Действующая в подполье, ослабленная репрессиями, партия, на фоне растущей популярности Нородома Сианука, практически утратила даже остатки влияния на массы. Численность партии постоянно сокращалась и в 1960 году в ее рядах насчитывалось всего 250 человек.
Партия, по существу, оказалась расколотой на три группировки, находящиеся в разных районах страны. Первая — это уцелевшие «ветераны партии», люди, во многом оторванные от реального положения в стране. Вторая — это молодые интеллигенты-«романтики»: учащиеся, преподаватели, учителя колледжей и лицеев. Пол Пот и его соратники входили в третью группировку, идеологическая платформа которой отличалась откровенным национал-шовинистическим характером и отличалась антивьетнамскими настроениями. Лидеры этой фракции, которая первоначально насчитывала не более 30 человек, выступали за создание путем «сверхвысокого скачка» (по аналогии с «большим скачком» в Китае) сильной Камбоджи при опоре на собственные силы.
В 1960 году в Пномпене состоялся II съезд Народно-революционной партии. На нем был образован ЦК из 8 членов и 2 кандидатов. Генеральным секретарем стал Ту Самут. В ЦК вошли Пол и Иенг Сари, причем первый стал членом постоянного бюро и личным секретарем Ту Самута. Вскоре после съезда воссоздаются вооруженные силы партии, которые стали называться Секретной гвардией. Ее задачи состояли в создании и защите революционных баз, в захвате оружия у противника, в охране руководителей партии. Позднее, в 1966 году она была переименована в Революционную армию.
В 1962 году при невыясненных обстоятельствах в Пномпене на конспиративной квартире был убит генсек компартии Ту Самут. Позднее появились свидетельства, что его убили по приказу Пол Пота. Во всяком случае, устранение Ту Самута открывало Пол Поту и его сподвижникам прямой путь к овладению всей полноты власти в партии. Пол Пот оставляет преподавательскую работу и переходит на нелегальное положение. Народно-революционная партия все более явно становится партией «нового типа», организацией «революционеров-профессионалов» и орудием осуществления планов полпотовцев.
В январе 1963 года на III съезде Пол Пот становится генсеком партии. В новый ЦК вошло большинство его сторонников. Народно-революционная партия была переименована в Коммунистическую партию Камбоджи. Вскоре после «исторического» съезда, спасаясь от ареста, полпотовцы покидают Пномпень и уходят в джунгли для подготовки вооруженного восстания, все более откровенно делая ставку на забитое и неграмотное крестьянство, на самые отсталые и обездоленные слои общества. Постепенно вырисовывался вариант «движения к социализму» через кхмерскую деревню.
В 1965 году Пол Пот побывал в Китае, где встречался с Мао Цзэдуном. Позднее он еще несколько раз посетил эту страну, в которой полным ходом разворачивалась «культурная революция». Вождь красных кхмеров высоко оценил ее, назвав «очищением организма от болезненных явлений». Позднее Пол Пот не раз говорил, что председатель Мао «всегда поддерживал и поощрял нас».
В конце 60-х годов полпотовцы, базируясь в джунглях, постепенно укрепляют свои силы. Быстро растет численность партии, в которую в массовом порядке принимались малограмотные и совершенно неграмотные молодые крестьяне, которые уже показали себя в вооруженных акциях. В 1970 году партия насчитывала уже несколько тысяч человек.
Между тем звезда Нородома Сианука стала закатываться. В конце 60-х годов в Камбодже нарастают оппозиционные настроения, а на политическую арену выходит армейская верхушка как самостоятельная политическая сила. На первый план выдвигается «сильный человек» — генерал Лон Нол. В 60-е годы он возглавлял службу безопасности, а в августе 1969 года Сианук назначил его главой правительства.
В марте 1970 года, когда Сианук посещал с официальным визитом Советский Союз и Китай, Королевский совет и Национальное собрание под давлением генерала Лон Нола отстранили его от власти. По существу, это был государственный переворот, организованный Лон Нолом при поддержке армейской верхушки и проамерикански настроенных политиков. Приговоренный к смертной казни, Сианук не рискнул вернуться в Камбоджу и остался в Пекине. Однако, не смирившись с отстранением, он обращается за поддержкой к левым силам, руководимым компартией.
