Кроме двух названных Манифестов, несколько законодательных актов было посвящено делам церкви. 29 января вышел Указ, которым всем, сбежавшим за границу раскольникам было разрешено возвращение в Россию и гарантировалось свободное отправление их веры.
Через два дня вышел Указ о прекращении следствий по делам о раскольниках-самосожигателях, причем местным властям предписывалось разъяснить всем староверам, что впредь никаких гонений их вере не будет и в связи с этим самосожжения теряют всякий смысл.
Еще через шесть дней вышел Сенатский Указ "О защите раскольников от чинимых им обид и притеснений". И, наконец, 1 марта 1762 года Сенату был дан именной указ о секуляризации церковных и монастырских земель. По этому Указу деревни и земли, ранее принадлежавшие церкви, переходили под управление государственных чиновников из отставных офицеров. Доходы с земель и деревень предписано было употреблять, как на содержание монахов, но строго по штату, так и отставных солдат, а также на содержание инвалидных домов. Общее управление всеми новыми имениями осуществляла специально для того созданная Коллегия Экономии, а вместо разных сборов был введен единый подушный налог - один рубль в год с души. Вместе с тем прекращались всякие дотации тем монастырям, которые не могли обеспечить сами себя, а во всех вообще обителях повелено было "слуг и служебников оставить самое малое число, без которых по самой нужде быть не можно". Одновременно не были забыты и крестьяне: если окажется, что монастырские служки взяли у крестьян лишнее, то надлежит "оное, с них взыскав, возвратить крестьянам немедленно".
Все это, разумеется, сделало русское духовенство злейшим врагом Петра III. Прусский посланник барон Гольц писал Фридриху II, что духовенство направило императору коллективное послание, более похожее на декларацию, чем на прошение, в котором: "Жаловалось на насилие, причиненное ему этим указом (имеется в виду Указ о секуляризации церковных имений), на странный относительного его (духовенства) образ действий, которого нельзя было бы ожидать даже от басурманского правительства".
21 марта был издан Указ о ликвидации Лейб-кампании. И хотя Указ назывался "О распределении Корпуса Лейб-кампании по другим местам", но на самом деле этим актом почти все лейб-кампанцы либо отправлялись в отставку, либо возвращались в отдаленные гарнизоны, либо определялись в статскую службу.
Из 412 человек 330 отправлялись в отставку, 36 - переходили в гражданскую службу, остальные, как правило с понижением в чине, становились армейскими офицерами. И только 8 офицеров оставались в гвардии.
На место лейб-кампанцев заступали верные Петру III голштинцы, но не они определяли погоду во дворцах, ибо непоколебленной осталась главная сила дворцовых переворотов - Российская императорская лейб-гвардия, распустить которую у Петра III не было сил.
