Начиная со второй половины 2003 года компания «Сибнефть» подвергалась проверкам Генпрокуратуры в отношении законности приобретения в декабре 1995 года пакета акций ряда компаний — «Ноябрьскнефтегазгеофизики», «Ноябрьскнефтегаза», Омского НПЗ и «Омскнефтепродукта», а в марте 2004 года Министерство по налогам и сборам предъявило «Сибнефти» налоговые претензии за 2000/01 год в размере около одного миллиарда долларов. Позднее стало известно, что размеры налоговой задолженности были снижены налоговыми органами более чем втрое, а сама задолженность была уже возвращена в бюджет.
В 2003 году произошла еще одна попытка слияния «Сибнефти» и компании «ЮКОС», которая срывается по инициативе Абрамовича после ареста Ходорковского и предъявления «ЮКОСу» многомиллиардных налоговых претензий.
В июле 2003 года компания «Millhouse Capital» объявила о приобретении у известного международного производителя и продавца лекарств ICN Pharmaceuticals Inc. всех его российских активов. Сумма сделки составила 55 миллионов долларов. Тогда Абрамовичу, интересы которого представляла инвестиционная компания «Профит Хаус», удалось опередить остальных участников тендера, предложив за «ICN Россия» на 5 млн больше, чем конкуренты. В распоряжении «Millhouse Capital» оказались пять промышленных предприятий: «Октябрь» (Санкт-Петербург), «Лексредства» (Курск), «Полифарм» (Челябинск), «Марбиофарм» (Йошкар-Ола), «Томскхимфарм» (Томск), сеть из 96 аптек и аптечных киосков по всей стране, московский офис ICN площадью 12 000 кв. м. и все товарные знаки, принадлежавшие «ICN Россия». В этом же году приобретенные фармацевтические активы были переданы для управления группе «Биовит», которая уже владела производственными мощностями в Уфе и Нижнем Новгороде. Сразу же провели реструктуризацию, в результате которой было принято решение о продаже аптек и сети распространения. На челябинском «Полифарме» было свернуто производство, и все оборудование переправили на курское предприятие «Лексредства». Такая же участь в 2006 году постигла и санкт-петербургский «Октябрь». В течение 2003–2005 гг. Абрамович продал свои пакеты акций «Аэрофлота», «Русского алюминия», «Иркутскэнерго», Красноярской ГЭС, «РусПромАвто» — и, наконец, в октябре 2005 года продал свой пакет акций (75,7 %) компании «Сибнефть» «Газпрому» за 13,1 миллиарда долларов.

ОАО «НК ЮКОС» — российская нефтяная компания, существовавшая с 1993 года. О ее банкротстве было объявлено1 августа 2007 года
В июне 2006 года компания Романа Абрамовича «Millhouse Capital» выкупила через сеть офшоров у Александра Абрамова и Александра Фролова 41,3 % акций крупнейшей металлургической корпорации России «Evraz Group». Сумма сделки не называлась, но эксперты оценили это приобретение в 3–3,5 миллиарда долларов, а капитализацию всей «Евраз Групп» — в 8,5–9 миллиардов долларов. «Евраз Групп» включает в себя Нижнетагильский, Западно-Сибирский и Новокузнецкий металлургические комбинаты, итальянский «Palini e Bertoli» и чешский «Vitkovice Steel», а также горнодобывающий бизнес, в который входят «Евразруда», Качканарский и Высокогорский ГОКи, «Нерюнгриуголь».
В марте 2007 года Роман Абрамович развелся со второй женой Ириной. По утверждению британской прессы, отношения между супругами окончательно испортились после того, как появились слухи о связи Абрамовича с Дарьей Жуковой, бывшей подругой теннисиста Марата Сафина. Раздел имущества не затронул деловых интересов самого богатого россиянина. По данным британской прессы, Роман Абрамович выплатил рекордную сумму компенсации своей супруге, бывшей с ним на протяжении 15 лет, а также обязался содержать пятерых детей. Ирина воспользовалась услугами знаменитого адвоката Реймонда Туза, который за свои успехи на поприще бракоразводных процессов удостоился прозвища «Челюсти».