Дело Судоплатова было последним в длинной череде расправ над Берией и его соратниками, последовавших после поражения Лаврентия Павловича в борьбе с бывшими коллегами по руководству страной. «Дела» шились по знакомым лекалам, главным обвинением была государственная измена, а самым распространенным приговором — расстрел. Реальные преступления, в огромных масштабах содеянные этими людьми, казалось, были столь чудовищны, что их вину не требовалось усугублять фальсификациями, но они продолжались. Для тех, кто победил, это был способ уберечь себя от аналогий. Весьма малодейственный, как показало будущее, способ. Голодая, симулируя сумасшествие, отрицая обвинения, Судоплатов растянул следствие над ним на годы. Хрущёв чувствовал себя все увереннее, политическая грызня 1953 года постепенно становилась историей, теряла актуальность, и в этом был шанс Судоплатова сохранить жизнь. Тем более что главное обвинение, предъявляемое Павлу Анатольевичу, ставило суд в весьма щекотливое положение. Оно состояло в том, что Судоплатов организовывал политические убийства по приказанию Берия и в его предательских интересах. Суд не интересовали ставшие знаменитыми десятилетия спустя довоенные «подвиги» подсудимого, а только убийства второй половины 40-х годов. Но еще на следствии Судоплатов признал, что «по личному приказу Сталина и его соратников» он в послевоенное время принял участие в организации четырех политических убийств на территории СССР. Самым громким из них было убийство в 1947 году в Закарпатье униатского епископа Теодора Ромжи, сопротивлявшегося присоединению униатской церкви к РПЦ. Неприятность для следствия и суда состояла в том, что это убийство, по утверждению Судоплатова, было совершено по инициативе и настоянию Никиты Хрущёва, тогдашнего руководителя компартии Украины, а теперь непримиримого борца с нарушениями социалистической законности. В деле не оказалось никаких доказательств, что Судоплатов выступал организатором каких-либо террористических акций в пользу Берия.
Сам Судоплатов вспоминал: «Судьи были явно растеряны. Они получили подтверждение, что так называемые террористические акты на самом деле являлись боевыми операциями, проводившимися против злейших противников советской власти, по прямому приказу правительства». Из дела, кроме того, выяснилось, что давно мертвый Берия на допросах также отрицал, что его связывало с Судоплатовым что-либо, кроме сугубо официальных должностных отношений.
Судоплатов понимал, что судили его не за мифическую государственную измену и даже не за близость к Берии, которой, по-видимому, действительно не было, а за то, что он знает о роли Хрущёва в преступлениях сталинской эпохи.
И обстоятельствами убийства епископа Ромжи его познания не ограничивались. В результате, после короткого заседания, отвергнув законное требование подсудимого ознакомиться с его протоколом, суд удалился на совещание. Решение было скорым. В приговоре честно говорилось, что «суд основывает свой приговор на материалах, имеющихся в деле, но не рассмотренных в судебном заседании». Вердикт о пятнадцати годах тюрьмы обжалованию не подлежал. Всё-таки времена действительно изменились, и Судоплатову позволили остаться в живых.
Эту версию суда над ним в своих мемуарах рассказал сам Павел Судоплатов. С тех пор её никто не опроверг, и нам ничего не остаётся, как принять её на веру.
В тот же день Судоплатова доставили к Председателю КГБ Серову, в бывший кабинет Берии, у которого Серов когда-то служил заместителем. Серов пообещал, что Судоплатов останется жив и даже будет амнистирован, если вспомнит что-либо и сообщит ему о преступных приказах Маленкова и Молотова, но при этом не будет упоминать о роли «Никиты Сергеевича». Хотя Маленков и Молотов были сняты со всех постов, КГБ на всякий случай продолжал собирать на них компромат. Судоплатов ничего не вспомнил и ничего не забыл, а потому отсидел во Владимирской тюрьме все оставшиеся ему по приговору десять лет.
