Состояние Боевой организации после ряда арестов было плачевным, фактически она представляла собой совокупность мало связанных друг с другом боевиков. Никаких серьезных задач, в том числе и по организации массовых выступлений, они решать не могли. Это стало очевидным в ходе так называемых «дней свободы», наступивших в России после провозглашения 17 (30) октября 1905 года манифеста Николая II «Об усовершенствовании государственного порядка». Не встречая организованного сопротивления, власти достаточно быстро восстановили общественный порядок. Не получило реального отклика в Царстве Польском и Декабрьское вооруженное восстание в Москве, хотя ЦРК ППС и издал соответствующее воззвание к польскому пролетариату.
Пилсудский ответственно подошел к созданию дееспособной боевой организации, используя с этой целью оружие и средства, полученные от японцев. В отличие от своих предшественников, бросавших боевиков в дело без соответствующей подготовки, «товарищ Мечислав» самое серьезное внимание уделил их тренировке, для чего было решено создать специальные школы. Первая из них начала свою работу в Кракове уже в ноябре 1905 года. В числе ее преподавателей был и Пилсудский. В это время он читал много военной литературы, внимательно изучал Наполеоновские, Англо-бурскую и Русско-японскую войны, труды Клаузевица. Обучение в школе длилось от четырех до шести недель, в конце слушатели сдавали экзамены. Всего состоялось три выпуска, общая численность прошедших обучение боевиков составила около 100 человек. В ходе обучения слушатели изучали огнестрельное оружие, взрывчатые вещества, основы диверсионной работы и ориентации на местности, занимались строевой и огневой подготовкой. На первых курсах были подготовлены инструкторы для обучения слушателей последующих курсов. Таким образом, боевики получали необходимую начальную подготовку, приучались к дисциплине и строгому исполнению приказов.
Организация боевых групп должна была осуществляться только после завершения слушателями этих школ полного цикла обучения. Партийный совет также постановил, что услуги силового характера окружным организациям ППС будут оказывать специальные техническо-боевые группы, формировавшиеся из членов уже существующих боевых групп. Деятельность Боевого отдела и новых групп надлежало засекретить от других руководящих инстанций партии, а также освободить их от повседневной агитационной работы. Решения Партийного совета объективно создали условия для вывода Боевой организации из-под непосредственного контроля руководства партии и передачи ее в единоличное ведение Пилсудского. Фактически у него появилась возможность, не форсируя событий, приступить к формированию своего рода партии в партии.
О том, как Пилсудский представлял себе в 1905 году будущее Боевой организации, он без обиняков рассказал в 1910-м, когда ему не нужно было скрывать от товарищей по партии свои подлинные намерения: «Благодаря чрезвычайному стечению обстоятельств, способствовавшему ослаблению „левого“ течения в боевой организации, и вследствие полной неспособности и беспомощности представителей „левого“ течения, которые не сумели создать даже такую армию, в которой они нуждались, – благодаря этому руководство Боевой организацией перешло в руки их противников. Эти же, не будучи в состоянии организовать многочисленные боевые кадры, которые затем ассимилировали бы более широкие массы, поглощая их, стремились к созданию кадров, сильных внутренним единством, солидарностью. Дело заключалось в том, чтобы из-за неприязненного отношения „левого“ партийного руководства постепенно создать сильную, внутренне проникнутую единым духом организацию... Руководители планировали овладеть с помощью боевой организации провинцией, начиная с небольших городов, где партийные организации были слабыми и где в результате этого „левые“ не могли сорвать начатую работу. Ход рассуждений был следующим: когда боевая организация встанет на ноги, она с подготовленными уже в провинции силами пойдет в „столицы“ движения, где создаст соответствующие боевые кадры»
