В своей речи о конституировании конференции Ленин отметил, что оживление массового рабочего движения сопровождается борьбой передовых рабочих за восстановление нелегальных партийных организаций; что местные партийные организации проявили громадную инициативу по созыву общепартийной конференции и задача восстановления партии, ее партийного центра особенно настоятельно выдвигается в связи с требованиями практической работы, в первую очередь в связи с выборами в IV Государственную думу. Ленин подчеркнул, что на конференцию были приглашены все действующие в России организации и не присоединились к ней только те, кто не захотел помочь партии. По его предложению конференция объявила себя верховным партийным органом, призванным создать руководящие центры и помочь восстановить партийные организации на местах.
Основным на Пражской конференции был доклад В. И. Ленина «О современном моменте и задачах партии». В своем докладе и в резолюции, принятой конференцией, Ленин дал глубокий анализ политического положения в стране, показал нарастание революционного движения против царизма, охарактеризовал расстановку политических сил, подчеркнул, что «задача завоевания власти пролетариатом, ведущим за собой крестьянство, остается по-прежнему задачей демократического переворота в России». Конференция выдвинула в качестве главных политических лозунгов партии требования программы-минимум: демократическая республика, 8-часовой рабочий день, конфискация всей помещичьей земли. Задачей партии являлось сделать эти требования лозунгами народной революции. Конференция призвала к сплочению всех революционных сил и расширению движения масс под лозунгами большевиков, к усилению работы по социалистическому воспитанию пролетариата.
Важнейшим решением конференции было решение об изгнании меньшевиков-ликвидаторов из партии. Этим решением конференция выразила волю всей партии. Разрабатывая организационные принципы партии нового типа, Ленин учил, что партия, как руководящая организация рабочего класса, сильна своей сплоченностью, идейным и организационным единством своих рядов; единство партии исключает существование фракций и группировок, требует от всех организаций партии, всех ее членов осуществления партийных решений в практической деятельности. Он подчеркивал, что без борьбы с оппортунизмом, без разгрома меньшевиков-ликвидаторов, отзовистов и троцкистов партия не сможет сохранить единство и дисциплину, не сможет выполнить роли организатора и руководителя пролетарской революции. Конференция приняла написанный Лениным проект резолюции «О ликвидаторстве и о группе ликвидаторов». В резолюции сказано, что группа ликвидаторов своим поведением «окончательно поставила себя вне партии», что партия должна вести борьбу с ликвидаторством, «разъяснять весь его вред для дела освобождения рабочего класса и напрячь все силы для восстановления и укрепления нелегальной РСДРП» (стр. 152).
Пражская конференция подтвердила правильность решения декабрьской партийной конференции 1908 года, которая осудила ликвидаторство и установила организационные формы построения партии в тот период как нелегальной социал-демократической организации, создающей себе опорные пункты работы среди масс в виде разнообразных легальных рабочих обществ. Ликвидаторство – отказ от нелегальной партии, от гегемонии пролетариата в революционной борьбе, от задач революции – было признано проявлением упадочных, буржуазных влияний в социал-демократической среде. Конференция подвела итоги всей предшествовавшей борьбе большевиков с меньшевиками-ликвидаторами и постановила изгнать их из партии.
Решение об изгнании меньшевиков-ликвидаторов из партии имело величайшее значение для сохранения и укрепления революционной партии пролетариата, для победы демократической и социалистической революций в России. Оно показало пример непримиримой борьбы с ревизионизмом, с оппортунизмом всех и всяческих оттенков.
Подъем рабочего движения предъявлял новые требования к развитию организационных форм партийной работы, более тесному сочетанию нелегальной и легальной деятельности. Ленин в речи по организационному вопросу на конференции подчеркнул необходимость умело использовать все виды легальной работы и прежде всего работу думской фракции, профсоюзов и легальных рабочих обществ. Он выдвинул задачу создать в каждом легальном обществе небольшую социал-демократическую ячейку, тесно связанную с руководящими партийными органами и строго проводящую в жизнь партийную линию. По предложению Ленина были внесены некоторые изменения в организационный устав партии, направленные на дальнейшее укрепление партии и ее связи с массами.