Вступив в управление Церковью, священномуч. Киприан начал заботиться о нравственном преуспеянии своей паствы и о церковном благочинии. Его пастырская деятельность простиралась на всю африканскую область. Во время жестокого гонения Декия 250 года, священномуч. Киприан согласно бывшему ему видению, удалился из Карфагена, но продолжал окормлять паству через послания.
Во время гонения было много падших и возник вопрос об отношении к ним. Группа Новата с Фелициссимом принимала падших без покаяния, довольствуясь одним ходатайством исповедников за них. Почти в то же время в Риме возник раскол в связи со слишком благосклонным принятием падших. Его возглавил пресвитер римский Новациан. Он учил, что Церковь есть общество святых, извергающее из недр своих всех совершивших смертные грехи и не принимающая согрешивших обратно. Со временем, к римским раскольникам примкнул и Новат, хотя сначала держался противоположного мнения.
Для уврачевания этого раскола в Карфагенской Церкви, священномуч. Киприан созвал Собор, на котором было определено, что падшие не должны быть лишаемы надежды на примирение с Церковью, но не должны быть и допускаемы к церковному общению без предварительного покаяния.
Вскоре новое несчастье постигло паству священномуч. Киприана: около 253 года в Карфагене открылась моровая язва. Святитель своим примером расположил всех оказывать помощь страждущим. Он писал: «Не смотрите на лицо страждущего, они все ваши братья, дети единого Отца Небесного, и пусть язычники видят, что самая смерть не может угасить в христианине любви ко врагам».
В 255 году возник спор о крещении еретиков. Священномуч. Киприан, следуя обычаям своей Церкви, и на основании той мысли, что вне Церкви нет Духа Божия, а следовательно и таинств, постановил крестить всех еретиков, обращающихся к Церкви. О таком решении священномуч. Киприан известил римского папу Стефана. Папа прислал послание с обличением и отлучением карфагенского клира, если священномуч. Киприан не откажется от своего постановления. В ответ священномуч. Киприан написал труд «О ревности и зависти» и в 257 году на новом Соборе подтвердил прежнее решение. Кроме того, было постановлено, чтобы никто из архиереев не именовал себя главою епископов и чтобы Карфагенская Церковь не искала суда у Римской.
В августе 257 года император Валериан снова воздвиг гонение на христиан. Священномуч. Киприану было предложено принести жертву. Он отказался и был сослан в городок Курубис, где провел около года, и откуда продолжал руководить епархией. В видении священномуч. Киприану было открыто, что его вскоре обезглавят.
Через год гонения усилились. Священномуч. Киприана вызвали в Карфаген. Он явился туда, лишь когда в город возвратился проконсул, дабы его дело имело большую огласку. Священномученик писал в это время: «Подобает, дабы епископ исповедовал Господа в главном городе своей епархии и оставил народу своему память о своем исповедании». Он готовился к смерти с той же мужественной прямотой, какую являл всей своей жизнью.
Когда верующие узнали о прибытии епископа, они окружили его дом. Священномуч. Киприан потребовал лишь, чтобы из толпы увели девушек, дабы им не подвергаться оскорблениям солдат. Последняя ночь перед судилищем протекла в бдении, словно над телом мученика. Наутро епископ предстал перед проконсулом. Сохранилась запись судебного разбирательства:
– Ты ли Фасций Киприан?
– Да, это я.
– Ты ли здешний папа этих святотатцев?
– Да.
– Божественные императоры повелели всем принести жертву.
– Я это знаю.
– Обдумай.
– Делай, что тебе приказано, обдумывать тут нечего.
Проконсул поразмыслил и вынес приговор:
– Повелеваем, дабы Фасций Киприан был предан смерти чрез отсечение головы.
– Deo gratias (Благодарение Богу), – ответствовал священномученик.
Осужденного тут же повели к месту казни. Епископ Христов Киприан снял плащ и мантию, и передал их диаконам. Оставшись в тунике, он преклонил колена и погрузился в долгую молитву. Затем он по-царски одарил палача двадцатью пятью золотыми монетами. Потом сам завязал себе повязку на глазах, и попросил диакона и священника связать ему руки. После сего приговор был приведен в исполнение. Казнь священномуч. Киприана состоялась 31 августа/13 сентября 258 г.
