Распространяя по пути свое учение и всюду почти приобретая учеников и сторонников, протопоп прибыл наконец и в Москву, из которой выехал около десяти лет тому назад в ссылку. При этом въезде в столицу он был уже не тем малоизвестным священником, каким он жил в ней некогда: его сопровождал ореол мученичества, дорогой ценой добытый в Тобольске и Даурии и привлекавший к нему теперь внимание даже тех, кто его не знал раньше или мало знал. Этот ореол, создавшийся вокруг него, имел особенное значение при условиях, какие Аввакум застал в Москве. Брожение умов, принявшее в русском обществе с момента преобразований Никона такой резкий характер, далеко еще не привело к последним своим результатам; различные партии еще не сформировались окончательно и колебания, переходы с одной стороны на другую происходили в высшей степени часто. Некоторые из людей, десять лет назад выступивших с протестом против новшеств патриарха, теперь уже отступились от начатого ими дела, разубедившись в истине его, и в числе их был сам Иван Неронов, некогда признанный глава кружка протопопов, друг и руководитель Аввакума. Сосланный сперва в Спасокаменный, а затем в Кандалашский монастырь, он уже 10 августа 1655 года бежал из последнего в Соловки и отсюда пробрался в Москву. Здесь он в течение нескольких месяцев скрывался от грозного патриарха то в самом городе, то в его окрестностях, в исходе 1656 года постригся в монахи и принял имя старца Григория. Во время этих скитаний он сперва продолжал проповедь против новых книг и обрядов, но затем его убеждения поколебались под влиянием неожиданных для него событий. На соборе 1655 года в Москве, кроме русского духовенства, которое, по мнению Неронова, соглашалось с Никоном лишь из страха перед ним, присутствовали два приезжих патриарха, Макарий антиохийский и Гавриил сербский, и эти патриархи предали проклятию двоеперстие и своими подписями одобрили вновь исправленный “Служебник” и только что переведенную с греческого книгу “Скрижаль”. К ним присоединились и голоса других двух патриархов, константинопольского Афанасия и иерусалимского Паисия, а последний в ответе своем на вопросы Никона и Алексея Михайловича строго осудил протест Неронова против преобразовательной деятельности Никона. Все это оказало подавляющее влияние на Неронова: вражда его к Никону сохранилась в полной силе, но он не был настолько убежден в своей правоте по разделявшему их вопросу, чтобы найти в себе достаточно силы противиться решению глав вселенской церкви. Приговор патриархов поверг его в сомнение, разрешившееся тем, что в январе 1657 года старец Григорий явился к Никону и заявил ему, что не хочет быть под клятвою вселенских патриархов и потому готов признать его реформы. Хотя и после того он продолжал еще придерживаться некоторых старых обрядов и книг, но уже не выступал с принципиальной оппозицией против действий патриарха, и только личные отношения его с последним никак не могли наладиться: старая вражда давала себя чувствовать постоянными вспышками, а когда произошел разрыв между царем и патриархом, Неронов явился одним из наиболее усердных противников Никона. Тем не менее, он уже сошел со сцены раскольничьего движения и, хотя его пример увлек за собой нескольких людей, питавших веру в него и личную к нему привязанность, его поступок не оказал заметного влияния на все движение в его целом, так как оно давно уже перешло за рамки протеста единичных личностей.
В этот-то момент, когда от движения отходили более умеренные его элементы, явился в Москве Аввакум, предшествуемый славою непоколебимого страдальца за веру. Прием, встреченный им здесь, не оставлял ему желать ничего лучшего – “Яко ангела, прияша мя”, – писал он. Его заклятый враг, Никон, бессильный и всеми покинутый, сидел в Воскресенском монастыре; бояре, видевшие в протопопе могучего союзника против павшего патриарха, рады были его возвращению, а многие из них смотрели на него как на проповедника истины. Сам царь, всегда питавший расположение к Аввакуму, обрадовался его приезду. Соглашаясь с Никоном в деле церковной реформы, Алексей Михайлович не мог, однако, отказаться от того уважения, которое он питал к ревнителям русской обрядовой старины, и это отразилось на всем его отношении к ним во время их распри с патриархом. Он позволял последнему налагать жестокие наказания на его противников, но сам как бы устранялся от участия в этих карах, а иногда даже старался явно или тайно облегчить участь наказанных, упрашивая, например, Никона не расстригать Аввакума или скрывая от патриарха пребывание в Москве Неронова после бегства его из Кандалашского монастыря. При всем теоретическом сознании нужды в преобразованиях вкусы и привычки Алексея Михайловича тянули его к московской старине, и он пытался, всегда, впрочем, безуспешно, примирить их. Теперь представитель этой старины являлся подле него, озаренный новым светом мученика за свои идеи, и притом в такой момент, когда царь окончательно разошелся и вступил в упорную вражду с патриархом, втянувшим его на путь преобразований в церковной сфере. Вид Аввакума должен был привести ему на память те далекие, полные мира и невозмутимого спокойствия дни, когда еще не было никаких церковных раздоров, когда вокруг дворца группировался кружок ревнителей благочестия, соединявший в себе многих из тех людей, которые теперь стали ожесточенными врагами. И под влиянием этих разнообразных впечатлений царь как нельзя более милостиво принял возвращенного из ссылки протопопа. “Государь, – рассказывал впоследствии Аввакум об этом свидании, – меня тотчас к руке поставить велел и слова милостивыя говорил: здорово ли де, протопоп, живешь? еще-де видаться Бог велел! И я сопротив руку его поцеловал и пожал, а сам говорю: жив Господь, жива душа моя, царь-государь; а впредь что изволит Бог! Он же, миленький, вздохнул, да и пошел, куды надобе ему. И иное кое-что было, да что много говорить! Прошло уже то!” Повидавшись с Аввакумом, царь приказал поместить его в Кремле в Новодевичьем подворье и каждый раз, отправляясь куда-нибудь мимо его двора, испрашивал у протопопа благословения.