Вместе с тем Толстой многое изменил и перестроил в соответствии со своим замыслом. Описывая, например, примирение Шуйского с Борисом Годуновым, Карамзин не противопоставлял так резко, как Толстой, искренность и откровенность первого коварству второго. Борис, пишет он, "скоро увидел, что они, не уступая ему в лукавстве, под личиной мнимого нового дружества, оставались его лютыми врагами". Уменьшена в примирении роль митрополита Дионисия и в значительной степени передана Федору; поэтому оно происходит не у Дионисия, а во дворце. Княжна Мстиславская у Толстого не насильно пострижена Борисом, а сама хочет уйти в монастырь под впечатлением гибели жениха и дяди; отсюда - последняя сцена пятого действия, существенная для идейного смысла всего произведения и для характеристики Федора и Ирины. Вся сюжетная линия "Шаховской - Мстиславская", роль Шаховского в гибели Шуйских, размолвка Федора с Борисом из-за Шуйских и т.п. - все это продукт художественного вымысла Толстого.
Три элемента сюжета - примирение Шуйского с Борисом, челобитная и заговор против Федора - связаны у Толстого совсем не так, как в "Истории Государства Российского". У Карамзина примирение не имеет никакого отношения к челобитной и заговору, а связь челобитной с заговором такова: узнав о челобитной, Борис поступил относительно мягко - добился покаяния Дионисия и ограничился пострижением Мстиславской, но вскоре после этого, желая ликвидировать враждебные ему боярские круги, создал мнимый заговор против Федора и погубил Шуйских и их сторонников. В "Царе Федоре Иоанновиче" последовательность и взаимозависимость этих событий иные. Трагедия начинается с челобитной, затем следует эпизод примирения, который тесно вплетен в сюжет и который именно и приводит к заговору. Заговор Шуйских и их желание посадить на престол Дмитрия в пьесе не выдумка Бориса, а реальный факт, но вызван он обманом того же Бориса. Арест же и гибель Шуйских следствие не раскрытого заговора, а челобитной; последняя предшествует заговору, но Федор узнает о них в обратном порядке. Таким образом, отдельные события, лежащие в основе сюжета, являются историческими, но большинство мотивировок и пружин драматической интриги принадлежат Толстому.
Кроме ряда эпизодических и безыменных действующих лиц, в "Царе Федоре Иоанновиче" есть и другие вымышленные персонажи. Григорий Петрович Шаховской - лицо историческое, он известен как сподвижник обоих Лжедмитриев, но он вовсе не был сторонником Шуйских, и герой Толстого не имеет с ним ничего общего, кроме имени. Михайло Головин - тоже лицо историческое, но и ему приписаны такие поступки, которые не имели места в действительности, в частности сношения с Угличем (основной факт, характеризующий фигуру Головина в пьесе); ни в исторических сочинениях, ни в документах об этом ничего не говорится.
Действие трагедии происходит "в конце XVI столетия", но не прикреплено к определенному году. Отдельные события, изображенные в ней, относятся: примирение Шуйского с Борисом - к 1585 году, челобитная - к 1585 - 1586 годам, заговор Шуйских - к 1587 году, смерть И.П.Шуйского - к 1589 году, смерть Дмитрия - к 1591 году и т.д.
Действие первое. Думой - т.е. Боярской думой, совещательным органом при царе. И всей землей. - Слово "земля" часто употребляется в трагедии в смысле: страна, государство или народ. Зело - очень. Преставился - умер. Во иноческий чин - в монахини. Соборне - все вместе. Когда сидел во Пскове и т.д. - Речь идет об обороне Пскова в 1581 г. от осаждавшего его польского короля Стефана Батория. Упоминание имени польского коронного гетмана и канцлера Я.Замойского (1541 - 1605) связано с эпизодом, о котором Толстой рассказывает в "Проекте постановки" "Царя Федора Иоанновича". Выдам головою - см. с. 595. Скоро ли повалишь - дозволишь, разрешишь. Навуходоносор - см. с. 594. Что твердый Кремль - т.е. крепость. Нагие. - Мария Федоровна Нагая была последней женой Ивана Грозного и матерью царевича Дмитрия. А если он сам от себя ворует? - От старинного значения слова "вор" - обманщик, изменник. Батур - Стефан Баторий.
