Внутри корпуса кораблей делили горизонтальными настилами — палубами-деками. Их могло быть две (двухдечный корабль) или три (трехдечный корабль). О принудительной вентиляции корабельных помещений тогда даже не имели представления. Постоянно проникающая в трюм вода вызывала гниение корпуса и, что самое главное, отравляла воздух внутри корабля, делая его почти невыносимым для дыхания.
Недоброкачественная провизия, испортившаяся в деревянных бочках вода, недостаточно хорошая одежда и неблагоприятные гигиенические условия, общие, впрочем, всем флотам того времени, способствовали болезням и большой смертности. Порой из-за этого в сильные ветра малочисленные команды были просто не в состоянии выбирать якоря и, чтобы вступить под паруса, приходилось попросту рубать топорами якорный канат. Нередки были случаи, когда суда даже на небольшой качке теряли бушприты и мачты. При непрочном такелаже и парусах, некачественно выкованных якорях и ненадежных канатах опасность угрожала судам не только в море, но и на якоре. Следствием этого были частые крушения и гибель судов.
Усовершенствования же внедрялись на нашем парусном флоте с большим трудом. И все же конструкция кораблей и судов постепенно совершенствовалась. Так, во второй половине 90-х годов XVIII века во внутреннем креплении трюма начали применять металлические детали, а подводную часть корпуса обшивать медью. В начале XIX века повсеместно заменяли транцевую корму более прочной — сферической. Особенно много копий было сломано в нашем флоте в конце XVIII века по введению сплошной палубы, соединяющей бак с ютом и закрывающей шканцы. Это нововведение представляло существенные удобства как для управления парусами, так и для легчайшего спуска баркаса и, наконец, давало новую закрытую батарею. Когда же для опыта в Черном море были построены два линейных корабля с закрытыми шканцами, приверженцы старины во главе с вице-адмиралом Ушаковым нашли это нововведение неудобным и опасным Они считали, что установка орудий на возвышенной части палубы уменьшает устойчивость корабля, а в закрытой палубе пороховой дым будет затруднять действия орудий. Борьба сторонников и противников этого нововведения растянулась на много лет, пока его выгодность и перспективность не стали очевидными для всех.
Разумеется, качество постройки кораблей и судов во многом зависело от квалификации кораблестроителей, в первую очередь плотников. Поэтому, чтобы улучшить качество работ, а заодно и осуществлять обучение плотницкому мастерству, плотников, участвующих в строительстве кораблей и судов, разделяли на десятки, состоящие из одного десятника, двух хороших плотников, трех посредственных и четырех новичков. Десятник отвечал за качество работы, а также за поведение людей своего десятка. Три десятка плотников составляли «компанию» и подчинялись плотницкому комендору. Несколько комендоров подчинялись уже непосредственно корабельному мастеру, ведавшему строительством судна Любопытно, что во избежание хищения или поломки плотницкого инструмента его выдавали плотникам в начале постройки судна в их собственность. Присутствовала и материальная заинтересованность. Чтобы опытных плотников не переманивали на другие работы, им платили достаточно неплохое жалованье, помимо этого оплачивали покупку одежды и сапог, организовывали питание. В зимнее и холодное время плотницкие работы старались производить в специальных сараях. По возможности внедрялись специальные механизмы, краны, шпили, а потом и паровые машины. Для лучшей организации работ двум корабельным мастерам на верфи присваивали звание директоров. При этом один из директоров заведовал всеми кораблестроительными материалами, а второй занимался непосредственно организацией работ, для составления чертежей и разбивки корабельных членов на плазе имелись особые специалисты — драфцманы. Все корабельные мастера и другие, наиболее ценные специалисты имели повышенное жалованье, казенные квартиры или квартирные деньги, чтобы эти лица «могли быть совершенно чужды корыстолюбия и всяких предосудительных видов, но руководствовались бы правилами чести, усердия и ревности к службе».
