Новые книги были снесены в «казённую палатку», а иноки Соловецкого монастыря продолжали совершать богослужение по старым книгам. Вместе с тем в течение нескольких лет они написали царю пять челобитных, в которых умоляли его лишь об одном: разрешить им оставаться в вере своих отцов. «По преданию Никона, патриарха бывшаго, и по новоизложенным его книгам, проповедают нам ныне Никоновы ученицы (ученики. — К.К.) новую незнаемую веру, ея же веры мы и прадеды и отцы наши до сего дни не слыхали», а отеческую «нашу православную веру похулили и весь церковный чин и устав нарушили, и книги все перепечатали на свой разум, богопротивно и развращенно». «Плачемся вси со слезами, помилуй нас, нищих и сирот, повели, государь, нам быти в той же нашей старой вере, в которой отец твой, государев, и все благоверные цари и великие князи скончались, и преподобные отцы Соловецкой обители: Зосима, Саватий, Герман и Филипп митрополит, и вси святии отцы угодили Богу».
Для соловецких иноков, как и для всех искренне верующих русских людей XVII столетия, измена старой вере означала измену самой Христовой Церкви и Самому Богу. А потому, подобно первым христианам, они соглашались скорее идти на пытки, мучения и верную смерть, нежели отступить от веры, в которой спасались их предки. Эту мысль чётко выразили авторы составленного уже в конце XVII века «Тропаря Соловецкаго монастыря преподобномучеником новым, пострадавшим за Христа» (глас 4):
Земных благ возненавидели есте
И небеснаго царя Христа, Сына Божия, возлюбили есте,
Многообразныя раны претерпели есте
И кровию своею Соловецкий остров вторым освящением освятили есте,
И венцы от Бога яве приясте,
О нас молитеся прилежно, блажени,
Память всепразднъственную вам совершающим.
Тем временем в Москве Никон оставил патриарший престол (1658), и появилась робкая надежда на возвращение к старой вере. Преследования ревнителей древлего благочестия на время прекратились, протопопы Аввакум, Иван Неронов и другие были возвращены из ссылки, и в Соловецком монастыре продолжали служить по-старому. О Соловках и их стоянии в вере как будто на время забыли…
Однако надежды на восстановление древлеправославия оказались тщетными. 1 июля 1659 года скончался соловецкий игумен Илия, а в марте 1660 года в Москве поставили в архимандриты Соловецкой обители иеромонаха Варфоломея, который, прибыв в монастырь, отстранил старых советников из состава монастырского собора и ввёл туда новых, угодных себе. Новый архимандрит пытался вводить в монастыре и новые порядки. Так, в 1661 году он предпринял попытку ввести в обители недавно принятое в Москве «наречное» пение вместо древнего «наонного». Это вызвало ропот среди братии монастыря, а головщики (руководители церковных хоров) продолжали по-прежнему петь по старинным певческим книгам. В 1663 году Варфоломей совершает новую попытку реформирования, но она снова заканчивается полным крахом. Братия монастырская крепко стояла за старину. Как раз в это время на Соловках старец Герасим Фирсов написал «Послание к брату», в котором привёл многочисленные свидетельства в защиту двуперстия, а старец Феоктист составил «Слово об антихристе и тайном царстве его», где доказывал идею о том, что антихрист уже царствует в мире духовно, а Никон — предтеча его.
В 1666 году архимандрит Варфоломей отправляется на собор в Москву и открыто переходит на сторону новообрядцев. Здесь он доносит властям об упорстве соловецких иноков, не желающих принимать никоновскую реформу. В ответ снаряжается особая комиссия во главе с архимандритом Спасо-Ярославского монастыря Сергием, которая 4 октября 1666 года прибывает на Соловки.
По прибытии комиссии в обитель был созван «чёрный» собор, на котором соловецкие иноки говорили: «Прежде от Соловецкого монастыря вся русская земля просвещалась всяким благочестием, и ни под каким зазором Соловецкий монастырь не бывал, сиял как столп и утверждение. А теперь вы учитесь новой веры от греков, когда греческие учители сами лба перекрестить по подобию не умеют и без крестов ходят». После долгих споров и пререканий о вере архимандрит Сергий несолоно хлебавши возвратился в Москву.
