Вскоре он начал публиковать свои первые клинические работы, а также статьи по применению разработанного им же теста словесных ассоциаций. Юнг пришел к выводу, что посредством словесных связей можно обнаружить ("нащупать") определенные совокупности (констелляции) чувственно окрашенных (или эмоционально "заряженных") мыслей, понятий, представлений и, тем самым, дать возможность выявиться болезненным симптомам. Тест работал, оценивая реакцию пациента по временной задержке между стимулом и ответом. В результате выявилось соответствие между словом-реакцией и самим поведением испытуемого. Значительное отклонение от норм отмечало присутствие аффективно-нагруженных бессознательных идей, и Юнг ввел понятие "комплекс", чтобы описать их целокупную комбинацию. /3- С.40 и далее/
В 1907 году Юнг опубликовал исследование о раннем слабоумии (эту работу Юнг послал Зигмунду Фрейду), несомненно повлиявшее на Блейлера, который спустя четыре года предложил термин "шизофрения" для соответствующей болезни. В этой работе /4- С. 119–267; 5/ Юнг предположил, что именно "комплекс" отвечает за выработку токсина (яда), задерживающего умственное развитие, и именно комплекс напрямую направляет свое психическое содержание в сознание. В таком случае маниакальные идеи, галлюцинаторные переживания и аффективные изменения при психозе представляются как в той или иной степени искаженные проявления подавленного комплекса. Книга Юнга "Психология dementia praecox" оказалась первой психосоматической теорией шизофрении, и в дальнейших своих работах Юнг всегда придерживался убеждения о первичности психогенных факторов в возникновении этой болезни, хотя постепенно и оставил "токсинную" гипотезу, объясняясь в дальнейшем больше в терминах нарушенных нейрохимических процессов.
Встреча с Фрейдом обозначила важную веху в научном развитии Юнга. К моменту личного знакомства в феврале 1907 года в Вене, куда Юнг приехал после непродолжительной переписки, он был уже широко известен как своими опытами в словесных ассоциациях, так и открытием чувственных комплексов. Используя в опытах теорию Фрейда — его труды он хорошо знал, — Юнг не только объяснял свои собственные результаты, но и поддерживал психоаналитическое движение как таковое. Встреча дала начало тесному сотрудничеству и личной дружбе, продолжавшимся вплоть до 1912 года. Фрейд был старше и опытнее, и нет ничего странного в том, что он стал для Юнга, в некотором смысле, отцовской фигурой. Со своей стороны, Фрейд, воспринявший поддержку и понимание Юнга с неописуемым энтузиазмом и одобрением, уверовал в то, что наконец-то нашел своего духовного "сына" и последователя. В этой глубоко символической связи "отец — сын" росли и развивались как плодотворность их взаимоотношений, так и семена будущего взаимоотречения и размолвки. Бесценным даром для всей истории психоанализа является их многолетняя переписка, составившая полновесный том /6- P.650 [том содержит 360 писем, охватывающих семилетний период и варьирующих по жанру и объему от короткой поздравительной открытки до фактического эссе в полторы тысячи слов]; 7- С. 364–466 [на русском языке переписка частично опубликована здесь]/.
В феврале 1903 года Юнг женился на двадцатилетней дочери преуспевающего фабриканта Эмме Раушенбах (1882 — 1955), с которой прожил вместе пятьдесят два года, став отцом четырех дочерей и сына. Вначале молодые поселились на территории клиники Бурхгольцли, занимая квартиру этажом выше Блейлера, а позже — в 1906 году — переехали во вновь отстроенный собственный дом в пригородное местечко Кюснахт, что неподалеку от Цюриха. Годом раньше Юнг начал преподавательскую деятельность в Цюрихском университете. В 1909 году вместе с Фрейдом и другим психоаналитиком — венгром Ференчи, работавшим в Австрии, Юнг впервые приехал в Соединенные Штаты Америки, где прочел курс лекций по методу словесных ассоциаций. Университет Кларка в штате Массачусетс, пригласивший европейских психоаналитиков и праздновавший свое двадцатилетнее существование, присудил Юнгу вместе с другими почетную степень доктора.