В конце IV и V веках у евреев, живших в христианских государствах, отобрали большинство их общественных прав и все привилегии. Их изгнали с государственной службы и из армии. Обращение и смешанные браки с христианами были запрещены под угрозой смерти. Надо сказать, что искоренение иудаизма силой никогда не было целью христианских высших органов и лидеров. Св. Августин (354—430), наиболее влиятельный из латинских теологов, настаивал, что само существование евреев является частью замысла Божьего, ибо они были свидетелями истинности христианства, а само их падение и унижение символизируют победу церкви над синагогой. Посему политика церкви должна была бы состоять в том, чтобы позволить мелким еврейским общинам выживать в условиях деградации и бессилия. Однако греческая церковь, которая унаследовала многое от языческого антисемитизма эллинов, была эмоционально более враждебна. В начале V века видный греческий богослов Иоанн Хризостом (354—407) выступил с восемью «Проповедями против евреев» в Антиохии, и они стали образчиком для последующих антиеврейских выступлений, причем в них максимально использовался материал из Евангелий от Матфея и Иоанна (в том числе и превратно истолкованный). Таким вот образом специфически христианский антисемитизм, представлявший евреев убийцами Христа, был подмешан к бурлящей массе языческой клеветы и слухов, после чего еврейские общины во всех христианских городах оказались в опасности.
В Палестине начиная с первых десятилетий IV века произошла христианизация Иерусалима и других городов, связанных с Иисусом, и в них создавались церкви и монастыри. Ряду мелких еврейских общин удалось уцелеть, особенно в Галилее, где Западный Талмуд был завершен в эпоху Св. Иеронима (342—420), который сформировал свой собственный монашеский кружок в Иерусалиме и выступал за нищету и бедность евреев. Вскоре после его смерти банда сирийских монахов с фанатиком Барсаумой во главе учинила ряд еврейских погромов в Палестине, сжигая синагоги и целые деревни. В Темную Эпоху Палестина стала погружаться в нищету и терять население в результате религиозных конфликтов. Пелагианство, арианство, а позднее монофизитское направление разделили само христианство. Каждое направление, приходя к власти, жестоко преследовало другие. В IV веке самаряне испытали возрождение, в это время было построено не менее восьми новых синагог. Но этот рост привлек враждебное внимание византийских властей. В 438 г. император Феодосий II применил к ним антиеврейские законы. Спустя 45 лет они подняли восстание, стали истреблять христианские общины и жечь церкви. Византийская армия подавила их восстание; в качестве наказания они утратили свое древнее святилище на горе Геризим, где была возведена базилика Пресвятой Девы. При императоре Юстиниане (524—565), правителе еще более ортодоксальном, который позволял только крещеным стать гражданами и преследовал даже христиан, если они не подчинялись решениям Совета Халцедона, самаряне поднялись вновь. Отмщение было столь кровавым, что их практически уничтожили и как народ и как религию. Находившиеся в это время в довольно плачевном положении евреи не оказали самарянам никакой поддержки. В первой половине VII века императоры Фока и Гераклий, уступая давлению фанатичных монахов, убеждавших, что империя погибнет от руки обрезанных, попытались окрестить евреев насильно.
Византийская империя, расшатанная религиозными дрязгами, просто напрашивалась на вторжение. Первый раз оно произошло в 611 г., когда персы вторглись в Палестину и через три года взяли Иерусалим после двадцатидневной осады. Евреев обвинили в помощи персам. Однако, если, как утверждали христиане, персы в награду обещали вернуть Иерусалим евреям, то придется признать, что свое слово они не сдержали. Во всяком случае, когда Гераклий вернул город в 629 г., последовало массовое истребление евреев. Но это уже был последний акт греческого владычества в Палестине. В этом же году Мухаммед завершил завоевание Мекки. Византийцы потерпели решительное поражение в битве под Ярмуком (636 г.), и в течение четырех лет мусульмане заняли всю Палестину, а также и большую часть Сирии. Халцедоняне и монофизиты, несторианцы и копты, селевкианцы и армяне, латиняне и греки, самаряне и евреи – все были затоплены исламским потоком.
