Причины бомбардировки непонятны: хотя с.Гехи-Чу непосредственно не контролировалось федеральными войсками (военных там, как и в большинстве населенных пунктов, не было), оно считалось "зоной мира", как и основная часть равнинных районов Западной Чечни (только в районе Орехово-Старый Ачхой-Бамут продолжались боевые действия).
8 октября 1995 г. во время действовавшего с июня перемирия, еще до заявления федеральной стороны о приостановке участия в переговорах и возобновлении "активных операций по разоружению чеченских боевиков", подверглось бомбардировке село Рошни-Чу. По сообщению главы Группы содействия ОБСЕ в Чеченской Республике Шандора Мессароша, посетившего село после бомбардировки, там погибли 28 человек, разрушено много домов10.
Бомбардировка, вероятно, явилась актом возмездия за совершенное 6 октября покушение на командующего Объединенной группировкой федеральных сил в ЧР А.А.Романова. Целью удара, очевидно, был периодически живший в этом селе Д.Дудаев, который, однако, не пострадал. В результате налета погибли несколько бойцов вооруженных формирований ЧРИ, в том числе начальник охраны делегации ЧРИ на переговорах Магомед Хачуев.
28 марта 1996 г. две бомбы упали на находящееся под контролем федеральных сил село Катыр-Юрт. В результате погибли девять жителей села (члены одной семьи), были полностью или частично разрушены несколько жилых домов. Имелись пострадавшие и среди федеральных военнослужащих11.
Командующий Объединенной группировкой федеральных сил в Чечне генерал-лейтенант В.В.Тихомиров заявил, что произошел несанкционированный сброс бомбы при пролете над селом штурмовика, принес извинения за случившееся и выразил соболезнование родственникам погибших.
2 апреля 1996 г. был подписан Протокол о мире и согласии между федеральными войсками, правительством Д.Завгаева и селом Шалажи, расположенным в 40-50 км южнее Грозного. Тем не менее в ночь на 3 апреля, а затем 4 апреля по этому селу были нанесены ракетно-бомбовые удары с воздуха. В результате авианалета были разрушены десятки домов, имелись убитые и раненые среди гражданского населения12.
Командующий ВВС РФ П.С.Дейнекин и командующий федеральными силами в Чечне В.В.Тихомиров заявили, что это провокация и федеральная авиация никаких ударов по Шалажи не наносила.
В российских СМИ13 было приведено мнение малоизвестного эксперта некоего Института оборонных исследований, который заявил, что налет был проведен дудаевской авиацией, базирующейся на аэродромах в Азербайджане. Эта версия затем была многократно повторена разными лицами. Последовал решительный протест президента Азербайджана Г.Алиева. Тогда представители федеральной стороны пошли в своих утверждениях еще дальше, отрицая сам факт бомбардировки с воздуха. Была вновь повторена впервые возникшая в декабре 1994 г. версия о том, что "чеченцы сами взрывают свои дома", - 10 апреля П.С.Дейнекин на пресс-конференции, фактически опровергая высказанные ранее генералом В.В.Тихомировым извинения, заявил, что "ни Катыр-Юрт, ни дважды Шалажи, никакие другие населенные пункты федеральные ВВС и авиация сухопутных войск не бомбили и не планировали бомбить"; он обвинил чеченских боевиков в том, что они якобы сами устраивают с провокационными целями взрывы "глубинных бомб" в населенных пунктах14.
По словам экспертов, форма воронок свидетельствовала о том, что взрыв, эквивалентный сотням килограммов тротила, происходил на глубине нескольких метров. Позже появились "свидетельства" об обнаружении подобных фугасов в чеченских населенных пунктах. "<...> были обнаружены мощные фугасы в виде авиационных бомб. Это самодельные устройства, которые управляются с помощью радио на расстоянии. Когда пролетает авиация федеральных войск над селением, фугасы взрываются и создается такое впечатление, что это наша авиация бомбит мирные населенные пункты. Причем именно в населенных пунктах, где были подписаны мирные соглашения, были обнаружены эти фугасы"15.
На самом деле чеченцы использовали управляемые фугасы (но меньшей мощности, изготовленные из крупнокалиберных артиллерийских снарядов) в "минной войне" для подрыва техники федеральных сил, а не собственных домов. Форма же воронок объясняется скорее всего тем, что они образовались при использовании авиабомб, предназначенных для поражения заглубленных объектов16. О наличии и применении таких боеприпасов сообщали официальные лица17, рассказывая о штурме "президентского дворца" в Грозном в январе 1995 г. Тогда такими бомбами были поражены наиболее заглубленные отсеки бункера в здании бывшего республиканского комитета партии, что и вынудило чеченцев покинуть его. Весной 1996 г. такие боеприпасы применялись федеральными силами при бомбардировках села Бамут для разрушения бункеров, оставшихся от советских военных объектов. 13 марта 1996 г. представитель ПЦ "Мемориал" А.В.Черкасов зафиксировал в Бамуте воронки с указанными характерными особенностями (см. раздел 3.2.3).