Корнилий вёл весьма строгий образ жизни, не любя ни празднословия, ни пьянства. За то многие его любили, а духовные власти неоднократно предлагали принять священство, но Корнилий, считая себя недостойным, каждый раз отказывался от сана. Два года он пёк хлебы в Москве, у патриарха Иоасафа, а затем — в Новгороде Великом, у митрополита Афония. По смерти благочестивого новгородского митрополита Корнилий вместе с другими в течение четырнадцати недель читал над телом умершего Псалтырь, а летом от оказавшихся нетленными Афониевых мощей стало исходить неизъяснимое благоухание. Митрополит Афоний не был погребён столь долгое время, поскольку при смерти своей запретил отпевать и погребать себя новому митрополиту (таков был обычай). А новым митрополитом был Никон. С ним Корнилий познакомился ещё в бытность того простым монахом. Когда же Никон стал митрополитом Новгородским, Корнилий отказался принимать от него благословение, заметив, что тот благословляет не как прежние святители, а по-новому, по-гречески — «пятою персты раскорякою малаксовою проклятою».
Не поладив с новым новгородским архиереем, Корнилий возвращается в Москву, где патриарх Иосиф даёт ему, простому иноку, не совсем обычную службу в Архангельском соборе Кремля: надсматривать над священниками и диаконами, «ковать и смирять за некоторыя погрешения». Другому подобное назначение вскружило бы голову. Однако эта служба оказалась Корнилию «не по охоте, но и весьма противна», так что вскоре он её оставляет и поселяется в Чудовом монастыре. В ту пору Корнилий знакомится с боголюбцами: царским духовником Стефаном Внифантьевым, протопопом Иваном Нероновым, юрьевецким протопопом Аввакумом и др. Тогда в Чудовом монастыре некоему старцу Симеону было видение в ночи: «змий великий пестрый и страшный зело и обогнувся около царских полат, главу и хобот имеющь в полате, и шепчет во ухо цареви». Проснувшись, старец поведал о своём видении соборной братии. Как выяснилось впоследствии, именно в эту ночь царь Алексей Михайлович тайно беседовал с Никоном — судя по всему, о будущей церковной реформе. Тогда вспомнили и о предсказании патриарха Феофана Иерусалимского…
Вскоре скончался последний благочестивый патриарх Иосиф, и началась никоновская церковная смута. Стоя ночью по своему обыкновению на молитве со многими слезами, Корнилий в тонком сне сподобился видения. Он узрел в Успенском соборе двух человек спорящих: один — благообразен, другой — тёмнообразен. У благообразного в руках был православный восьмиконечный крест, а у тёмнообразного — четвероконечный «крыж латынский». Благообразный говорил: «Сей есть истинный крест Христов!» Тёмнообразный же отвечал ему: «Но сего знамения ныне подобает почитати, а не того». Через некоторое время на праздник Благовещения Корнилий пришел в Успенский собор, где уже наяву мог наблюдать такую сцену: двое (видимо, поп и головщик) спорили о том, как нужно служить. Один другому говорил: «Пой по-новому!» А тот ему отвечал: «Не поем по-новому, но по-старому! Как учились, так и поем. А по-новому не умеем и не поем». Тогда первый снова сказал: «Как-нибудь пой, токмо не по-старому, но по-новому». И долго они ещё спорили между собой…
С началом никоновских репрессий против сторонников старой веры Корнилий ушёл вместе с игуменом Досифеем на Дон. Прожив там три года, он снова возвратился в Москву. Но в Москве было неспокойно — повсюду активно насаждались новые порядки, да и слишком уж хорошо его здесь знали. Корнилий переезжает в Кириллов монастырь, где оставалось много иноков, преданных старой вере, а оттуда уходит в ещё более глухие места — в знаменитую Нилову пустынь. Здесь он прожил целых 12 лет, имея редкую по тем временам возможность открыто участвовать в богослужениях по старому чину. Иноки Ниловой пустыни продолжали служить по древним книгам и по тому уставу, который был составлен самим основателем обители преподобным Нилом Сорским.
Однако присланные властями соглядатаи обнаружили, что служба в Ниловом скиту ведётся, как до Никона, и приказали попу служить по-новому. Тот отказался и не стал служить. Тогда его попросту заменили новым попом. После этого, повествует Житие Корнилия, «согласившеся, скитскии отцы возбранили служити по-новому. Корнилий тогда пономарь бе. Глаголаху ему скитскии отцы: “Егда же новый поп начнет служити по-новому, покажи дерзновение, возбрани ему, мы тебя не под дадим”. Поп же начал по-новому служить. Корнилий глагола попу: “Престани бредить”. Глагола поп: “Пономарь, знай свое дело, не указывай нам”. И до трижды глаголаху друг ко другу. Корнилий же, имея в руках своих кадило со углием разженым, удари попа по главе и разби кадило о попову главу. Скочиша отступницы, принята Корнилия за власы, удариша о мост (помост. — К.К.) церковной и бита его вельми крепко, яко и крове тещи в церкви. Старцы же скитскии мужество показаша — бишася с ними до пролития крове»
