Летом 1918 года, когда в результате мятежа чехословацкого корпуса и с помощью интервентов разрозненные антисоветские выступления слились в единый поток контрреволюции, по приказу В. И. Ленина из Петрограда, Москвы, других пролетарских центров двинулись на восток рабочие отряды, воинские подразделения и части. Город Владимир посылал на фронт свой отряд, в который влились и красногвардейцы Судогды. Командиром объединенного отряда был назначен бывший офицер царской армии С. М. Говорков, комиссаром Мерецков.
Говорков оказал немалое влияние на дальнейшую судьбу Мерецкова. Доверительные беседы человека, который, будучи офицером царской армии, не колеблясь, сразу же после Февральской революции стал на сторону большевиков и решительно пошел за партией Ленина, его рассказы о старой армии, о воинском искусстве, о принципах организации боевой работы многое значили для молодого комиссара. "В юные годы я полагал, - писал об этом сам Кирилл Афанасьевич, - что настоящий командир - это тот, кто смел и силен, обладает громким голосом и хорошо стреляет. Большевистская выучка помогла уяснить, какое огромное значение имеет морально-политический фактор, сознание солдата. Я постепенно начинал постигать то, что может дать человеку либо систематическое военное образование, либо сама война. А учился, глядя прежде всего на Говоркова".
И в том, что Мерецков решил для себя вопрос, кем быть, немалую роль сыграл Говорков.
К сожалению, недолго пришлось Мерецкову шагать рядом с новым другом. В начале сентября, поднимая бойцов в атаку, стал впереди отряда в полный рост Говорков. Сзади себя поставил комиссара и знаменосца. Бойцы подхватили слова песни "Вихри враждебные веют над нами..." и двинулись на врага вслед за своим командиром. Через несколько шагов Говорков покачнулся...
Он погиб смертью героя. А Мерецков остался один - и за комиссара, и за командира. В том памятном бою он сам довел цепь красноармейцев до железнодорожной насыпи, там она залегла. Подползли ротные с вопросом, что делать дальше. Комиссар видел, что медлить нельзя. Вспомнив уроки Говоркова, поставил ротным задачу, затем сказал: "Как встану - вот и сигнал. Атакуем дальше!" Скоро бой закончился и для комиссара: в рукопашной схватке он был ранен, очнулся на полке вагона санитарного поезда.
Ранение оказалось тяжелым. Мерецкова доставили в Судогду. Здесь его встретили друзья. Сообщили радостное известие: 10 сентября наши войска освободили Казань. В числе частей, которые вошли в город, был и Владимирский отряд... Высоко были отмечены и заслуги Мерецкова в боях за Казань - он был награжден орденом Красного Знамени.
Почти два месяца лечился Мерецков. Когда дела пошли на поправку, стал присутствовать на заседаниях укома, помогать в работе новому военному комиссару. А вскоре, после первой годовщины Октября, отличившемуся в боях комиссару, который настойчиво просился в действующую армию, губком РКП (б) предложил отправиться на учебу в только что открытую в Москве академию Генерального штаба. Мерецков с радостью согласился: появилась возможность получить систематическое военное образование.
На учебу в академию прибывали слушатели прямо с фронтов. Вместе с Кириллом Мерецковым приступили к учебе Василий Чапаев, Павел Дыбенко, Леонид Петровский, Василий Соколовский, Иван Тюленев, Семен Урицкий, Иван Федько. Красной Армии нужны были свои командные кадры из рабочих и крестьян.
Постигать программу высшей военной школы многим слушателям было очень трудно, потому что невелик был уровень общеобразовательных знаний. Как известно, по этой причине оставил академию Василий Иванович Чапаев. Нелегко приходилось и Мерецкову. Однако он настойчиво продолжал овладевать военными знаниями.
Дважды пришлось прерывать учебу в связи с отправкой слушателей первого и второго курсов на фронт. В первый раз это случилось в мае 1919 года. Колчак, перейдя в наступление, начал теснить наши войска. Часть слушателей была направлена на Восточный фронт. Мерецкова направили на Южный фронт в 9-ю армию, которая вела тяжелые бои против белогвардейских войск Деникина. В 14-й стрелковой дивизии, которой командовал известный большевик-латыш А. К. Степинь (Степин), Мерецкова назначили помощником начальника штаба. Ему поручили вести карту обстановки. В условиях, когда дивизия отступала, а телефонная и телеграфная связь отсутствовала, пользы от этого было немного: информация в штаб поступала с опозданием. Мерецков вскоре понял бессмысленность своей работы: сведения, которые он наносил на карту, не отражали действительного положения войск, отставали от времени. В своих воспоминаниях Мерецков рассказал о том, как Степинь пришел к нему на помощь. "Увидев меня, начдив спросил, как идут дела.