ЧСК собрала огромный документальный материал, полученный из различных ведомств и от отдельных лиц, так или иначе причастных к выработке и осуществлению государственного курса в период Монархии. Керенский во время своего инспекционного посещения Царского Села потребовал от Императора Николая II «во имя установления правды» допустить к личным бумагам и корреспонденции. Царь безропотно согласился, провел в свой кабинет, отпер все ящики письменного стола, показывал, где что лежит, давал необходимые пояснения. Несколько дней представители новой власти рылись в столах и шкафах Александровского дворца и увезли в Петроград множество бумаг.
Эта поездка оказалась очень познавательной для грозной «Немезиды революции». После возвращения в Петроград Керенский заметил в кругу чиновников Министерства юстиции, что он очень удивлен тем, что «Николай II далеко не глуп, вопреки тому, что мы о Нем думали». Позже о том же неожиданном для себя открытии министр юстиции, а затем и министр — председатель правительства в своих речах и многочисленных книгах ни разу не упомянул. Сакраментальный пассаж сохранили для потомства пораженные слушатели.
Внутри Чрезвычайной комиссии с самого начала шла борьба двух направлений. Первое представляли те, кто стоял на правовой точке зрения: скрупулезно собрать и всесторонне изучить факты и документы, а лишь затем делать выводы. Представители второго «революционного» течения придерживались иного подхода. Они были уверены, что «преступные деяния свергнутого режима» в главном и так известны, и нужно лишь «подобрать» материалы, раскрывающие такие деяния. Подобной же разоблачительной позиции твердо придерживались глава комиссии Н. К. Муравьёв и его покровитель А. Ф. Керенский.
Столкновения между правоведами и обличителями начались буквально с первых дней. Когда военный следователь полковник С. А. Коренев после подробного ознакомления с делом бывшего военного министра генерала М. А. Беляева доложил комиссии, что «ничего сугубо преступного найти не смог» и предложил его освободить из-под ареста, то разгорелась целая буря. «Как освободить? — взорвался бывший адвокат Н. К. Муравьёв. — Да вы хотите на нас навлечь негодование народа. Да если бы Беляевы даже и совсем были бы невиновны, то теперь нужны жертвы для удовлетворения справедливого негодования общества против прошлого. А за бывшим военным министром всё-таки имеется большой грех — его угодливость перед власть предержащими. За это одно его надо сгноить в тюрьме».
Ясно, что при такой «правовой философии» о справедливом разбирательстве, казалось, не могло быть и речи. Однако в работе комиссии участвовали многие юристы с многолетним стажем, имевшие четкие представления о профессиональной этике. Они не могли и не желали выполнять политический заказ.
Особенно ярко это проявилось в вопросе о признании «виновности» Царя. Правоведы твердо стояли на позиции закона, согласно которому Монарх не мог ни в какой форме не только привлекаться к суду, но и быть объектом обвинений. Антрепренеры же расследования, понимая, что с точки зрения юридической добиться вердикта невозможно, хотели всё-таки уличить Царя в противогосударственной деятельности, вынести морально-исторический приговор. Как вспоминал заместитель председателя комиссии сенатор С. В. Завадский, «Муравьёв считал правдоподобным все глупые сплетни, которые ходили о том, что Царь готов был открыть фронт немцам, а Царица сообщала Вильгельму II о движении русских войск».
Для документирования этих «истин» использовались самые сомнительные приемы. В одной бульварной газете было опубликовано несколько якобы тайных телеграмм, которые отправлялись в Германию через нейтральные страны и где содержались указания на переправку секретных сведений германскому командованию. Сии послания были подписаны «Алиса», и ни у кого не должно было возникнуть сомнений, что эти депеши исходили от Царицы.
Увидев эти «документы», Керенский немедленно потребовал провести «тщательное расследование», а Муравьёв просто сиял от радости. Вот они факты! Вот она измена! Несколько дней глава комиссии только и вел разговоры об этих «неопровержимых уликах». Расследование же окончилось грандиозным конфузом.
