Пятнадцать лет тело преподобного покоилось близ папертной лестницы; на шестнадцатом году оно было переложено на иное место, возле северной стены церкви. Поводом к этому было чудесное сонное видение в болезни тогдашнему Устюжскому воеводе, некоему кн. Владимиру, никогда не бывавшему в монастыре. Пораженный видением, больной воевода прибыл в монастырь, сам отыскал место погребения преподобного и указал игумену и братии иное место, где приличнее было бы положить его. Когда же игумен исполнил указание воеводы, сей последний почувствовал себя здоровым и, рассказав о своем видении, посоветовал устроить над гробом преподобному палатку или часовню.
В скором времени по основании в монастыре был воздвигнут храм во имя Благовещения Пресвятой Богородицы и преп. Димитрия Прилуцкого. Едва ли не с основания своего монастырь стал зависеть от Вологодского епископа, которому игумены давали впоследствии отчеты во всем монастырском хозяйстве.
В 1547 году 25 августа царь Иоанн IV Васильевич пожаловал Коряжемского игумена Вассиана грамотой: в дом св. Николая чудотворца была дана царем пустынька с иконами и с книгами и с колоколами и с землей; это была Христофорова пустыня (ныне приходская церковь). Основана она была на Едоме постриженником преп. Лонгина — иноком Христофором в 20 верстах к югу от Коряжемского монастыря. Земли было около той пустыньки — меж болотами и пашнями дикого раменья в межах по одну сторону к Шалимове слободке до деревни Рухновской (Чуркинская тож) по речке Нырме, а в другую сторону к Зогзину по Черной ручей.
Может быть, это были первые земельные приобретения Коряжемского монастыря. Из сохранившегося одного документа 1558 года времен игумена Вассиана видно, что Коряжемский монастырь имел несколько деревень (Конашевская, Телячья, Савинская, Луковицина Гора, а может быть и другие) и для наблюдения за хозяйством игумен назначал туда старцев и приказчиков, которые следили, чтобы поряженные для обработки земли люди аккуратно доставляли условленную долю семян, сена, платили бы денежный оброк и держали в исправности необходимые в деревенском хозяйстве постройки, указанные в рядных записях.
В 1583 году царь Иоанн IV Васильевич снова пожаловал монастырь своим жалованьем: на имя игумена Иова дана была 15 мая грамота, подтверждавшая право, полученное ранее монастырем, держать за собою перевоз через реку Вычегду, против Вычегодского Усолья (то есть Сольвычегодска) и представляющая монастырю пользоваться из царских доходов ежегодно суммою, равною цене пятидесяти пудов соли, считая по алтыну за пуд; эта сумма должна была, согласно грамоте, быть выдаваема в монастырь Сольвычегодским выборным старостою вместе со сборщиками и целовальниками.
Года через четыре после этого игумен Иов за немощами оставил игуменство. При нем в 1582 году 4 ноября в монастыре был пожар, причем сгорела «казенная келья» с некоторыми монастырскими документами на земельные владения. Из одного документа игуменства Иова видно, что Коряжемский монастырь тогда имел уже многочисленную братию; в нем упоминается, кроме игумена, келаря и казначея, одиннадцать только старцев, не считая иных служащих в монастыре лиц.
В писцовых книгах 6094 (т. е. 1586) года писца Афанасия Ивановича Вельяминова и дьяка Ивана Григорьева за Коряжемским монастырем были записаны в Сольвычегодске в городе «для осадного времени» два амбара, да на площади на посаде — монастырское место, на нем стоял амбар Гренки Вологжанина, и на Троицкой стороне в Касмакове улице монастырских два двора — на одном жил монастырский вкладчик Иван Григорьев, на другом дворники. Сверх того, к посаду приписаны были пожни и полянки монастырские; именно: 1) на Усольском острове, на р. Вычегде, по конец острова Нюбского — Флоровская пожня, данная монастырю в 1581 году Прокопием Клементьевым Капустиным, (она же Захарьинская Гундюхина), с нее снимали сена 120 копен; 2) пожня Ермолинская Суровцова в Брянцове на волоке, сена с нее — 70 копен; 3) пожня Степановская Кожина, на Коневском острове «на верхней голове», сена с нее 60 копен; 4) пожня Федковская да Ивашковская Суровцевых на Онтоновице подле Плоского озера, сена с нее 60 копен; 5) пожня Дворищная (Павлиг новская Серебреникова) у Сверчковского озерка, сена с нее 30 копен и 6) треть пожни на Кузмине острове за промоиною, а другая треть ее с верхнего конца Иванка Черменина, третья треть нижний конец с причистью Грици Проскурнина; эта пожня была раньше Грици Кузьмина Оксиньина, сена с нее 70 копен; всего было за монастырем пять пожен с третью, а сена на них ставилось 363⅓ копны; оброку с пожен шло 53¾ копейки, а пошлин 2½ коп.; на Усольском острове было три монастырских полянки, да две полянки Ивашковские Романовы были за монастырем. Со своих дворов и с полянок монастырь некоторое время платил данные и оброчные деньги и всякие подати в царскую казну вместе с посадскими людьми. Так как посадские люди, разверстывая царские подати по сохам, дозволяли себе иногда накладывать на монастырские владения доли несоответственно качеству угодьев и промыслов, то монастырь исходатайствовал себе от царя Феодора Иоанновича разрешение отписать от черных посадских дворов, обложенных тяглом, свои амбары, дворы и пожни и полянки в особую книгу, чтобы платить отдельно от посада со своих сох, как были отписаны от крестьянских сох монастырские деревни и починки в Окологородной и Пачеозерской волостях.
