопления американской подводной лодкой «Альбакор» авианосца «Тайхо» вопрос о хранении топливо возник снова. В результате экспериментов, проведенных в Куре, топливные цистерны на «Дзуйкаку» и остальных пяти уцелевших японских авианосцах решили прикрыть со всех четырех сторон слоем цемента. Однако лишь «Дзуйкаку» получил эту защиту, хотя и она не спасла его впоследствии от потопления.
Эти эксперименты, которые проводились во время достройки «Синано», и эксперименты военно-морского технического бюро привели к тому, что в конструкцию авианосца были внесены небольшие изменения. Когда в ноябре 1944 года «Синано» вышел в море, некоторые его топливные цистерны были прикрыты и цементом, и водой.
Уроки, полученные при Мидуэе, заставили обратить самое серьезное внимание на вентиляционную систему «Синано». Чтобы не позволить смертоносным газам, возникающим в результате взрывов на ангарной палубе, распространяться по вентиляционной системе корабля, что при Мидуэе стоило японцам, как минимум, одного авианосца, все воздуховоды были защищены 1,5-дюймовой броней.
После Мидуэя пересмотру подверглась и схема перевооружения самолетов. Опыт сражения показал, что с боеприпасами можно работать только на открытом воздухе и как можно быстрее. Перевооружение самолетов на ангарной палубе, что было стандартной процедурой до Мидуэя, было сочтено чрезмерно рискованным. А роковое решение Нагумо сменить вооружение самолетов раз и навсегда приучило японцев уважать дисциплину таких процедур. Все это было частично учтено при проектировании системы работы с боеприпасами на «Синано» и в новых методиках палубных операций.
