Важной особенностью энергетической установки проекта 613, значительно повышающей тактические качества лодки в целом, было оснащение её устройством РДП (работа дизелей под водой), позволяющим дизелям работать под водой в перископном положении. При этом свежий воздух, необходимый для работы дизелей, поступал внутрь лодки через специальную шахту с поплавковым клапаном, перекрывающим приемное отверстие шахты при накрытии его волной, а отработанные газы направлялись за борт через специальную выхлопную шахту, верхний срез которой на перископной глубине погружался в воду с заглублением около 0,5-0,75 м.
Подводные лодки 613 проекта (Чертеж расположения отсеков и балластных цистерн)
Продольный разрез
Обе шахты имели необходимое количество запоров с дистанционным управлением. Как и при работе дизелей в надводном положении, в режиме РДП воздух поступал в лодку самотеком за счет разрежения, создаваемого работающими дизелями, при этом при большом разрежении в дизельном отсеке падала мощность двигателей, а следовательно, и скорость хода лодки. Предельное разрежение, допускаемое при работе дизелей в режиме РДП, ограничивалось условиями обитаемости в дизельном отсеке.
Устройство РДП дало возможность осуществлять длительный ход лодки на перископной глубине без всплытия на поверхность. Благодаря устройству РДП появилась возможность производить зарядку аккумуляторной батареи при ходе на перископной глубине, что существенно улучшало ее скрытность. Лишь в одном случае приходилось ограничивать, либо даже совсем отказываться от использования устройства РДП – при неблагоприятном сочетании курса лодки и направления ветра, при котором выхлопные газы засасывались через приёмную шахту внутрь лодки.

Впервые устройство для зарядки аккумуляторной батареи на перископной глубине было предложено в 1915 году командиром русской подводной лодки “Акула” лейтенантом Н.А. Гудимом. Оно представляло собой несложное приспособление в виде удлиненных приемной трубы судовой вентиляции и газоотводной трубы от дизелей. Продолжить усовершенствование своего приспособления Н.А. Гудим не смог – осенью 1915 г. он погиб со своей лодкой. Эта идея была вскоре забыта в нашем флоте, но во время второй мировой войны на немецких подводных лодках появилось улучшенное устройство для зарядки аккумуляторной батареи на ходу на перископной глубине ("Шнорхель”).
Устройство РДП на отечественных подводных лодках, по сравнению со “Шнорхелем”, было в значительной степени усовершенствовано. Для улучшения условий обитаемости при использовании РДП шахты забора свежего воздуха и газовыхлопа были разнесены по длине лодки на максимально возможное расстояние. Необходимо отметить, что устройство РДП, как и всякое другое большое забортное отверстие на подводной лодке, требовало строгого повседневного контроля за его состоянием и использованием. Нарушение этого требования приводило к тяжелым авариям и даже катастрофам.
Щиты управления главными гребными электродвигателями были принципиально новой конструкции с механическими контакторами. По сравнению с ранее существовавшими рубильниковыми щитами, они отличались простотой управления и надежностью в работе. Щиты управления главными электродвигателями и электродвигателями экономического хода имели амортизаторы.
Шинно-пневматические разобщительные муфты валопровода типа 4МШ имели значительные преимущества перед муфтами типа “Бамаг”, которые устанавливались на подводных лодках довоенных проектов, – они позволяли осуществить звукоизоляцию дизелей и линии вала, а также производить монтаж линии вала на стапеле, а не после спуска на воду, так как допускали значительно большие излом и смещение сопрягаемых осей отдельных частей валопровода. Помимо этого, они снижали напряжения в валопроводе от крутильных колебаний и облегчали сдвиг резонансных зон при соответствующих числах оборотов. Впоследствии после проведения испытаний на головной лодке для исключения остающихся зон крутильных колебаний был установлен маятниковый антивибратор конструкции Коломенского завода, разработанный по схеме, предложенной специалистами ЦНИИ им. академика А.Н. Крылова В.П. Терских и И.А. Лурье.