К маю 1962 года Генеральный штаб разработал план операции. Начинался он словами: «На о. Куба разместить Группу советских войск, состоящую из всех видов Вооруженных Сил под единым руководством штаба Группы во главе с главнокомандующим советскими войсками на о. Куба…». Перед советскими войсками ставилась задача во взаимодействии с кубинскими Революционными Вооруженными Силами (РВС) не допустить высадки противника ни с моря, ни с воздуха, одним словом, превратить остров в неприступную крепость.
Главную силу должны были составить ракетные войска Группы. В случае развязывания войны им предписывалось по сигналу из Москвы, и только по сигналу из Москвы, нанести удар по важнейшим объектам на территории США. Для этого на Кубе планировалось разместить три полка баллистических ракет «Р-12» (24 пусковых установки) и два полка баллистических ракет «Р-14» (16 пусковых установок). Всего предполагалось иметь 40 пусковых установок с ракетами, имеющими дальность стрельбы от 2,5 до 4,5 тысяч километров. Это обеспечивало надежное поражение важнейших объектов на значительной территории США. Например, под удар ракет «Р-12», имевших дальность полета 2–2,5 тысячи километров, попадали не только практически все восточное побережье США вплоть до Нью-Йорка, но и континентальная часть страны до Чикаго включительно.
Сухопутным войскам Группы ставилась задача прикрыть ракетные части, штаб Группы и быть готовыми оказать помощь кубинским РВС при разгроме морских и воздушных десантов противника.
Военно-воздушные силы Группы во взаимодействии с сухопутными войсками, силами ВМФ и кубинскими РВС должны были уничтожить морские и воздушные десанты противника с одновременным нанесением удара по военно-морской базе США Гуантанамо.
Частям Военно-морского флота совместно с ВВС предписывалось уничтожить боевые корабли и десантно-высадочные средства противника до высадки десантов. Кроме того, флот должен был блокировать минами базу Гуантанамо и обеспечить охрану наших транспортов на подходах к острову.
Войска противовоздушной обороны в составе двух дивизий должны были не допустить вторжения в воздушное пространство Кубы самолетов-нарушителей и нанесения ими ударов по войскам Группы, кубинским РВС и важнейшим административным и промышленным центрам страны. Наибольшую плотность зенитно-ракетных войск планировалось создать в западной и центральной частях острова, где предполагалось разместить ракетные полки и основную массу войск Группы. Командующим Группой войск на Кубе был назначен генерал армии Исса Александрович Плиев.
Для обеспечения боевой деятельности Группы войск планировалось иметь неснижаемый трехмесячный запас продовольствия и горючего. Солдатам, сержантам и офицерам выдавались два комплекта обмундирования: гражданский — для маскировки и военный — «южный», который предполагалось надеть только по особому приказанию в случае начала военных действий. Общую численность войск на Кубе планировалось довести до 43–44 тысяч человек. Для их переброски через океан требовалось 70–80 судов.
Так вкратце выглядел план операции, разработанный Генеральным штабом и доложенный 24 мая 1962 года министром обороны Р.Я. Малиновским Президиуму ЦК КПСС. Для дезинформации вероятного противника операция, не имевшая никакого отношения к северной реке, получила условное наименование «Анадырь». Закодирована она была под стратегическое учение с перебазированием войск и военной техники морем в различные районы Советского Союза. Кстати, еще в 1950-е годы название «Анадырь» носил один из сталинских планов создания на Чукотке миллионной армии для стремительного броска через Берингов пролив на Аляску. Операцию «Анадырь» Президиум ЦК КПСС одобрил единогласно, однако утверждать ее план не стал. Это сделать решили лишь после согласия Ф. Кастро.
Для переговоров с Ф. Кастро на Кубу вылетела делегация в составе члена Президиума ЦК КПСС Ш. Р. Рашидова, маршала С.С. Бирюзова и генерал-полковника С.П. Иванова. Фидель Кастро принял делегацию незамедлительно. Предложенный план кубинское руководство одобрило, но свое согласие на размещение наших ракет расценило не как помощь Кубе, а как помощь Кубы Советскому Союзу в достижении его собственных целей. С учетом размещения американских ракет в Турции и ядерного превосходства вероятного противника такая логика, несомненно, просматривалась.
