По договору, заключенному РСФСР с Эстонией, на границах с которой остановилась Северо-Западная армия, Северо-Западная армия подлежала расформированию. Отношение эстонцев к Белому движению всегда было крайне враждебным, и они терпели ее существование до тех пор, пока она помогала им сражаться с большевиками. После заключения мира эстонские солдаты стали откровенно грабить русские части, русские солдаты и офицеры, которые в больших количествах находились на границе, сотнями умирали от инфекционных заболеваний. Затем правительство Эстонии пошло на оригинальный шаг, объявив призыв на принудительные лесные работы 15 тысяч «лиц без определенных занятий» (именно столько насчитывалось в тот момент работоспособных чинов армии), фактически установив таким образом институт рабства для бывших чинов Северо-Западной армии; в действительности на работы отправили 5 тыс чел. Затем основная масса офицеров рассеялась по всей Европе, остальным пришлось браться за любую работу, чтобы прокормиться.
Помимо Северо-Западной армии в регионе в разное время существовал еще ряд крупных войсковых антибольшевистских соединений, в частности Западная Добровольческая армия под командованием полковника П.Р. Бермондт-Авалова, Балтийский ландесвер. Поскольку русские моряки служили именно в Северо-Западной армии, другие формирования затрагиваться не будут.
Итак, всего в Северо-Западной армии воевало до 250 чинов флота, часть из которых служила в армии с самого начала ее формирования, часть же присоединилась к белым во время наступления на Петроград.
Первой белой морской частью на Северо-Западе стала Чудская озерная флотилия, созданная в августе 1915 г. по инициативе Военного ведомства и возглавляемая капитаном 2-го ранга Д.Д. Нелидовым. В 1918 г. она насчитывала 6 вооруженных пароходов, 3 вооруженных катера и 11 моторных катеров. С приходом к власти большевиков флотилия оставалась в готовности, но никаких действий не вела. Узнав о начале формирования белых частей в Пскове, командир флотилии решил вместе со своим соединением перейти на их сторону, что и произошло в одну из ночей октября 1918 г., уведены при этом событии с собой три из четырех пароходов, находившихся в главной базе флотилии — Раскопель. Флотилия поступила в распоряжение командующего Отдельным Псковским Добровольческим корпусом и принимала участие в боевых действиях. В частности, десант с кораблей занял Талабские острова После занятия Пскова красноармейцами флотилию эвакуировали в Юрьев (Дерпт), где ее корабли оказались захвачены Эстонией. После взятия Юрьева большевиками корабли вновь попали к ним в руки, но после отступления красных на пароходах опять подняли эстонские флаги. В мае корабли Чудской флотилии достаточно активно действовали против кораблей большевиков. Впоследствии пароходы Чудской флотилии вошли в состав эстонского флота.
В этот же период находившиеся в Ревеле флотские офицеры приняли участие в обороне города от большевиков в составе т. н. Ревельской самозащиты (формирования самообороны), а также в составе отдельных сухопутных частей. Например, в составе Балтийского ландесвера — добровольческого антибольшевистского формирования в Прибалтике — ротным командиром служил генерал-майор барон Ф.В. Раден, бывший капитан 1-го ранга Русского Императорского флота. Позже он командовал 17-м Либавским полком Северо-Западной армии и погиб 25 октября 1919 г. во время наступления на Петроград.
Зимой 1919 г. при штабе Северного корпуса сформировали военно-морской отдел, который возглавил капитан 1-го ранга М.Г. Кнюпфер. Впоследствии этот отдел был развернут в Военно-морское управление Северо-Западной армии, во главе которого стоял капитан 2-го ранга Д.Д. Тыртов. Общее командование и координацию действий немногочисленных морских частей Северо-Запада осуществлял начальник Морского походного штаба при Главнокомандующем — контр-адмирал В.К. Пилкин (с июля по декабрь 1919 г.). Деятельность управления заключалась в формировании морских частей — полка Андреевского флага, бронепоездов, танкового дивизиона и немногих кораблей, воевавших под русским военно-морским флагом (основные силы Балтийского флота находились в руках большевиков).
