Однако постепенно монахи под влиянием городского окружения огрубели. Они проводили политику агрессивного обращения в свою веру по отношению и к заблудшим христианам, и к иноверцам, причем не в последнюю очередь – к евреям. Они устраивали в городах свои «миссии», где били в барабаны ортодоксального рвения и подогревали энтузиазм фундаментализма. Они стремились организовывать свои обители вблизи еврейского квартала, а то и вовсе на его территории, рассматривая их как центр, чтобы тревожить евреев. И евреи научились бояться их больше, чем любые другие христианские группы. Они видели в них воплощение начала, которым стращал Моисей во Второзаконии (32:21): «раздражу их не народом». И эта политика стала приводить к тому, что евреи либо обращались в новую веру, либо вытеснялись. В Англии именно францисканцы стояли за королевским указом, лишавшим евреев права приобретать свободные участки земли в городе; возможно, им принадлежит и определенная «заслуга» в изгнании евреев. Вскоре они перешли к откровенному антисемитизму. В 1247 году два францисканца помогали распространению клеветнических слухов насчет использования евреями крови своих жертв в г. Валре, что привело к кровавому погрому. В 1288 году вслед за аналогичными слухами в г. Труа доминиканцы и францисканцы совместно спровоцировали избиение местных евреев.
Даже в Италии, где отношение к евреям было вполне терпимым и в позднем Средневековье, францисканцы играли губительную роль. Ранее муниципальные власти позволяли евреям открывать банки при условии соблюдения правил и в обмен на круглые суммы либо на ежегодный налог. Еврейскому бизнесу удавалось выживать, поскольку они давали ссуды под 15-20%, то есть под заметно меньший процент, чем христиане. Францисканцы специализировались на городских и финансовых проблемах, и их особенно интересовало ссудное дело. Они внимательнейшим образом следили за евреями и безжалостно их преследовали в случае малейшего нарушения правил. Францисканцы проповедовали любовь, но это не относилось к евреям как народу. Монах Бернардино Сиенский так формулировал эту проблему: «С точки зрения абстрактной и всеобщей любви нам позволительно их любить. Однако конкретной любви к ним быть не может». Францисканцы организовывали бойкот и учреждали так называемые фонды благочестия, чтобы подрывать деятельность евреев; после этого они могли бы организовывать шумную кампанию за их изгнание. Влияние некоторых антисемитов-францисканцев вроде Иоанна из Капистрано распространялось на огромной территории по обе стороны Альп; его проповеди на массовых сборищах на открытом воздухе часто приводили к погромам. Его последователь Бернардино де Флетр, францисканский проповедник в третьем поколении, провел в 1475 году в Трепте собрание, которое обвинило евреев в убийстве двухлетнего мальчика. В результате последовавших за этим беспорядков все местные евреи были арестованы, многих пытали и казнили, а оставшихся выслали.
С появлением в Европе чумы («черная смерть»), которая распространилась к северу от Средиземного моря, появилась новая разновидность обвинений, направленных против евреев. Причины этой напасти были непонятны, а ее необъяснимая способность нести гибель людям (вымирало от четверти до половины населения) подталкивала людей к мысли, что это есть некая pestis manufacta, то есть болезнь, умышленно вызванная людской деятельностью. Расследование обычно сосредотачивалось на евреях, особенно после того, как испуганные люди признавались под пытками. В сентябре 1348 года в Шильонском замке на Женевском озере евреи признались, что чума была делом рук некоего Жана Савойского, которому раввины якобы приказали следующее: «Вот, смотри, я даю тебе пакет в полпяди размером, а в нем ядовитое зелье в узком зашитом кожаном мешочке. Ты должен разнести его по колодцам, источникам и емкостям для воды в окрестностях Венеции и других местах, куда направишься». Этот вымысел распространился быстро, чему способствовали вырванные под пытками признания многих евреев. Например, во Фрейбурге один еврей так сообщил о мотивах преступления: «вы, христиане, перебили столько евреев… Кроме того, мы тоже хотим быть господами, вы правили достаточно долго». И повсюду евреев обвиняли в отравлении колодцев. 26 сентября 1248 года папа Клемент VI издал Авиньонскую буллу, где возражал против этого обвинения и приписывал его дьяволу: по его мнению, евреи страдали не меньше прочих людей. С аналогичными заявлениями выступили император Карл IV, арагонский король Петр IV и другие властители. Тем не менее, на 300 еврейских общин обрушилась волна антисемитизма, крупнейшая с 1096 года, особенно в Германии, Австрии, Франции и Испании. Согласно еврейским источникам, 6000 человек погибли в Майнце, 2000 – в Страсбурге. Карл IV посчитал возможным помиловать города, которые перебили своих евреев: «Прощение [даруется] за все проступки, при которых было совершено убийство и разрушение имущества евреев при условии, что это произошло без оповещения главных граждан, либо без их ведома, либо любым другим образом». Это помилование датировано 1350 годом, когда было уже общеизвестно, что евреи были невиновны. К сожалению, стоило антисемитизму только распространиться, как он крепко пускал корни; стоило в округе раз проявить насилие по отношению к евреям, как можно было ожидать его повторного проявления. «Черная смерть» создавала прецеденты повсюду, особенно в немецкоязычных странах.