В октябре 1941 года организационная структура ПКШ претерпела значительные изменения. Помимо военных секций в ПКШ появилась гражданская секция, занимавшаяся чтением шифровок, в которых затрагивались дипломатические и экономические вопросы. В качестве директора СРС Мензис сохранил за собой контроль над ПКШ. Однако этот контроль был чисто формальным. Деннистон был назначен руководить гражданской секцией ПКШ, а бывший заместитель Деннистона Эдвард Тревис стал курировать военные секции.
Вскоре после реорганизации ПКШ гражданская секция была передислоцирована из Блетчли-Парка в Лондон поближе к иностранным посольствам, поскольку подслушанные телефонные разговоры работников этих посольств служили хорошим дополнением к прочитанным дипломатическим депешам, а также помогали взламывать зарубежные дипломатические шифры. Общее количество стран, к которым проявляли интерес в гражданской секции ПКШ в 1941 году, насчитывало порядка двух с половиной десятков. В их число входили не только страны «оси», но и Советская Россия, США, Франция и Турция.
С появлением у Англии новых союзников (в лице Советской России и США) в войне с Германией и ее сателлитами перед английскими дешифровальщиками возник деликатный вопрос, связанный с сотрудничеством в области радиоразведки с коллегами из союзнических спецслужб.
В период между августом 1939 года и июнем 1941 года многие английские политики считали, что в ближайшем будущем Германия, Италия, Япония и Советская Россия, действуя заодно, поделят мир между собой. Именно таким был план, который министр иностранных дел Германии Риббентроп пытался навязать Гитлеру. Однако в конечном итоге для Гитлера стратегический союз со славянским государством оказался неприемлемым из расистских соображений.
В этот период Советская Россия продолжала оставаться главной мишенью английской радиоразведки. ПКШ активно сотрудничала с дешифровальщиками из прибалтийских государств, которые, как и их английские коллеги, работали над взломом советских шифров. В 1939 году несколько сотрудников ПКШ были командированы в английской посольство в Стокгольме, чтобы воспользоваться там хорошими условиями для приема радиосигналов с территории Советской России.
Ключевой фигурой в работе над советскими шифрами в ПКШ был Джон Тилтман. Его первым заданием стало налаживание связей с финскими дешифровальщиками. Англия оплачивала расширение дешифровальной службы в Финляндии и снабжала финнов новейшим дешифровальным оборудованием в обмен на перехват из советских линий связи. В сентябре 1940 года масштабы англо-финского сотрудничества в области дешифрования возросли после визита в Финляндию начальника английской военно-морской разведки Годфри. По окончании Второй мировой войны этот эпизод в документе, подготовленном в ПКШ для внутреннего пользования, был описан так: «Финны согласились снабжать нас перехватом и делиться информацией о достигнутых успехах в дешифровании при условии, что мы будем делать то же самое».
К марту 1940 года английские станции перехвата советских сообщений появились на Ближнем Востоке, в Египте, Гонконге и на Мальте. Последовавшее резкое увеличение объемов перехвата потребовало организационных изменений в ПКШ. Там была создана «советская» секция, в которой помимо англичан после капитуляции Франции летом 1940 года стали работать французские и польские дешифровальщики, бежавшие в Англию из Франции.
Перед нападением Германии на Советскую Россию, благодаря немецким дешифровкам, англичане были осведомлены о наращивании Германией численности своих войск на востоке Европы. Уже в январе 1941 года в Блетчли-Парке стало известно о том, что Германия начала в массовом порядке перебрасывать свои армии на восточное направление. Однако английское правительство отказывалось поверить, что Гитлер будет воевать на два фронта. Оно считало, что Германия собирается предъявить ультиматум, в котором потребует территориальных уступок в Восточной Европе. Сталин полагал точно так же, а про все свидетельства надвигавшейся войны думал, что они специально выдуманы на Западе, чтобы втянуть Советскую Россию в военный конфликт с Германией. Сталина часто упрекают за то, что он проигнорировал все эти свидетельства. Однако критики не учитывают, что в Англии сумели правильно интерпретировать поступавшую разведывательную информацию всего лишь за месяц до начала войны между Германией и Советской Россией, а ведь в распоряжении англичан в отличие от Сталина были еще и немецкие дешифровки.
