Временное правительство еще пыталось сократить полномочия Генерального секретариата, декларированные «Инструкцией», игнорируя само его существование. Временное правительство еще стремилось представить дело так, будто украинский Генеральный секретариат является не государственной структурой, а какой-то общественной организацией или «теневым» кабинетом, но время было упущено. На Украине полным ходом уже развивались «свои» процессы.
26 сентября Петлюру посетил французский генерал Табуи с целью налаживания теснейшего контакта французской военной миссии с Генеральным комитетом. Эта встреча укрепила положение Петлюры и посеяла надежды на помощь Франции в деле создания «украинизованной» армии.
Петлюра уже стремился создать «отдельную» Украинскую армию, «украинизировать» все местные гарнизоны в Украине, добиться права на свое исключительное командование «украинизованными» частями, а также требовал восстановления украинского военного секретариата.
Винниченко «явочным порядком» уже решил этот вопрос, позволив Петлюре, как руководителю Генерального военного комитета, присутствовать на заседаниях Генерального секретариата. А 12 октября Генеральный секретариат издал декларацию о намерении воссоздать военное секретарство на основе Генерального военного комитета.
Конфликт с Временным правительством тлел еще и из-за назначений командования «украинизованных» частей. Петлюра предложил генерала Скоропадского на место командующего Киевским округом, но Временное правительство не утвердило это решение.
Петлюра выступал уже как самостоятельный политик. Его предложение о создании Украинской армии шло вразрез с мнением руководства Центральной Рады и ЦК УСДРП, которые ратовали за ликвидацию регулярной армии. Не одобряло руководство Центральной Рады и предложения Петлюры относительно генерала Скоропадского, который казался многим украинским социалистам потенциальным «правым» заговорщиком.
Выборы во Всероссийское Учредительное собрание принесли делегатский мандат Симону Петлюре (от Румынского фронта по списку № 1 от украинских социалистических партий). В «Учредилку», от украинских губерний (в число 137 депутатов), попали М. Грушевский и В. Винниченко, а также их политические враги — большевики Евгения Бош, братья Пятаковы...
А тем временем положение в стране круто изменилось... Если в июне 1917 года Временное правительство еще было в состоянии продолжать войну и даже пыталось провести наступление на фронте, то уже через три месяца оно не только растеряло свой авторитет, но уже не. могло контролировать власть на местах и руководить своими армейскими соединениями. Продолжение войны стало губительным для существования Временного правительства. Не только фронтовики, но и весь народ требовал МИРА. Большевики, объявившие своим лозунгом «немедленный мир», стали выразителями чаяний миллионов, тысячи местных советов перешли под контроль партии Ленина.
В условиях развала государственности России Центральная Рада судорожно искала свой, украинский, выход из кризиса. Грушевский собрал тайное совещание украинских лидеров, на котором предложил выработать внешнеполитический курс. На совещании звучали предложения как о немедленном прекращении войны и союзе с Германией, так и о единстве со странами Антанты, о продолжении войны против Германии во что бы то ни стало. Петлюра тогда выступал как непреклонный сторонник продолжения войны. Он считал, что раз в войну на стороне Антанты вступила такая могучая страна, как США, значит, германский блок обречен, а для будущего Украины особенно важно оказаться в блоке победителей. Петлюра предлагал создать особый Украинский фронт против «германца», в таком случае, даже если фронт будет разгромлен армиями Германии и Австрии, Украина все равно выигрывает в будущем, «в политическом ключе», при переделе мира.
Но украинские эсеры считали совсем по-другому, они выступали за немедленный, пусть и сепаратный, мир, и Грушевский постепенно склонялся к их точке зрения.
В середине октября 1917 года новые шаги Центральной Рады вновь вызвали конфликт с Временным правительством. На этот раз декларация Генерального секретариата о созыве «отдельного» Украинского Учредительного собрания вызвала взрыв возмущения правительства Керенского. Последовало решение о начале судебного следствия над Украинским Генеральным секретариатом за «самочинные действия». В Петроград был срочно вызван «провинившийся» премьер Винниченко. Но Винниченко и его «секретариат» уже игнорировали грозные окрики из Петрограда.
