Нет, король никогда не проявлял снисходительности по отношению к Магальяйншу, ни разу не вынес на его счет справедливого решения.
Когда поборник справедливости возвратился в Африку, начатое против него следствие было прекращено. Совершенно очевидно, что его оклеветали. Однако судебное разбирательство его до такой степени оскорбило, что он подает в отставку и навсегда покидает Африку. На какие средства он будет теперь существовать? Конечно, Магальяйнш задумывается о том, чтобы опять направиться в Индию, возможно, он все еще надеется на великодушие короля. Ведь в результате он оказался невиновен теперь-то уж ему назначат почетную пенсию, достойную ветерана индийских военных походов. И просит-то он самую малость — повысить содержание на двести португальских реалов. Но Мануэл не переносит людей твердого характера. «Король всегда питал к нему отвращение», — сообшает хронист Барруш. Мануэл наотрез отказал просителю, хотя он, безусловно, должен знать, что для капитана Магальяйнша речь идет о большем, нежели об этой смехотворной прибавке. Этот отказ дорого обойдется ему, его преемникам, да и стране вообще.
Повторилась ошибка, которую допустил предшественник Мануэла Жуан II, когда не придал значения словам Колумба. Конечно, можно возразить, что Колумб изложил конкретные предложения, Магальяйнш же, напротив, предстал в роли просителя, какие сотнями осаждают дворец. И действительно, нет ни одного четкого указания на то, что план, осуществления которого позже добился Магальяйнш, уже будучи на испанской службе, был оглашен еще в Португалии. Нет, ошибка Мануэла заключалась совсем в другом. Он не распознал в настойчивом просителе незаурядного, выдающегося человека, которого он легко мог бы сделать своим приверженцем. Фернан ди Магальяйнш совершенно определенно стал бы тогда многообещающим последователем да Ганы, ди Алмейды и ди Албукерки и исправно служил бы до тех пор, пока недоверчивый король в один прекрасный день ве решил бы возiать ему должное. Но обернулось совсем по-другому: очень скоро Мануэл Счастливый отправит вслед изгнаннику наемных убийц, так как его послы ни золотом, ни другими посулами не сумеют склонить Магальяйнша к возвращению на родину.
Опять-таки нет абсолютно однозначных данных о том, как Магальяйнш провел два последующих года названная аудиенция у короля Мануэла, видимо, состоялась в 1515 году. Жуан ди Барруш сообщает, что Магальяйнш искал знакомства с опытными мореходами, изучал морские карты и много занимался проблемой определения географической долготы. Это кое-что проясняет.
Видимо, сложилось так, что как раз после возвращения Магальяйнша из Африки он получает вести от своего друга Франсишку Сиррана, который все еще живет на Тернате, одном из Молуккских островов. Сирран преувеличивает в своих описаниях не только красоту ландшафтов и богатства той области мира, но и ее удаленность от Малакки. И если Магальяйнш не принимал участия в плавании Антониу ди Абреу, теперь он приходит к выводу, что добраться до Молукк можно быстрее, следуя путем на запад, а не на восток, как было принято до сих пор. По современным понятиям это выглядит так: Магальяйнш решил, что острова Пряностей находятся не очень далеко от Южноамериканского континента в Южном море (Тихом океане), открытом в 1513 году испанцем Васко Нуньесом де Бальбоа. Такие размышления могли натолкнуть его еще на одно заключение. На полушарие где, по мнению Сиррана, находятся Молуккские острова, должна претендовать, согласно Тордесильясскому договору, Испания. Португалия эксплуатирует области, которые, собственно, должны быть переданы ее партнерам по договору — Кастилии и Леону! Так вот чем вызван интерес Магальяйнша к знаниям других капитанов, вот почему он изучает и постоянно сравнивает карты, какие только ему удается раздобыть, ломая голову над вопросом, существует ли достаточно надежный способ определения географической долготы. Ведь до сих пор морякам удавалось определять лишь широту. Географическая долгота, которую они прводят, — это не что иное, как пройденная дистанция до мест, долгота которых была заранее вычислена астрономами. Таким образом, тогда было почти невозможно перенести на полушарие, противоположное Европе, демаркационную линию, установленную в Тордесильясе.