В 2016 году обнаружились новые доказательства. Было произведено тщательное исследование участка нижней челюсти, который, как полагали, свидетельствует о связи между тибетскими волками (Canis lupus chanco) и современными собаками – таким образом, это подтверждало версию азиатского происхождения домашней собаки. Строение венечного отростка челюсти, к которому крепится височная мышца, было сходным у тибетских волков и у современных собак: этот крупный отросток имел необычную крючкообразную форму и загибался назад. Однако более обширное исследование показало, что лишь у 80 % тибетских волков и 20 % современных собак наблюдается подобная особенность. Этот признак был слишком вариативен и непостоянен, чтобы на его основании сделать вывод об азиатском происхождении домашней собаки. Но после того, как этот морфологический фактор был отвергнут, опубликованные в 2016 году результаты нового генетического исследования опять разожгли дискуссию.
На этот раз генетики превзошли себя: они установили точную последовательность нуклеотидов в геноме собаки возрастом 5000 лет, останки которой были найдены в Ньюгрейндже, в широко известном археологическом памятнике неолита. Помимо этого, исследователи определили нуклеотидную последовательность в митохондриальной ДНК пятидесяти девяти других древних собак. Все эти данные сравнили с существующими данными о современных собаках, включая 80 полностью расшифрованных геномов и 605 наборов SNP. Прежде всего удалось установить, что собака из Ньюгрейнджа имела генетическое сходство с современными живущими на воле собаками, поскольку не подверглась суровому искусственному отбору, через который прошли все современные породы. И хотя ДНК указывала на то, что этот вид переваривал крахмал лучше, чем волки, он не мог бы сравниться в этом с современными псами.
Тем не менее по-настоящему внимание ученых привлек характер изменчивости, точнее, существующие отклонения. Еще одна современная порода, волчья собака Сарлоса, отличалась от других и располагалась на отдельной ветви генеалогического древа собак. И это неудивительно, поскольку данная порода была создана в 1930-х годах путем скрещивания немецкой овчарки и волка, так что это настоящий гибрид. Однако в ДНК обнаружилось еще одно свидетельство глубокого раскола, приведшего к расхождению двух групп: собак из Восточной Азии и собак из Европы и с Ближнего Востока. Именно геном собаки из Ньюгрейнджа эпохи неолита наиболее полно совпадал с геномом собак с западной части Евразии. Но анализ митохондриальной ДНК позволил сделать еще одно открытие: «генетическая подпись» большинства древних европейских собак отличалась от современных. В связи с этим ученые-генетики высказали предположение, что древних собак Европы в основном заменила более поздняя волна пришельцев с востока.
Едва улеглись споры, вызванные последним исследованием, как появилось еще одно, на этот раз посвященное геному не одной, а целых двух древних собак эпохи неолита, останки которых были найдены в Германии. Возраст первой составлял 7000 лет (5000 год до н.э., начало эпохи неолита), а второй – около 4700 лет (2700 год до н.э., конец эпохи неолита). Геном более древней собаки был очень похож на геном ирландской особи из Ньюгрейнджа. Прослеживалась, однако, и совершенно определенная родственная связь с собакой неолита, жившей несколькими тысячелетиями позднее, и с современными собаками. Признаков значительного замещения популяции в данном случае замечено не было. Но у второй собаки из Германии обнаружился другой загадочный признак родства, указывавший на вероятное скрещивание с собаками, пришедшими в Европу с востока. Возможно, это отголоски миграции людей, направлявшихся из степей на запад, в Северное Причерноморье, в период распространения в Европе ямной культуры. Ямники были кочевниками-коневодами, хоронившими мертвецов в огромных земляных курганах с глиняными кубками и жертвенными животными. Вполне вероятно, что люди привели с собой собак, но этот новый вид, скорее всего, смешался с европейскими псовыми, а не вытеснил их полностью. Исчезновение линии митохондриальной ДНК (которая представляет лишь крошечную часть генетического профиля организма) собаки из Ньюгрейнджа еще не означает, что этот вид был замещен другим. Такие исчезновения, выпадение определенных линий, происходят постоянно.