Враждебность протестантов толкнула евреев в объятия императора. Карл V в своей испанской ипостаси другом им не был. Он добился от папы организации инквизиции в Португалии в 1543 году, семью годами позже вышвырнул многих марранос из Лисабона, изгнал в 1541 году евреев из Неаполя, а затем со многих своих территорий во Фландрии. Однако в Германии он нашел в лице евреев полезных союзников, и в парламентах Аугсбурга (1530), Шнейера (1544) и Регенсбурга (1546) именно его покровительство помешало их изгнанию. Католические князья-епископы также сочли полезным иметь евреев союзниками против бюргеров-протестантов, хотя и не готовы были признаться в этом публично. В результате из основного текста аугсбургского мирного соглашения был устранен принцип cuius regio, eins religio (религия следует за верой князя), что позволило евреям оставаться в Германии. Носель из Росгейма, главный раввин Эльзаса, который в этот напряженный период выступал выразителем интересов евреев, обозвал Лютера хулиганом и провозгласил императора Карла «ангелом Господним»; евреи молились за победу армии императора в своих синагогах и снабжали ее деньгами и провиантом, разрабатывая и формируя таким образом новую важную стратегию выживания своей нации.
Тем не менее, наступившая затем контрреформация привнесла в обращение с евреями не меньше суровости, чем протестанты. Традиционно папы, подобно другим князьям, использовали евреев и покровительствовали им. К моменту изгнания из Испании в Италии проживали 50 000 евреев, и это число быстро увеличивалось за счет беженцев. Этот приток вызывал проблемы, как в Венеции, но в целом политика папства оставалась неизменной. Павел III (1534—1549) даже поощрял поселение евреев, изгнанных из Неаполя (1541) и шесть лет спустя принял и марранос, пообещав защиту от инквизиции. Его преемник Юлиан III возобновил эти гарантии. Однако в мае 1555 года кардинал Караффа, Великий Инквизитор и бич евреев, диссидентов и еретиков, стал папой под именем Павла IV и немедленно изменил политику на 180 градусов. Не только в Анконе, но и во многих других итальянских городах, как находящихся под властью папы, так и других, христиане и евреи свободно перемешивались, но папа принял точку зрения Эразма, что влияние иудаизма несет смертельную угрозу христианской вере. Через два месяца после своего избрания буллой «Cum nimis absurdam» он приложил к Риму венецианское решение, и евреи были вытеснены на левый берег Тибра и окружены стеной. В это же время в Анконе он организовал изгнание марранос, причем двадцать пять человек из их числа были публично сожжены. Гетто стали возникать во всех городах, находящихся под папской юрисдикцией, и с 1562 года это слово стало официальным термином, употребляющимся в антиеврейских законах. Запылали костры из еврейских книг, причем не только в Риме и Болонье, но и во Флоренции. Пий V (1566—1572) был еще более свиреп, а его булла «Hebraeorum Gens» (1569) изгонял еврейские общины, в том числе такие, которые существовали еще с античных времен. В дальнейшем папы менялись, но папская политика удерживать евреев в пределах гетто в городах, находящихся под папской властью, и побуждать других правителей действовать таким же образом оставалась неизменной. Таким образом, гетто были введены в Тоскане (1570—1571), в Падуе (1601—1603), в Вероне в 1599 году и в Мантуе (1601—1603). В Ферраре герцоги отказались следовать этой линии, но согласились запретить евреям печатать книги. В конце концов единственным городом, который не создал у себя гетто, остался Леггорн.
Папство было не единственным государственным институтом, который ополчился на евреев. Сильнейшие монархии, которые традиционно считались самыми надежными покровителями еврейских общин, были одновременно и самыми неистовыми преследователями ереси. В значительной части Европы поднялась высокая волна антиреформации как реакция на возмущающие идеи первой половины столетия, как возврат к трезвому подходу и порядку; этой волной руководили сверху, но она имела широкую общественную опору. Это было движение против расизма, разрушительной деятельности и всякого рода нововведений. Евреев, особенно
