Пилсудский возглавил кабинет не только из-за активизации оппозиции. Как показали события сентября 1926-го, у него было достаточно возможностей игнорировать законодателей, формально оставаясь в рамках конституции. Но через год истекал срок полномочий парламента и нужно было заниматься созданием сильной партии власти, ориентированной на диктатора, а не какую-либо идеологию. К тому же представилась прекрасная возможность привлечь на свою сторону имущие классы, прежде поддерживавшие главным образом национальных демократов и их союзников.
Сам Пилсудский, помимо премьерского, занимал еще и кресло военного министра. Он по-прежнему уделял большое внимание перестройке руководящих органов вооруженных сил с точки зрения интересов будущего главнокомандующего. Изменились функции Генерального штаба, главной задачей которого до 1926 года была подготовка армии к войне. Он постепенно превращался в личный штаб маршала и в случае вооруженного конфликта должен был сразу же стать штабом главнокомандующего. Польский Генштаб все больше отходил от модели довоенных французского или германского штабов, оказывавших немаловажное влияние на государственные дела, особенно в области внешней политики, лишился права принимать кардинальные решения в вопросах жизни армии, а также заниматься обучением и кадровыми делами офицеров. Теперь его обязанности сводились к подготовке материалов для генерального инспектора, составлению и рассылке приказов. В 1928 году Генеральный штаб был переименован в Главный штаб.
Трансформацию переживало и военное министерство, к которому переходили функции, прежде относившиеся к компетенции Генерального штаба: подготовка армии к войне и организация ее жизни в мирное время, обучение, работа с офицерскими кадрами.
Пилсудский решающим образом повлиял на польскую военную мысль и военное искусство. Теперь разработка всех вопросов подготовки и ведения войны переместилась в Генеральный инспекторат вооруженных сил. Именно Пилсудский руководил подготовкой инспекторов армии к выполнению своих будущих обязанностей. Для них же и других высших офицеров он организовывал военные игры (чаще всего в любимом Вильно) и совещания-инструктажи.
Участники военных игр вспоминали, что Пилсудский готовился к каждой из них очень тщательно. Например, выбирал 10 – 12 кандидатов в бригадные генералы и разыгрывал с ними какое-то сражение Первой мировой в Восточной Пруссии или на Волыни, то есть на вероятных театрах будущих военных действий. Представлял офицерам общую обстановку, затем выяснял их решения и просил зафиксировать их письменно. Ознакомившись с ответами, он на следующий день ставил новые задачи. Результаты игр учитывались им при присвоении очередных воинских званий и продвижении по служебной лестнице.
Маршал не был сторонником разработки оперативных планов, требующих длительной предварительной подготовки, предпочитая импровизацию. Он еще в годы революции 1905 – 1907 годов сделал для себя вывод, что ни один из великих полководцев никогда не имел готового плана всей военной кампании, поэтому считал возможным ограничиться планированием первой стадии войны – концентрации сил. Возможно, определенную роль играло и его, принявшее со временем почти болезненный характер, стремление к сохранению тайны. Он даже заставил инспекторов армии и их офицеров, занимавшихся разработкой оперативных планов, приносить клятву о неразглашении тайны главному военному капеллану епископу Станиславу Галлу.
Пилсудский решительно отказался от концепции войны на два фронта, разработанной Сикорским и С. Галлером, считая, что у польской армии для этого недостаточно сил. Он исходил из того, что будущая война будет иметь для Польши оборонительный характер. А так как инициатива будет принадлежать противнику, то нужно заниматься не разработкой подробных оперативных планов, а изучением противника и собственных сил.
Поскольку Пилсудский сделался фактически единственным авторитетом в области военного искусства, понятие «военная доктрина» практически исчезло из словаря польских военных. В основу представлений о характере будущей войны был положен анализ опыта военной кампании 1920 года с ее быстрыми перемещениями больших масс войск и маневренностью. Широкий пространственный маневр становился предметом поклонения армии, но при этом явно недостаточно делалось для его технического исполнения.