В феврале 1666 года открылись заседания собора, и к этому времени из разных мест привезли в Москву находившихся в заточении или ссылке раскольников; к 1 марта привезен был сюда и Аввакум с двумя сыновьями, Иваном и Прокопием, тогда как остальная его семья была оставлена в Мезени. Теперь, перед лицом последнего, решительного испытания, долженствовавшего окончательно определить судьбу как всего движения, так и отдельных его представителей, раскольники явно распались на две группы. Одни из них, проникнутые лишь сомнением относительно реформ Никона, не предрешали бесповоротно вопроса об их неправоверии и готовы были пойти на убеждение, выслушать и оценить, более или менее спокойно и беспристрастно, доводы защитников церковной реформы. К ним примыкали такие люди, убеждения которых были гораздо прочнее обоснованы в их теоретическом сознании, но которые отступали перед последовательным проведением этих убеждений на практике из чувства страха, вытекало ли последнее из смутно чувствовавшегося еще уважения к авторитету вселенских патриархов или сводилось оно к боязни перед мерами светской власти. Соответственно этому люди данной группы и вели себя перед собором: они или искали убеждения, или, по крайней мере, поддавались ему. Так епископ вятский Александр, раньше восстававший против реформ Никона, обратился к членам собора за разъяснением своих сомнений и, получив доказательства правоверности изменений, произведенных в церковных книгах и обрядах, был убежден этим и “стал поборать не по мятежницех, но по истине”. Так “предста волею” пред собором иеромонах Сергий, числившийся до того в рядах раскольников, и подал покаянное писание, свидетельствуя о перемене своего взгляда на исправленные книги: “ныне уверихся, – говорил он, – добрым уверением от древних рукописных славянских святых книг, паче же греческих”. Равным образом и некоторые другие из раскольников перед лицом собора отступились от своих убеждений, иные искренне, иные лишь по наружности. Но рядом с этими поколебавшимися людьми стояли и другие, твердо решившиеся вести дело до конца, слишком фанатически преданные ему, чтобы можно было думать о воздействии на них путем убеждения, и слишком крепкие духом, чтобы отступить перед грозившею опасностью. Последовательно проводя основной принцип своей деятельности, заключавшийся в сохранении русского правоверия, которое противополагалось всякому другому, эти люди не отступали перед отрицанием авторитета вселенских патриархов, в их глазах имевшего крайне сомнительную ценность. При этом, будучи вполне уверены в правоте своих идей, они не видели никакого среднего пути между полной их победой и решительным поражением и, не надеясь уже в данное время на первую, заранее готовились к мученичеству. На этой группе сосредоточивался весь жгучий интерес настоящей минуты, на нее обращена была вся ненависть врагов раскола и все симпатии его явных и тайных сторонников. Среди самой же этой группы наиболее видным лицом являлся Аввакум, занявший положение ее главного вождя.
По привозе Аввакума в Москву церковные власти попытались было склонить и его путем увещаний к примирению с церковью, но эта попытка не имела никаких результатов, и вслед за тем протопоп был отвезен в Пафнутьев монастырь, верст за 90 от столицы, и отдан там под начало. Время от времени сюда приезжали от собора духовные лица уговаривать Аввакума смириться и принести покаяние в своих заблуждениях. Но даже среди самих этих увещевателей находились порою люди, втайне разделявшие его взгляды и видевшие в нем мученика за истину, подражать которому они сами отказывались лишь по недостатку нравственной силы. Присланный от собора к Аввакуму ярославский диакон Козма перед людьми уговаривал его покориться, а наедине увещевал мужественно стоять за свои убеждения. “Протопоп! – говорил он в этих тайных беседах,– не отступай ты от старого того благочестия! Велик ты будешь у Христа человек, как до конца претерпишь! Не гляди на нас, что погибаем мы!” Аввакум, впрочем, и не нуждался в этих сочувственных советах и наставлениях, чтобы остаться верным своим взглядам. Все уговоры присоединиться к “никонианам” не производили на него никакого действия, на все доказательства несправедливости его мнений относительно порчи церковных книг и обрядов он отвечал упорными возражениями и бранью, и таким образом десять недель прошло в безуспешных попытках смирить непокорного протопопа путем словесных увещаний и монастырского начала, пока, наконец, власти не отчаялись в возможности прийти к какому-нибудь соглашению с ним. Его привезли обратно в Москву и 13 мая поставили на суд собора. Но и тут он, говоря словами официального акта, “покаяния и повиновения не принес, а во всем упорствовал, еще же и освященный собор укорял и неправославными называл”. Тогда собор постановил лишить его сана, и это решение было исполнено в тот же день: в соборной церкви Аввакум, вместе с диаконом Федором, был расстрижен и предан проклятию как еретик. И теперь еще он нашел себе защитников, даже в самой царской семье: царица Марья Ильинична пыталась отстоять его от предстоящего унижения, и по этому поводу было у нее “великое нестроение” с Алексеем Михайловичем, который не находил более возможным вступаться за протопопа. Однако окончательное решение судьбы Аввакума, равно как и других вождей раскола, было отложено до приезда патриархов, а пока постановили опять заключить его в монастырь. На этот раз местом такого заключения избран был Угрешский монастырь св. Николая, куда уже 15 мая и отправили Аввакума под конвоем стрельцов. При этом, опасаясь проявлений симпатий со стороны народа к расстриженному протопопу, его везли ночью и не прямой дорогой, а в объезд– “болотами да грязью”.
