Персональный состав лидеров ВНЦ должен был подчеркивать политическую значимость организации. Формальным главой Центра был кадетский «патриарх» Д.Н. Шипов, «человек очень крупного нравственного авторитета», которого «уважали люди политически с ним весьма несогласные». Фактическими руководителями ВНЦ стали бывший московский городской голова Н.И. Астров и представитель торгово-промышленной группы М.М. Федоров. Оба они позднее вошли в состав Особого Совещания при Главкоме ВСЮР, став наиболее влиятельными его участниками, по существу руководителями деникинского правительства. Контакты с белым Югом до осени 1918 г. вели полковник Лебедев, А.А. Лодыженский и Белецкий (Белоруссов).
С июня 1918 г. ВНЦ и СВР, при участии представителей правых, приступили к разработке единого для всего московского подполья проекта «конструкции всероссийской власти», который, в ближайшем будущем, осуществился бы в одном из регионов антибольшевистской России. Этот «Московский» проект был составлен, по воспоминаниям Астрова, «в маленькой конспиративной квартире, в одном из переулков на Плющихе». Суть московской «модели власти» образца 1918 г. не сводилась первоначально к безусловному признанию «директориального принципа». Идея «военной диктатуры», ставшая развитием идей сторонников генерала Корнилова еще в 1917 г., была, по свидетельству Астрова, «без споров и сомнений… принята всеми военными организациями и организациями, в которые входили в подавляющем числе правые элементы». ЦК кадетской партии «после ожесточенных прений в многочисленных заседаниях, происходивших в Москве на разных квартирах, большинством голосов признал необходимость военной диктатуры, как временной преходящей меры… Национальный Центр без колебаний стал на точку зрения полного и безоговорочного признания необходимости на время борьбы с большевиками — военной диктатуры».
Московское подполье нуждалось в практическом обеспечении конспирации. Известным естественником, профессором Н.К. Кольцовым для нелегальных встреч была предоставлена собственная квартира, а также аудитории Института экспериментальной биологии Государственного научного института здравоохранения. Совещания, как правило, проходили на частных квартирах участников подполья (чаще всего на квартирах, расположенных в переулках центра города: Н.Н. Щепкина (Трубный переулок, Хамовники)), Д.Н. Шипова (Конюшенный переулок), В.Н. Челищева (Николо-Песковский переулок), А.А. Титова (Газетный переулок), В.В. Волкова-Карачаевского (Девичье поле), графа Д.А. Олсуфьева (Мерзляковский переулок), А.А. Червен-Водали (на Пречистенке)). Внешняя конспирация удавалась немногим. Если Н.Д. Авксентьева, сбрившего бороду, узнать не могли, то Астрова, «ходившего по Москве в каком-то особом картузе», знали почти все знакомые. На хозяев квартир, случалось, доносили в милицию и в ЧК, но как правило, не соседи (домовая, корпоративная солидарность была достаточно высока, а политика «уплотнения», «вселения трудящихся» в многокомнатные частные квартиры еще не началась), а дворники и швейцары, прекрасно знавшие всех жильцов обслуживаемого ими дома. По воспоминаниям члена ЦК кадетской партии П.Д. Долгорукова, «изгнанные из дач и имений, мы должны были все лето, из-за опасений ареста и расстрела, вести в Москве кочевую жизнь в поисках ночлега, без прописки, опасаясь доноса швейцаров и дворников, постоянно меняя местожительства. Собиралось 2–3 раза в неделю лишь Бюро ЦК, человек 5–6, все лето по разным душным квартиркам на окраинах».
В июне-июле 1918 г. ЧК приступила к систематическим обыскам и проверкам. Квартиры Астрова, Титова, Долгорукова обыскивались по несколько раз, за ними было установлено наружное наблюдение. Не были надежным «убежищем» и помещения, где находились дипломатические миссии. Был проведен обыск и арест в помещении французской дипмиссии (Садово-Кудринская), глава которой Гокье вынужден был покинуть Москву с украинским паспортом. Наиболее серьезный удар ЧК нанесло по кадетской партии, опираясь на декрет от 28 ноября 1917 г. После окончания майской 1918 г. конференции было арестовано свыше 60 членов Центрального и Городского комитетов кадетской партии.
