Башня представляла собой чрезвычайно массивное сооружение: толщина стен первого этажа превышала два метра. Это делалось не с целью защиты – в стенах устраивали проходы и лестницы. И, когда родилась легенда о некоей Черной книге, полученной Брюсом от темных сил, людская молва указала на башню: книга должна быть замурована в ней (не то в основании, не то в стенах, не то в подземных ходах). Москвичи перешептывались, что магическая книга открывала Брюсу все тайны, и он мог с помощью этой книги узнать, что находится в любом месте на земле: у кого, что и где спрятано. И никому кроме самого Брюса она в руки не дается и находится в таинственной комнате, куда никто не решается войти. Отсюда и прозвище «чернокнижник». А книгу Брюс якобы замуровал перед смертью, чтобы она никому не досталась. Мы еще вернемся к этой легенде, но несколько позже.
Наблюдение за звездным небом хоть и занимательное занятие и для науки важное, но для Брюса в этот период его жизни – далеко не главное. В начале 1700 года в России учреждается регулярная армия, и Брюс становится родоначальником российских артиллерийских войск, принимает участие в подготовке войны со шведами, преуспевает в строительстве фортификационных полевых сооружений. Его идея создания артиллерийских соединений как боевых тактических единиц не оставляет Петра равнодушным – Брюс пожалован в генерал-майоры от артиллерии. Небезызвестная неудача в начавшейся Северной войне (1700–1721) первого похода к Нарве навлекла на Брюса гнев вспыльчивого Петра, отрешившего его от должности начальника артиллерии на год.
Однако на заводах отливаются орудия по чертежам, «присланным от Брюса», а в 1701 году русская армия опередила Западную Европу на полстолетия, создав конную артиллерию. В том же году Петр, сменив гнев на милость, назначает Брюса губернатором Новгорода, которым тот управлял четыре года. Вместе с тем Яков Вилимович активно воюет, участвуя почти во всех крупных сражениях. Он содействовал взятию Нотебурга (Шлиссельбурга) в 1702 году и Ниеншанца в 1703, завоевывал Нарву и Иван-город. В июле 1706 года Брюс получает чин генерал-майора, а в октябре участвует в блестящей победе Меншикова над шведским генералом Марфельдом под Калишем. Петр награждает его своим именным портретом с алмазами, а король Польши Август II жалует ему орден Белого Орла. Два следующих года Брюс неотлучно находится в армии, совершенствуя артиллерию и обучая солдат и офицеров. В свободное от воинской доблести время читает и переводит книги, в частности, в 1708 году заканчивает перевод «Геометрии словенски землемерия», ставшей первым печатным учебником в России.
Но на войне как на войне, и Брюс отличается в битве при деревне Лесной (1708), командуя левым флангом армии, и в сражении под Полтавой (1709), управляя всей русской артиллерией, состоявшей из 72 орудий. Именно артиллерия под командованием Брюса решила исход Полтавской битвы, сокрушив огнем шведские полки Карла XII. За Полтаву Яков Вилимович был награжден орденом Святого Андрея Первозванного, а 21 декабря 1709 года он участвует в триумфальном шествии Петра по Москве в ознаменование победы под Полтавой.
В мае 1710 года Брюс вместе с осадной артиллерией прибывает под Ригу под начало Б. П. Шереметева и принимает участие в осаде и взятии Риги. Через два месяца он вместе с русскими войсками вступает в город.
В 1711 году Брюс сопровождает Петра в Прутском походе и становится генерал-фельдцейхмейстером. Вместе с царем едет в Западную Европу, выполняет ряд его дипломатических поручений, заводит личные контакты с видными учеными, посещает их лаборатории и библиотеки, закупает новинки научной литературы и произведения искусства, приглашает в Россию «опытных офицеров и всякого звания художников». Доверяя широким познаниям и деловой экономности Брюса, Петр в сопроводительной грамоте писал: «И что он, генерал наш, им в контрактах обещает и заключит, то от нас все сдержано будет без умаления». В Торгау Брюс знакомится с Готфридом Вильгельмом Лейбницем, с которым будет переписываться до 1716 года – года смерти немецкого ученого.
