Первая главная часть задуманного дела выполнена: Нарышкиных нет, но тем не менее на престоле оставалась отрасль Нарышкиных — царь Петр Алексеевич. Необходимо было если не совершенно отстранить, то по крайней мере совместить с его законным правом еще более веское право первородства, право царевича Ивана Алексеевича.
Царица Наталья дрожала, уединившись во дворец, боясь разлуки с сыном, боясь насильственного заключения в монастыре, дрожали и бояре, попрятавшись в своих хоромах, заперлись посадские и торговые люди, закрыв свои лавки и торговые помещения, на улицах редко можно было видеть прохожего не стрельца — разве уж только выгоняла самая крайняя нужда. Не боялась стрельцов, не пугалась их буйства одна только царевна Софья. Напротив, она смело распоряжалась, и они в ее руках делались верными, хоть и не всегда послушными орудиями. Среди неистовой, буйной толпы мятежников видел ее датский резидент Бутелант фон Розенбуш, и лично сам слышал этот резидент, как князь Иван Андреич Хованский спрашивал царевну, не изгнать ли Наталью Кирилловну из царского дворца. Этот же резидент в донесении своему двору объясняет свое опасение от ярости стрельцов, принявшего его за лекаря Даниила, только объявлением его проводников, что он посланный и говорил с царевной.
И благодарила же царевна Софья Алексеевна стрельцов за верную службу. Не успел еще кончиться мятеж, как каждый из стрельцов получил по 10 рублей, если не более, так как в награду им истратилась огромная сумма, какая могла только набраться в то время, и весь стрелецкий корпус получил почетное название надворной пехоты, в начальники которой назначен любимый ими князь Иван Андреич Хованский.
Опираясь на такую силу, царевна могла смело идти вперед — и она пошла. Тотчас же после мятежа забегала по стрелецким слободам доверенная ее постельница Родимица с тайными поручениями и приказаниями: результат этих посещений не замедлил обнаружиться.
Не прошло недели (23 мая), как явились во дворец выборные от стрелецкого войска, объявившие через своего начальника Хованского желание свое и чинов Московского государства видеть на престоле обоих братьев. При этом в челобитной своей добавляли, «если же кто воспротивится тому, они придут опять с оружием и будет мятеж немалый». Стрельцы стали понимать свою решающую силу и стали пользоваться ею сначала по указаниям сверху, а потом и по собственной воле.
Для рассмотрения требования стрельцов собралась государева Дума, которая, не смея противоречить, определила собрать для решения вопроса собор; пригласив к участию выборных из всех сословий. Собравшийся собор, приняв в руководство примеры разделения власти между двумя лицами из византийской истории, решил совместное царствование обоих братьев, а патриарх с духовенством, отслужив торжественное в Успенском соборе благодарственное молебствие, благословил на царство обоих братьев — Ивана Алексеевича и Петра Алексеевича.
Новое изменение составляло, очевидно, только переходный шаг, так как оно по слабости и болезненности Ивана Алексеевича не изменяло сущности дела. И вот не далее как через день (25 мая) снова в Кремль явились выборные от стрельцов по одному от каждого полка «для устроения порядка в государстве». Этот порядок заключался в назначении первым царем Ивана Алексеевича, а вторым уже — Петра Алексеевича. Послушный воле стрельцов, новый собор 26 мая утвердил этот порядок, и цари снова приняли поздравление от всех чинов, несмотря на пассивный протест со стороны Ивана Алексеевича.
Заручившись в этих определениях твердой почвой, царевна Софья Алексеевна решительнее двинулась далее. 29 мая стрельцы объявили Государевой Думе новую свою волю, чтоб правительство по болезненному состоянию старшего царя и по малолетству второго было вручено их сестре Софье Алексеевне. Исполняя эту волю, цари и царевны, патриарх и бояре обратились к царевне Софье с молением о принятии на себя правления царством. Долго отказывалась царевна, долго не соглашалась на общее желание и только после продолжительных общих настойчивых просьб согласилась наконец взять себе управление государственными делами. «Для совершенного уже утверждения и постоянной крепости» новая правительница повелела во всех указах имя свое писать с именами государей, ограничиваясь титулом великой государыни, благоверной царевны и великой княжны Софьи Алексеевны.
