По его мнению, даже осознанное воздействие человека на природу не способно поколебать этот базовый биологический закон Вселенной, действие которого с легкостью распознается на всех стадиях развития нашего общества: от начала добывания огня до эпохи изобретения атомного оружия. Сам принцип борьбы заложен в энергетической неравноценности организмов, это и есть принцип мировой эволюции, впервые всесторонне рассмотренный Ч. Дарвином. Карлтон С. Кун, конечно же, был последовательным дарвинистом. Свои взгляды по этому вопросу наиболее полно он изложил в работе «Эволюция человека и лавина культуры» (1970).
Его вклад в развитие археологии был основан на изучении пещер и впадин, богатых останками ископаемых форм человека почти по всей территории ойкумены. В Марокко и Индии он изучал историю эпохи неолита; в Иране – артефакты железного века. В Афганистане и Сирии обнаружил следы мезолитической культуры, которые оказались древнее западноевропейских. В Африке, в Сьерра-Леоне, он исследовал исторические остатки эпохи плейстоцена.
В области физической антропологии Кун обессмертил свое имя фундаментальным гигантским исследованием «Расы Европы» (1939), не утерявшим своего значения до сих пор из-за поистине энциклопедического обобщения информации по данному региону. В 1950 г. в соавторстве с С.М.Гарном и Дж.Б. Бёрдселлом он опубликовал еще одну работу «Расы», в которой наглядно и систематизированно точно изложил основные принципы расовой дифференциации среди людей.
Наконец, он одним из первых в мировой антропологической практике начал применять радиоуглеродный метод для установления исторического возраста ископаемых останков.
Как и каждый по-настоящему крупный антрополог, Кун создал свою оригинальную расовую теорию, которая получила название – «мультирегиональная концепция» («multiregional model»). На основе анализа разнообразных данных ученый пришел к выводу, что различные современные расы произошли от пяти основных самостоятельных предковых форм в пяти географических зонах и в разное время. Так, в частности, Европа представляет собой результат длительной истории эволюционного прогресса основных ветвей Белой расы. То же самое наблюдается и в других очагах расообразования. В соответствии с традициями американской школы антропологии, Кун в своих работах для определения дефиниции европеоидной расы применял такие понятия, как «Белая раса» и «Кавказская раса». Последний термин в европейской системе научных координат в настоящее время не используется.
Но при этом он достоверно указал на основе сведений о миграционных процессах процентную концентрацию генетического вклада выходцев из Северной Европы в различных регионах земного шара. Ранние этапы эволюции человека, согласно его изысканиям, характеризуются параллельным существованием неандерталоидных форм с предшественниками современных рас человека во всех обитаемых регионах, на что собственно и указывают результаты последних раскопок.
По мысли Куна, обитавшие каждая на своей территории расы могли находиться на разных стадиях эволюционного пути и преодолевать критический барьер между примитивным и разумным состояниями в разное время. Оценивая наблюдаемые различия в объеме черепа и в культурных достижениях, Кун предположил, что африканские популяции отстали от других рас и что нынешние австралийские аборигены все еще сохраняют черты примитивных Homo erectus. Из его теории сами собой вытекают и предсказуемые следствия. Поскольку каждая раса имеет собственную популяцию первопредков, несмотря на смешение и миграции в процессе эволюции, должны встречаться люди исходного биологического типа. Так, жившего 800 тысяч лет назад эректуса яванского человека и его потомков, австралийских аборигенов, объединяют такие общие признаки, как мощный сагиттальный гребень на верхней части черепа и чрезвычайно массивные надбровные дуги. Обитавший в Китае от 500 до 200 тысяч лет назад так называемый «пекинский человек» имел такие общие с современными монголоидами черты, как плоское лицо и лопатовидные резцы передних зубов и т.д. Свои взгляды на эволюцию Кун как расовый теоретик окончательно оформил в фундаментальной работе «Происхождение рас» (1962).