Тысячи членов левых партий и коммунистов были арестованы, их жестоко пытали. Сотни человек были казнены.
Тем не менее, Саддам не имел отношения к этим событиям. Прибыв в Багдад, он ощутил себя посторонним. До своего бегства из Ирака он слишком недолго пробыл в партии, чтобы создать силовую базу, а затем три года в Египте находился в политической изоляции. Главный козырь Хусейна, его участие в покушении на Касема, оказался недостаточным, чтобы открыть ему доступ в высшие эшелоны партии. В итоге раздосадованному молодому человеку пришлось околачиваться на задворках вновь образованной баасистской администрации и довольствоваться ничтожным постом члена центрального бюро партии от крестьян. Без промедления он начал укреплять свое положение в партии, вступив во фракцию, руководимую его земляком из Тикрита и кровным родственником бригадиром Ахмадом Хасаном аль-Бакром, который теперь стал премьер-министром Ирака, и полковником Салихом Махди Аммашем, министром обороны.
Едва только Баас пришла к власти, как в ней разгорелась жестокая идеологическая борьба между двумя главными соперничающими лагерями. Первый, левая воинствующая группа, возглавляемая Генеральным секретарем партии Али Салихом аль-Саади, проповедовала фундаментальное, быстрое преобразование иракской социально-политической системы в социалистическое государство. Ей противостояла миролюбивая правая фракция, отстаивавшая постепенную эволюцию к социализму и поддерживавшая связь с небаасистскими военными. Среди ее членов был тогдашний командующий воздушными силами — генерал Хардан аль-Тикрити. Фракция Бакра занимала промежуточное положение между этими двумя группировками с некоторой склонностью к правому лагерю. Этой центристской фракции не хватало идеологической убежденности и политического рвения двух других лагерей. Она не разделяла их готовности совершить политическое самоубийство ради теоретической догмы. Практики и прагматики до мозга костей, Бакр и его соратники очень старались примирить соперничающие фланги. Они понимали, что единственная надежда партии заключается в ее сплоченности. Или они будут держаться вместе, или их вместе повесят.
Но крайние вели безнадежную арьергардную борьбу. Не обращая внимания на призывы к умеренности, экстремистские фракции продолжали свое бескомпромиссное противостояние. На специальной сессии Регионального управления партии 11 ноября 1963 года левая группировка была исключена из партии. Генеральный секретарь Саади и четверо его ближайших помощников были арестованы во время заседания, отправлены в аэропорт и депортированы в Испанию. Этот переворот вызвал в Багдаде волну насилия, поставив столицу на грань гражданской войны. Национальная гвардия, политическое орудие Саади, бушевала на улицах, грабя и убивая. В отчаянной попытке добиться компромисса в Ирак поспешила высокопоставленная сирийская делегация во главе с Мишелем Афляком, но вскоре она поняла, что примирение уже невозможно и что единственным выходом из кризиса было очистить партию от двух экстремистских течений. В тот же день прибывшие члены Национального управления исключили правую группировку из Регионального управления, а ее лидеры были на самолете отправлены в Бейрут.
Чтобы заполнить возникший вакуум власти в иракском руководстве, на сцене появилось Национальное управление в Дамаске, принявшее на себя руководство иракским филиалом. Это оказалось роковой ошибкой. Поскольку иракское руководство Баас было успешно устранено, а вмешательство Национального управления в иракские дела рассматривалось общественностью как грубое нарушение суверенитета страны, репутация партии в Ираке опустилась до низшей точки. Это, в свою очередь, позволило президенту Абдель Салам Арефу, которого Баас сделала чисто номинальной фигурой, выступить против своих прежних благодетелей. В ноябре 1963 года, после девяти бурных месяцев у руля, Баас оказалась вышвырнутой из коридоров власти.
Это вытеснение было болезненным событием в истории Баас. Баасисты почувствовали горечь великой потери, упущенной исторической возможности. После язвительных взаимных обвинений и напряженных махинаций для занятия постов начался процесс самоанализа и критики. Но так же, как всеобщее благо не всегда приносит пользу каждому отдельному человеку, так и коллективная неудача часто не бывает фатальной для всех. Для Саддама Хусейна провал партии оказался скрытой удачей, важным поворотным пунктом в его карьере, за несколько лет сделавшим его одним из самых могущественных людей в партии.
