Политическая карьера Березовского зашла в тупик, когда 30 декабря того же года его репутация была превращена в прах: в популярном американском финансовом журнале «Forbes» вышла посвященная его жизни и деятельности статья под заголовком «Крестный отец Кремля? Власть, политика, убийства».
Получалось, что ребятам в Силиции есть чему поучиться у Бориса Березовского. Описывая его как «блестящего» и «бессовестного» дельца, журнал утверждал: «…за ним лежит гора трупов, безнадежные долги и конкуренты, которые находятся в страхе за свою жизнь». Они взяли на себя смелость сделать некоторые экстраординарные заявления о нем, которые охватывали убийство политических соперников, в том числе и предполагаемого директора ОРТ Владислава Листьева.
Совсем неудивительно, что Березовский подал в суд за клевету. Дело в том, что расследование могло затянуться на годы, после чего можно было услышать опровержение. Березовский не сдавался, он боролся за право отстаивать свою позицию в британских судах, в условиях жесткого противостояния «Forbes». Он утверждал, что обладал соответствующей юрисдикцией для рассмотрения данного дела в Великобритании, так как имел существенный бизнес, социальные и семейные связи с этой страной: его вторая жена жила отдельного от него в Лондоне с двумя детьми, у него были еще две дочери от предыдущего брака, которые учились в Кембриджском университете. «Forbes» проиграл битву, и в марте 2003 года дело было окончательно урегулировано после того, как журнал подтвердил, что их публикация была ложной, и дал обещание никогда публиковать ее впредь на своем сайте.
Служба Березовского в качестве заместителя министра Совета безопасности продлилась недолго. Он вместе с Владимиром Гусинским ввязался в войну против Владимира Потанина после результатов аукциона по продаже телекоммуникационной компании «Связьинвест» в июле 1997 года.
Потанин, при поддержке Джорджа Сороса, выиграл заявку, предложив 1,9 миллиарда долларов, но Березовский вместе с Абрамовичем и Гусинским отказался принимать результаты аукциона и, используя возможности своей медиаимперии, утверждал, что процесс был сфальсифицирован Потаниным, который якобы дал взятки членам правительства. Анатолий Чубайс и Борис Немцов, которые стали первыми вице-премьерами в начале того года, взяли на себя решение этого вопроса.
Ни одна из сторон не хотела идти на компромисс, в своей книге «Прощание кремлевского диггера» Елена Трегубова цитирует Немцова, описывая напряженную встречу на некой даче, где присутствовали Валентин Юмашев и Татьяна Дьяченко: «…Я пришел вместе с Чубайсом, потому что мы думали, что Валя хочет сказать нам что-нибудь о происходящей ситуации, но он ни с кем не говорил. Таня и Валя сидели молча и ели шашлыки, какой-то парень приготовил для них. Кто-то сказал мне позже, что это был Роман Абрамович».
Так называемая «информационная война» затянулась на месяцы, пока Чубайс и Немцов не подошли к Ельцину с просьбой уволить Березовского, аргументируя это тем, что члены правительства начнут игнорировать его. Ельцин принял решение в ноябре, позже в своих воспоминаниях он напишет, что «никогда не любил Березовского… из-за его высокомерного тона» и потому что люди приписывают ему «особое влияние в Кремле», далее добавив, что он был нужен из-за своих «талантов» и деловой хватки.
Ельцин зря думал, что таким образом он сможет избавиться от Березовского. В апреле следующего года, украинский президент Леонид Кучма предложил ему должность исполнительного секретаря Содружества Независимых Государств (СНГ). Задача секретаря заключается в организации сотрудничества между участниками Содружества. Так у него появилась ключевая роль в политике регионов.
Впервые российские предприниматели появились в списке богатейших людей мира журнала «Forbes» в 1997 году. Первая пятерка выглядела так: Борис Березовский — 3 млрд долларов; Михаил Ходорковский — 2,4 млрд долларов; Вагит Алекперов —1,4 млрд долларов; Рем Вяхирев — 1,4 млрд долларов;Владимир Потанин — 700 млн долларов;Владимир Гусинский — 400 млн долларов