По окончании института КГБ был в августе 1985 года командирован в представительство КГБ в ГДР, где до начала 1990 г. работал в Дрездене.
На январь 1990 года – старший помощник начальника третьего линейного отдела от управления «С» (нелегальная разведка); по партийной линии – секретарь парторганизации Дрезденской группы Представительства КГБ в ГДР и член парткома Представительства.
По возвращении из ГДР получил в феврале 1990 г. должность помощника проректора ЛГУ по международным вопросам, на которой оставался до своего назначения председателем Комитета по внешним связям (КВС) петербургской мэрии летом 1991 г.
В 1990 году вместе с проректором ЛГУ по международным вопросам Юрием Молчановым участвовал в организации совместного предприятия ЛГУ и компании Procter & Gamble (P&G). Через проректора Ю. Молчанова возобновил знакомство с А. Собчаком.
Став в мае 1990 года председателем Ленинградского городского Совета, А. Собчак взял В. Путина к себе на должность советника по международным вопросам, а после своего избрания (12 июня 1991 г.) мэром Санкт-Петербурга одним из первых своих распоряжений назначил 28 июня В. Путина председателем Комитета по внешним связям (КВС) Санкт-Петербургского городского правительства.
После ликвидации ГКЧП В. Путин подписал заявление об отставке из органов и в начале 1992 года был переведен в действующий резерв КГБ в звании подполковника запаса.
* * *
В конце 1991 – начале 1992 г. В. Путин выступил инициатором продовольственного снабжения Санкт-Петербурга из-за границы в обмен на экспорт. 4 декабря 1991 г. он подписал письмо с таким предложением в Комитет по внешним экономическим связям (КВЭС) Министерства экономики: поскольку «единственным источником поступления продуктов в регион с января по февраль 1992 года может стать их импорт в обмен на экспорт», В. Путин просил предоставить петербургской мэрии квоту в размере «124 миллиона долларов на экспорт сырья (леса, нефтепродуктов, лома цветных металлов, а также 14 тонн редкоземельных металлов – тантал, ниобий, гадолиний, церий, цирконий, иттрий, скандий, иттербий), а возглавляемому им КВС – право на распределение квот и выдачу лицензий». 25 марта 1992 г. Минэкономразвития предоставило КВС Санкт-Петербурга право подписывать экспортные лицензии. Однако некоторые лицензии и контракты Путин и его заместитель Александр Аникин подписали еще до получения официального разрешения.
Как пишет В. Прибыловский («Кооператив „Озеро“»), 10 января 1992 г. по решению 13-й сессии Петросовета была создана специальная депутатская Рабочая группа по расследованию деятельности КВС во главе с Мариной Салье (председателем комитета Петросовета по продовольствию) и Юрием Гладковым.
М. Салье вспоминает, что сырье, в т. ч. содержащее редкоземельные элементы, продавалось с разрешения КВС за границу «по демпинговым ценам, на порядок ниже рыночных».
Рабочая группа М. Салье рекомендовала мэру отстранить В. Путина от занимаемой должности и передала материалы своего расследования в городскую прокуратуру и в Контрольное управление Администрации президента.
Прокуратура криминала в деятельности В. Путина не усмотрела, хотя прокурор города Владимир Еременко и направил А. Собчаку представление о «некорректно составленных договорах КВС и неверном оформлении некоторых лицензий». Председатель КВЭС П. Авен также не стал опротестовывать лицензии, выданные петербургским КВС. Тем не менее заместитель В. Путина А. Аникин был вынужден оставить свой пост, а часть заключенных под эгидой В. Путина сделок была расторгнута.
В качестве председателя КВС В. Путин лично курировал создание в 1992 году Петербургской валютной биржи, подписание в 1992 году договора о консультировании мэрии крупной международной аудиторской фирмой KPMG, инвестиционного проекта по организацию производства в Санкт-Петербурге «Кока-колы».
Способствовал приходу в город ряда немецких компаний – в частности, при его содействии был открыт BNP-Drezdner Bank (Rossija) – один из первых иностранных банков на территории России.
В 1992 году во главе городской делегации В. Путин посетил Франкфурт-на-Майне, где он и другой член делегации, Владимир Смирнов (коммерческий партнер «авторитетного» петербургского бизнесмена Владимира Кумарина-Барсукова), убедили группу франкфуртских инвесторов создать немецкую компанию «S. Peterburg Immobilien und Beteilgungen Aktiengesellshaft» (известную также как SPAG), которая через посредство дочерних российско-немецких компаний занялась бы инвестированием в петербургскую недвижимость. Четыре чиновника петербургской мэрии, в том числе В. Путин, вошли в состав наблюдательного совета SPAG; Путин был заместителем председателя наблюдательного совета.