Царь стремился нравиться подданным, однако не мог не чувствовать, что его не любят. Расправа над Романовыми, почти все из которых умерли в ссылке от постоянного недоедания и болезней, вызывала в народе страх. Многие бежали в южные земли, где в то время жили вольные казаки. Царь окружил себя громадным количеством иностранных наемников, которые должны были исполнять роль телохранителей, и положил им весьма солидное жалование, что также вызывало неудовольствие среди бояр. Недовольство росло также из-за начавшегося неурожая и голода – продуктов не хватало, хлеб продавался по завышенным ценам, люди умирали прямо на улицах, ели падаль, а в некоторых областях началось даже людоедство. Среди иностранных правящих семей Годунов тоже не мог найти поддержки – после того, как в России умер жених царевны Ксении, датский принц Иоганн, по слухам, отравленный кем-то из бояр, никто уже не стремился поддерживать отношения с русским царем.
Положение государя становилось все более шатким и непрочным.
И, когда появился беглый монах Григорий Отрепьев, выдававший себя за чудом спасшегося от рук убийц царевича Дмитрия, законного наследника престола, под его знамена стали даже войска, посланные усмирять восстание.
В 1605 году Годунов послал войска под командованием Шереметева, Мстиславского и Шуйского под Кромы, где в это время находилось казачье войско, перешедшее на сторону Лжедмитрия.
Но войска, осаждавшие город, при этом снабжали повстанцев продовольствием, а вскоре многие из воевод и дворян стали присягать на верность «царевичу Дмитрию». После смерти Бориса Годунова, когда на престоле воцарился его сын Федор, присягнул Лжедмитрию и Федор Шереметев. Полк Шереметева, находившийся в Орле, встретил самозванца очень радушно. Навстречу Лжедмитрию вышли люди с хлебом-солью, а из церквей доносился колокольный звон, приветствовавший чудом спасшегося наследника престола.
Григорий, который к тому моменту, ухаживая за Мариной Мнишек, принял католичество, получил поддержку и от Польши, и от Рима, а написав в Ватикан письмо с просьбой о деньгах для организации похода на Москву, Лжедмитрий вскоре получил положительный ответ.
После этого войско Лжедмитрия двинулось в Москву.
Обстановка в Москве в это время сложилась очень напряженная. Не имея достоверных сведений о том, что происходит в армии, и какова реальная власть Лжедмитрия, люди распространяли самые противоречивые слухи. Нарастала паника, многие сомневались: а стоит ли защищать Годуновых от «наследника престола»? Не лучше ли открыть ворота чудом спасшемуся царевичу?..
Наконец бунт вспыхнул и в столице. Лжедмитрий призывал москвичей схватить Годуновых как изменников, обманом завладевших троном, но больше ничего в Москве не трогать до его появления. Однако разбушевавшаяся толпа разграбила многие подвалы и хранилища.
Только через несколько дней боярам удалось навести в столице порядок, а к Лжедмитрию была отправлена делегация тех, кто принял его как нового царя. Одним из первых из Москвы вышел Петр Никитич Шереметев – племянник Федора Ивановича Шереметева, сын Никиты Шереметева, казненного Иваном Грозным. Вместе с князьями И. М. Воротынским, Н. Р. Трубецким и A. A. Телятевским они направились в Тулу, где Лжедмитрий милостиво позволил им себя лицезреть.
Отрепьев опасался Годуновых и, зная, что любовь народа переменчива, и те, кто сегодня поддерживает его, могут завтра вновь присягнуть Годуновым, решил себя обезопасить. Царь Федор и его жена Мария были казнены, в живых осталась лишь принцесса Ксения, которая никак не могла угрожать власти Лжедмитрия, а кроме того, отличалась необыкновенной красотой.
Вскоре по приезде в Москву, самозванец стал возвращать многих опальных Годуновского царствования и прежде всего своих «родственников», как например Нагих и Романовых. Якобы узнавшая его мать, Мария Нагая, в монашестве носившая имя Марфа, жила в одном из московских монастырей. Лжедмитрий постоянно общался с ней, спрашивая благословения на каждое серьезное действие. На повышение он тоже не скупился, и Федор Шереметев, пожалованный из дворян прямо в бояре, занял 16-е место в Боярской думе.