После захвата противником основных баз — Архангельска и Мурманска — существование флотилии прекратилось. Судьба многих моряков сложилась трагически. Вот что пишет об оставшихся в Медвежьей Горе Кадесников: «Вместе с группами летчика лейтенанта А.Д. Мельницкого и командира десантной роты лейтенанта Вуича были захвачены и расстреляны: лейтенант Е. Садовинский, лейтенант Добромыслов, мичман Г. Католинский, старший гардемарин А. Хмылино-Вдовиковский, П. Светухин и др. Старший кадет Былим-Колосовский сумел бежать из Петрозаводска, но был во второй раз схвачен в нескольких километрах от финской границы и убит на обратном пути при конвоировании. Некоторые из захваченных сумели сбежать и пробраться к белым на юг России, но некоторым, в том числе гардемарину Ф. Каналоши-Лефлеру, избежавшим смерти весной 1920 года на севере России, не удалось от нее уйти осенью того же года при переходе через фронт в белый Крым. Нам также известно, как лейтенанту Е. Максимову с неимоверными трудностями удалось уйти на лыжах из Медвежьей Горы в Финляндию, но и этот выдающийся офицер позднее погиб при повторном нелегальном переходе границы с разведывательной целью».
Часть офицеров и некоторое количество матросов флотилии смогли попасть в Финляндию, где их интернировали в городе Лахти-Хеннола. Моряки флотилии во главе с командиром жаждали вновь принять участие в боях с большевиками. Так, Кира-Динжан 22 июля 1920 г. говорил: «…все мы согласны ехать (в том числе и я, конечно) в любых условиях, хоть на верхней палубе всю дорогу, лишь бы попасть в Крым». Однако попасть к Врангелю не удалось: до эвакуации «острова Крым» оставалось чуть более трех месяцев…
Помимо флотилий в составе войск Северной области действовали два морских бронепоезда — «Адмирал Колчак» и «Адмирал Непенин». Они были вооружены морскими орудиями и укомплектованы флотскими офицерами. Их боевая работа доставляла немало беспокойства противнику. Так, только в феврале 1920 г. после прибытия на фронт «морского бронепоезда» «Красный моряк» большевистские войска смогли активно действовать против белых бронепоездов. Судьба экипажей бронепоездов после падения фронта также сложилась весьма драматично. Вновь обратимся к Кадесникову: «Личный состав находившихся на Двинском фронте морских бронепоездов, под командованием капитана 1-го ранга Ю.Ю. Рыбалтовского, после переворота-в Архангельске должен был бросить поезда и отступить пешком к Мурманской железной дороге, но, не доходя до станции Сороки, был окружен в деревне Сухое и принужден был сдаться. Все находившиеся здесь морские офицеры, состоявшие в командном составе бронепоезда „Адмирал Колчак“ и других, были расстреляны в Холмогорах. Свою смерть здесь нашли: капитан 1-го ранга Ю. Рыбалтовский, старший лейтенант А. Лобода, командир бронепоезда „Адмирал Колчак“ капитан 1-го ранга Н.А. Олюнин, старший офицер „Чесмы“ и бронепоезда лейтенант Ю.Н. Витте, командир миноносца „Бесстрашный“ и затем плутонговый командир бронепоезда, и мичманы — граф Г. Гейден, барон Рокосовский, старший гардемарин А. Защев и др. Только нескольким смельчакам, в том числе лейтенанту Яновицкому, инженеру-механику лейтенанту Миловскому и старшему гардемарину Еловскому удалось отбиться и на лыжах пройти тяжелый путь до Финляндии… Одной большой группе, составлявшей команду бронепоезда „Адмирал Непенин“ (командир капитан 2-го ранга Н.М. Ломан), сражающейся на Мурманском фронте, вместе с примкнувшими к ним другими офицерами и гардемаринами, удалось пробиться в Финляндию, где она была интернирована».
Белые моряки, оставшиеся в живых и покинувшие Русский Север зимой 1920 г., в дальнейшем пополнили ряды эмигрантов в самых разных странах земного шара.
Начальный период Белого движения на Юге России
В ноябре 1917 г. в Новочеркасске объединенными усилиями генералов М.В. Алексеева и Л.Г. Корнилова начала создаваться Добровольческая армия. В первый период ее существования основу всех подразделений составляли офицеры, юнкера и кадеты, прибывшие на Дон из разных регионов России. Были среди них и чины флота, которые вошли в состав двух частей — Юнкерского батальона и Морской роты.
