В дальнейшем, несмотря на либеральные взгляды американских властей, которые не препятствовали свободному передвижению русских по территории Манилы, дисциплина продолжала неуклонно падать. 24 февраля 1923 г. произошел бунт на канонерской лодке «Магнит». Несколько матросов выкрали оружие из офицерских кают, а затем, воспользовавшись первым попавшимся формальным поводом, подняли бунт. На «Магнит» был высажен караул с флагманского ледокола «Байкал», но арестовать зачинщиков не удалось. Вскоре был вызван американский караул, который даже не успел взойти на корабль, как бунт был подавлен. В итоге, после разбора обстоятельств произошедшего 12 участников бунта получили различные приговоры (по русским законам) — начиная от смертной казни и ниже. Но «…ввиду исключительности переживаемого времени и особенных условий жизни…» суровые приговоры были заменены различными не очень большими сроками заключения в американской тюрьме и лишением воинского звания для некоторых подсудимых. После этого случая серьезных беспорядков на флотилии не происходило.
Продолжались попытки решения проблемы трудоустройства русских эмигрантов. Капитан 1-го ранга Б.П. Ильин попытался создать механическую мастерскую (вместе с шестью механиками и машинными кондукторами), но просуществовала она очень недолго.
Американские власти, которые просто не знали, как им поступить с флотилией, решили ввиду приближения периода тайфунов погасить пары на кораблях и перевести их в другое место — в Олонгапо (бывшую испанскую военно-морскую базу в 68 милях к северу от Манилы). Личный состав русских кораблей признавался отдельной воинской частью (в дисциплинарном отношении) и подчинялся командиру военного порта. Однако в действительности русские люди были почти полностью предоставлены сами себе.
Еще во время перехода флотилии из Владивостока между адмиралом Старком и командирами кораблей возникла определенная конфронтация, поскольку большинство решений по выводу флотилии из трудных ситуаций Старк принимал единолично (советуясь только со своим начальником штаба — капитаном 1-го ранга Н.Ю. Фоминым). В Олонгапо эта конфронтация достигла предела, поводом к чему послужило решение американцев отказать в снабжении флотилии углем, а также требование погасить пары на кораблях. На флагманском ледоколе «Байкал» распоряжение было немедленно выполнено, в отличие от командиров остальных судов, резко воспротивившихся воле американских чиновников. Впрочем, инцидент закончился в пользу адмирала. Узнав о решении подчиненных, возмущенный Старк написал рапорт о передаче командования флотилией капитану 1-го ранга Фомину, который категорически отказался от предложения возглавить флотилии, после чего все командиры кораблей написали «покаянные» рапорта, и адмирал Старк остался на прежнем посту. Вскоре личный состав флотилии разместился в лагере на берегу, а на борту кораблей осталось по 1 офицеру и по 5 матросов для несения вахтенной службы.
27 марта 1923 г. командующий флотилией выпустил приказ № 134, в котором говорилось об окончании кампании и переходе кораблей в состояние долговременного хранения. После этого кормовые Андреевские флаги и гюйсы поднимались лишь по праздникам Через некоторое время частично удалось решить проблему трудоустройства русских эмигрантов. 140 мужчин и 13 женщин и детей отправились на остров Минданао для работы на плантациях по сбору абаки (растения, волокна которого используются при изготовлении волокон для манильских тросов).
26 апреля 1923 г. из Вашингтона пришла телеграмма, в которой говорилось о согласии США на прием русских эмигрантов. Для оплаты виз было разрешено продать часть имущества (железо и медь) с кораблей. Также использовались оставшиеся в кассе средства и сборы с благотворительного концерта. Часть денег на визы заработал и пароход «Взрыватель», снявший груз с филиппинского парохода «Кумсанг», севшего на камни в 150 милях к северу от Манилы. Вознаграждение за это составило 2000 песо. В итоге беженцы смогли купить необходимые визы.
Но перед командованием флотилии оставалась масса нерешенных проблем. Не была ясна судьба 153 человек, находившихся на острове Минданао, повис в воздухе вопрос и о дальнейшей судьбе кораблей, за которые американцы не хотели нести ответственности. В итоге старшим по проведению эвакуации был назначен генерал-майор П.Г. Хейсканен, а адмиралу Старку пришлось остаться на Филиппинах (американские власти возражали против этого решения). 24 мая 1923 г. 536 человек отбыли в Америку на транспорте «Меррит», который прибыл в Сан-Франциско 1 июля.
