Заподозрив мисс Коплон, министерство юстиции начало расследование. Ей были переданы фальшивые документы, с целью дезинформировать советскую разведку. В январе 1949 года она была переведена в другой отдел. «Она была очень взволнована, – рассказывал позже ее шеф. – Не зная истинной причины перевода, она возмущенно протестовала».
Между тем за ней установили слежку. Согласно инструкциям, отслеживалась любая ситуация – встречи на улице, в ресторанах. Но ни Коплон, ни Губичев не подозревали, что с декабря 1948 года группа агентов ФБР «провожала» ее, когда она отправлялась из Вашингтона в Нью-Йорк, а другие агенты ожидали ее прибытия на вокзале в Нью-Йорке. Часто она ехала прямо в дом родителей. Однако, если была назначена встреча с Губичевым, она часами кружила по Нью-Йорку, ходила по улицам, ездила в метро, но за ней неотступно следовали агенты ФБР. Хотя при встречах Губичев и мисс Коплон делали вид, что не знакомы друг с другом, его высчитали.
К встрече с Губичевым, назначенной на субботу, четвертого марта 1949 года, Джудит Коплон приготовила много важных и интересных документов. В своей записке, явно адресованной шефам ГБ, она упомянула о секретном документе объемом более ста страниц, подготовленном ФБР и посвященном советскому шпионажу в Соединенных Штатах:
«Я не смогла достать совершенно секретный доклад ФБР о советской и коммунистической агентуре в Соединенных Штатах, о котором я говорила Майклу. В подходящий момент я спросила начальника, где находится доклад. Он ответил, что кто-то из руководства департамента взял его и он не скоро получит его обратно.
Когда я раньше видела доклад, то смогла только мельком его просмотреть и мало что запомнила. В нем около 115 страниц, и прежде всего там собраны данные о советской разведывательной деятельности, включая Мартенса, Лоре, Пойнтса, Альтшулера, Силвермастера и других. Там также говорится о советской делегации в ООН, но это все, что я могла запомнить. Остальная часть доклада, как я думаю, посвящена польской и другим разведкам».
Мисс Коплон упоминала и другие доклады. При ней также были копии оригиналов и первичный необработанный материал, переданный информаторами, еще не проверенный и не подтвержденный. Например, это были данные об актерах-коммунистах Голливуда и нью-йоркских театров. В другом докладе, подготовленном агентом ФБР Робертом Дж. Лампфером, говорилось о вывозе атомных средств:
«Не было оформлено никаких экспортных лицензий на вывоз атомного оборудования, которое было доставлено в Советский Союз на борту судна «Михаил Кутузов» в августе 1947 года.
Груз таких же секретных изделий был обнаружен на борту парохода «Мурманск» в нью-йоркском порту второго сентября 1948 года, но американские власти сняли его, потому что не было разрешения на вывоз.
Третий такой груз был обнаружен в доках Клермонта, штат Нью-Йорк, четырнадцатого января 1949 года.
Из одного документа становилось ясно, что ФБР имело своего агента в советском посольстве в Вашингтоне, поскольку некоторые детали мог знать только человек, имеющий доступ к посольским делам. Копии этих дел были переправлены в ФБР тайным агентом, а теперь Джудит Коплон должна была передать копии с копий своим советским хозяевам. Когда этот документ был упомянут на суде над мисс Коплон, Арчибальд Палмер, ее адвокат, спросил агента ФБР, который давал показания: «Имеют ли Соединенные Штаты агентов контрразведки, которые работают в посольствах, консульствах и делегациях ООН других стран, включая Россию?» Агент ответил: «Да».
Государственный департамент спешно выпустил заявление для прессы о том, что у них нет агентов, но это не относилось к другим учреждениям Соединенных Штатов.
Большое число других заметок, сделанных мисс Коплон по поводу различных докладов ФБР, содержало имена людей, подозреваемых, но пока еще не разоблаченных американской контрразведкой, и непроверенные донесения.
Джудит Коплон написала также свою подробную биографию, было похоже, что она собиралась продвигаться вверх по разведывательной лестнице.
ФБР не было уверено, что мисс Коплон принесет на встречу с Губичевым, назначенную на четвертое марта, компрометирующие ее документы, и подготовило специальное сообщение об атомных исследованиях, в которых часть была правдой, а другая часть фальшивой, упомянув при этом, что якобы два агента ФБР внедрены в «Амторг». Эта бумага была передана мисс Коплон до ее отъезда в Нью-Йорк. Уильям Е. Фоли, начальник мисс Коплон в министерстве юстиции, сказал ей, что намеревается обвинить «Амторг» в том, что он не регистрирует иностранных агентов. Мисс Коплон попалась в ловушку. В тот день она ушла из департамента значительно раньше, чтобы успеть перепечатать ложную бумагу. Она присоединила ее к другим сообщениям, и в ее сумочке было более сорока страниц текста.