С горькой вестью о несчастье,
С вестью о беде нежданной,
Уж к латвийским побережьям
На судах морских приплыло
Множество людей железных,
Убивать народ и грабить,
Добрый мир в стране нарушить,
Праздник завершить бедою.
Вторжение немцев и датчан входило в противоречие с интересами Новгорода и Пскова, которые были готовы дать отпор пришельцам. Однако, как отмечалось в третьем томе «Всемирной истории», «обострение борьбы новгородского боярства с владимирско-сузадальскими князьями, а также обособленность Полоцка, Пскова и Смоленска отражались на обороноспособности прибалтийской территории. У враждовавших между собой русских князей не было единого плана боевых действий в Прибалтике. Новгородские войска выступали против немецких рыцарей на территории Тормы (1209 г.), Уганди (1210 г.), Ярвамаа и Харьюмаа (1212 г.), они изгнали захватчиков из Отепя (Оденпе). Новгород продолжал полумать дань с эстов, но немецкие феодалы разорили Саккала и дошли до реки Эмайыги, близ русских границ. Немецкие захватчики установили на покоренной земле невиданный гнет. Массами истреблялось население. Страна эстов варварски опустошалась».
Борьба эстонского народа против захватчиков шла с переменным успехом. 21 сентября 1217 года на подступах к Вильянди крестоносцы разбили 6-тысячную рать эстов и снова покорили Южную и Центральную Эстонию. Однако сопротивление эстонцев и их сотрудничество с русскими заставляли захватчиков действовать осторожнее, и наступление ордена было остановлено. Тогда епископ Альберт соединил усилия Ордена меченосцев и Дании. В 1219–1220 годах войско Вальдемара II захватило Северную Эстонию (Рявала, Харьюмаа, Вирумаа, Ярвамаа). На месте древней эстонской крепости Линданис была построена новая крепость Ревель (Таллин), превращенная в опорный пункт дальнейшей агрессии. Но вскоре между немцами и датчанами начались распри из-за дележа захваченных земель. В это время предприняли попытку захватывать эстонские земли и шведы, высадившиеся на острове Сааремаа, но они были разбиты местными жителями. Провалилась и новая попытка датчан захватить этот остров.
В 1217 году был заключен боевой союз эстов с Новгородом и Псковом. Началась война русских и эстов против ливонских рыцарей. Союзниками Руси являлись литовцы, совершавшие походы в захваченные немецкими рыцарями земли в области нижнего течения Двины. Были совершены походы на Венден (1218 г.) и окрестности Риги (1222 г.).
А в 1223 году вспыхнуло всеобщее эстонское восстание, и вскоре вся Эстония, за исключением Таллина, была освобождена. Хотя эстонцам помогали русские отряды в важнейших городищах (Тарту, Вильянди, Отепя), поход князя Ярослава Всеволодовича с новгородскими полками на Ревель (1223 г.) не привел к изгнанию захватчиков из Эстонии. Князю не хватило для этого сил. Между тем ливонские крестоносцы, получая постоянную помощь из Германии, захватывали один город за другим. В 1224 году последним пал Тарту, который защищали совместно русские и эсты. (Во главе русского отряда стоял князь Вячко.) В 1227 году немецкое войско в 20 тысяч человек покорило остров Сааремаа.
Действия немецких захватчиков направляли папские легаты. О том, что цель движения на Восток лежала далеко за пределами Прибалтики, свидетельствовало заявление папы Гонория III от 1227 года, потребовавшего подчинения от «всех королей Руси». В эти же годы Рим поддержал вторжение в Юго-Восточную Русь венгерских и польских феодалов. Между тем покорение немцами подавляющей части Эстонии и Латвии, называвшейся с тех пор до середины XVI века Ливонией, было завершено.
В то время как немецким агрессорам удалось покорить разобщенные племена Латвии и Эстонии, осуществление политики «Drang nach Osten» на русских землях оказалось делом нелегким. Правда, на первых порах немецкие рыцари сумели вторгнуться в пределы Полоцкого княжества. Однако, несмотря на распад Киевской Руси на отдельные княжества, на севере сохранялась достаточно мощная Новгородская земля, пределы которой к этому времени распространялись далеко на север и восток. Новгородцы сумели дать отпор пришельцам с Запада. В 1234 году новгородский князь Ярослав Всеволодович, возглавив полки новгородцев и суздальцев, разгромил меченосцев вблизи Юрьева (на реке Эмайыги). По мирному договору, заключенному с крестоносцами, Русь сохраняла свои права в Латгалии и части Эстонии.