Повесть в «Русском обозрении», в которое она первоначально предназначалась, опубликована не была. Сначала трения возникли по вопросу о гонораре – редакция не выполняла данных обязательств. «Порядки в московских редакциях изумительны, – писал Чехов брату И. П. Чехову около 12 мая. – Когда будешь в пятницу в „Обозрении“ и тебе не выдадут корректуры, то скажи, чтобы тебе немедленно возвратили рукопись и что я к подобному отношению к себе не привык <…>. В редакции скажи, что я беру назад рукопись потому, что князь не сдержал обещание, которое дал мне». 12 мая редактор Д. Н. Цертелев написал Чехову извинительное письмо. 20 мая Чехов был в редакции и получил аванс.
Однако это не уладило конфликт окончательно; причины его, видимо, лежали глубже. А. А. Измайлов считал, что консервативной редакции «очевидно, идейно не нравился рассказ», но она «не имела мужества заявить это прямо» (А. Измайлов. Чехов. М., 1916, стр. 383–384).
Книжки журнала задерживались (так, июньская книжка ожидалась только в августе – см. письмо П. М. Свободина от 19 августа 1892 г. – ГБЛ). Выход повести в свет все время откладывался. Это волновало Чехова. Он пишет в начале августа письмо Цертелеву, в котором, очевидно, снова подымает вопрос о возврате рукописи. Одновременно он просит Свободина зайти в редакцию «Русского обозрения» и узнать о состоянии дел. И Цертелев, который в это время уже вышел из редакции, и Свободин советовали взять рукопись из «Русского обозрения» (письма Цертелева от 17 августа и Свободина от 19 и 24 августа 1892 г. – ГБЛ). Это и было сделано (см. письма Чехова Боборыкину от 20 сентября 1892 г., А. А. Александрову и Лаврову от 22 октября).
В это самое время Чехов сблизился с журналом «Русская мысль». Туда он и отдал свою повесть.
«Русское обозрение» возвратило рукопись не сразу, то обещая, то настаивая на своих правах (письма Свободина Чехову в сентябре 1892 г. – Записки ГБЛ, вып. 16, стр. 230; Лаврова – Чехову, октябрь 1892 г. – ГБЛ; Чехова – Лаврову от 22 октября 1892 г.). В конце октября все наконец устроилось. 25 октября Лавров писал: «Ура! Дело с „Русским обозрением“ окончилось самым лучшим образом : рукопись Вашу и расписку в получении Вами 500 рублей отобрали обратно. Все это теперь находится в наших руках» (ГБЛ). В этом же письме Лавров просил разрешения по цензурным соображениям печатать «Палату № 6» «раньше „Рассказа моего пациента“, т. е. в ноябре <…>. Если мы получим Ваше согласие, то велим тотчас же набирать „Палату № 6“ и немедленно вышлем Вам корректуру» (ГБЛ). Чехов разрешил. «Палата № 6» была напечатана в ноябрьской книжке «Русской мысли».
Вскоре после того Чехов исправил текст «Палаты № 6» для сборника под тем же заглавием (над корректурой сборника Чехов работал во время своего приезда в Петербург в декабре 1892 – январе 1893 г.). При включении повести в сборник было изменено деление ее текста на главы. В журнальном варианте вся история Ивана Дмитрича Громова составляла одну главу. В сборнике каждый существенный период его жизни (детство и юность, начало болезни, жизнь в палате № 6) выделен в самостоятельные главы. То же сделано и с жизнеописанием доктора Рагина. Без изменения оставлены только III и заключительная, VI (они стали соответственно IX и XIX главами) главы, имеющие особое значение в развитии сюжета (III гл. – знакомство доктора Рагина с Громовым, VI гл. – смерть Рагина). В результате вместо шести глав стало девятнадцать; в последующих изданиях сборника и в издании А. Ф. Маркса количество это не менялось. Как видно из письма И. И. Горбунову-Посадову от 23 марта 1893 г., новому разделению на главы Чехов придавал большое значение. «Как жаль, – писал он, – что я не догадался посоветовать Вам набирать с суворинского издания! Там много перемен. Деление на главы совсем иное, и есть прибавки». Прибавки были небольшими. Так, в финале восстановлена фраза, мотивирующая предсмертное видение доктора (стадо антилоп, «о которых он читал вчера»). Эта фраза была пропущена Чеховым при переписке рукописи набело (письмо Горбунову-Посадову, 23 марта 1893 г.). При включении повести в издание Маркса исправления тоже были невелики. Текст повести почти полностью сложился сразу и, кроме изменений в делении на главы, существенной переработке при переизданиях не подвергался.