Среди донских казаков, поселившихся на Тереке до Пугачева, было неспокойно. Они получали меньшее жалованье, чем коренные терские казаки, и, естественно, высказывали недовольство. Об этом, конечно, стало известно новоприбывшему донцу, и он, снова появившись в Ищорской, активно обсуждает с другими переселенцами их нужды и обиды. А их собралось немало — помимо Ищорской, но прибыли казаки еще двух недавно основанных станиц: Галюгаевской и Наурской. Все они с согласия Пугачева решили, «чтобы он взял на себя ходатайство за них об испрошении им в Государственной Военной коллегии к произвождению денежного жалования и провианта против Терского семейного войска казаков». За это они обещали избрать Емельяна своим атаманом, сам он явно к этому стремился.
Получив от казаков 25 рублей на дорогу, Пугачев 8 февраля 1772 года отправился хлопотать об их нуждах. В тот же день в Моздоке он закупил нужный «харч». Но на следующий день при выезде из города, «за рогаткою», его схватили караульные и привели в комендантскую канцелярию. Начался допрос, и Пугачев признал, что бежал с Дона. Он оказался на гауптвахте прикованным цепью к стулу. Пославших его казаков нещадно били батогами. Пугачева ожидало нечто худшее, но он, прождав три дня в заключении, 13 февраля бежал из него вместе с охранявшим его солдатом Венедиктом Лаптевым.
По дороге домой в Нижне-Курмоярской станице у казака Дмитрия Плохова Пугачев достал лошадь и скоро был в Зимовейской. Жена Софья, опасаясь за мужа, отправила детей со двора в другое место.
— Я был на Тереке, и меня принять семейные хотят; а как у них нет теперь атамана, а я человек честный, то оне меня и атаманом выберут.
Но Софья не верила его словам и горько рыдала, рассказывая, что его ищут. На утешения мужа отвечала новыми слезами, и тот махнул рукой, понимая всю безнадежность положения:
— Ну ин, коли так, поди и скажи про меня, што я пришел.
Софья очень, конечно, хотела, чтобы муж жил дома, не выглядел в глазах властей беглецом. Сейчас, как она надеялась, его накажут, а потом отпустят к семье, и все наладится. Она побежала к жене брата, та — к атаману. Беглеца арестовали и привели к нему. Тот на другой день выслал его в станицу Чирскую, там находилась розыскная команда старшины Михаила Федотова.
— Ну, Пугачев, — обратился к нему старшина, когда они остались вдвоем, — дай мне сто рублей, так я напишу тебя в службу, чтобы ты вину свою заслужил, и в Черкасск не пошлю.
— У меня сто рублей нет, а пятьдесят дам.
Федотову этого было мало, и с его согласия Емельян под конвоем пошел к чирскому старшине Карпу Денисову. Тот с охотой дал недостающие 50 рублей:
— На, возьми и отнеси их. Это хорошо, если он запишет тебя в службу.
Пугачев принес деньги Федотову, но тот взять их отказался:
— Где ты эти деньги занял?
— У Карпа Петровича Денисова.
— Нет, если эти деньги ты занял у него, то я их у тебя не возьму: он свой брат, полковник; как только сведает, что с тебя взял, так донесет, и меня за это разжалуют. Поди вон!
Арестованный опять пошел к Денисову, чтобы отдать деньги. Но старшина взял 40 рублей, а 10 рублей оставил ему, — «в Черкасске пригодятся».
Пугачева и других колодников водой повезли в Черкасск. В Цимлянской, находясь в станичной избе, он увидел Лукьяна Ивановича Худякова, старого своего сослуживца по прусской кампании, и попросил о свидании с ним. Ему разрешили. Пугачев пришел к нему домой и, убедив Худякова в своей невиновности, просил взять его на поруки, пообещав за это 6 рублей. Тот поверил и попросил в станичной избе, чтобы ему дали на поруки Пугачева, которого он отвезет в Черкасск. Получив согласие, Худяков отправил Пугачева с сыном Прокофием. На третий день младший Худяков вернулся домой и сообщил отцу, что Пугачев по дороге бежал и «лошадь, на которой он ехал, увел».
Лукьяна Худякова, упустившего Пугачева, наказали плетьми, а старшину, отдавшего арестанта на поруки, на месяц посадили на хлеб и воду. Беглец же, ускакавший в степь, скоро оказался на реке Койсухе (Ковсуге). Там жили раскольники, выведенные из Польши. В слободе Черниговке Валуйского уезда он спросил у местного жителя: не согласится ли кто-нибудь отвезти его до обоза казачьей команды Краснощекова? Располагался обоз около Изюма у Протопоповки.
